Le 16 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Pauline GELIN pour son doctorat en Ecologie Marine. Dirigée par Madame Hélène MAGALON, elle s'intitule "Délimitation d'espèces et connectivité des coraux du genre Pocillopora dans l’Indo-Pacifique".

Composition du jury :

• Madame Sophie ARNAUD-HAOND, Chargée de Recherches, IFREMER
• Madame Pascale CHABANET, Directrice de Recherches, IRD
• Madame Claudie DOUMS, Professeur, École Pratique des Hautes Etudes – Paris
• Madame Cécile FAUVELOT, Maître de Conférences, H.D.R., IRD Nouméa
• Madame Hélène MAGALON, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Didier AURELLE, Maître de Conférences, Université d’Aix Marseille
• Monsieur François BONHOMME, Directeur de Recherches, Université de Montpellier
• Monsieur Henrich BRUGGEMANN, Professeur, Université de La Réunion

Résumé :
Dans un monde changeant, la conservation et la gestion de la biodiversité sur le long terme nécessitent une connaissance de la répartition des taxons, mais également une estimation précise de leur diversité spécifique ainsi que des processus de spéciation ayant permis leur formation et des liens qui unissent différentes populations d’un même taxon (connectivité). En génétique des populations, ces liens sont les flux de gènes entre différentes populations. Il est crucial de connaître le degré de connectivité des populations, et ce pour différentes espèces marines, afin de déterminer les patrons de dispersion à différentes échelles spatiales et temporelles. La connaissance de ces patrons permet de dessiner des réseaux d’aires marines protégées de façon plus efficace afin de préserver et gérer la biodiversité.

Ce travail de thèse porte sur la connectivité des populations de coraux du genre Pocillopora dans le Sud-Ouest de l’océan Indien et l’océan Pacifique tropical. Ces coraux sont répartis sur toute la frange tropicale des océans Indien et Pacifique. Traditionnellement, les espèces étaient identifiées sur la base de critères morphologiques [17 espèces décrites dans Veron (2000)]. Différentes études utilisant des données génétiques ont révélé que la délimitation des espèces était parfois floue chez ces coraux. Ainsi, au cours de ce travail, l’utilisation de méthodes de délimitation d’espèces à partir d’ADN mitochondrial (ABGD, GMYC, PTP) et nucléaire (haplowebs), 16 hypothèses primaires d’espèces (PSH) ont été identifiées. Ces PSH ont ensuite été confrontées à des tests d’assignement à partir de marqueurs microsatellites, révélant un minimum de 18 hypothèses d’espèces secondaires (SSH).

Une fois que les hypothèses d’espèces sont définies, il est possible de réaliser des études de connectivité. Au cours de ce travail, deux hypothèses d’espèces présentant des écologies différentes ont été choisies pour mener ces analyses. La première, Pocillopora damicornis type β (PSH05) a été échantillonnée dans les lagons et la seconde, Pocillopora eydouxi (PSH09) a, quant à elle, été échantillonnée sur la pente externe. L’estimation de la structure génétique des populations a permis d’estimer les modes de reproduction (sexuée ou asexuée) chez ces deux hypothèses d’espèces et les analyses de connectivité ont révélé des patterns de structuration complexes pour chacune des SSHs.

Mots-clés :
Génétique des populations, hypothèses d’espèces, méthodes de délimitation d’espèces, tests d’assignement, scléractiniaires, Sud-Ouest de l’océan Indien, Sud-Ouest de l’océan Pacifique, microsatellites, séquences.

Le 18 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Brice TOCKOpour son doctorat en Biologie des populations. Dirigée par Madame Hélène DELATTE, elle s'intitule:  : "  Richesse spécifique, diversité génétique et structuration des populations du complexe d’espèces Bemisia tabaci sur le manioc et plantes associées dans la zone CEMAC  ".

Composition du jury :

• Madame Hélène DELATTE, Chercheur, H.D.R., CIRAD
• Monsieur Michel DRON, Professeur, Université d’Orsay – Paris Sud
• Monsieur Benoit FACON, Chercheur, H.D.R., The Center for Biology and Management of Populations
• Monsieur Olivier GNANKINE, Maître de Conférences, Université de Ouagadougou
• Monsieur Bernard REYNAUD, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Silla SEMBALLA, Professeur, Université de Bangui

Résumé:

L’étude de la richesse spécifique et génétique des ravageurs des cultures, vecteurs de virus phytopathogènes, dans un contexte d’invasion biologique en milieu continental, est indispensable pour la compréhension des mécanismes qui sous-tendent les émergences virales en Afrique Sub-saharienne. Le complexe d’espèce cryptique de Bemisia tabaci est composé de nombreuses espèces dont le groupe d’espèces Sub-Sahariennes qui sont inféodées au manioc en Afrique. Celles-ci sont directement impliquées dans la vection de nombreux virus provoquant la maladie de la mosaïque du manioc (CMD) ou celle de la striure brune (CBSV). Ces maladies entrainent de fortes pertes de rendement sur les cultures de manioc, qui figurent parmi les principales plantes à racine amylacées cultivées du continent Africain. Malgré les études réalisées, la diversité des espèces d’aleurodes sur manioc dans certains pays reste inconnue. En outre, peu d’information existe sur les flux de gènes au sein des espèces et potentiellement des sous-groupes génétiques récemment décrit au sein de ces espèces. C’est dans ce contexte que nous avons réalisé une étude génétique de 898 échantillons de Centrafrique et de 667 échantillons du Cameroun au moyen de marqueurs nucléaires (microsatellites) et mitochondrial (COI). Ces analyses ont permis la caractérisation de la variabilité génétique et de la différenciation intra et inter espèce. L’effet de possibles facteurs tels que la plante-hôte et l’origine géographique des individus analysés, souvent rapportés comme facteurs de structuration génétique chez l’espèce B. tabaci ont également été testés pour (i) déterminer la nature des espèces en circulation dans ces pays, (ii) comprendre la répartition de ces populations, (iii) évaluer l’étendue de leur diversité et structuration génétique, et (iii) considérer l’apport de ces connaissances dans la gestion des populations d’Afrique centrale. Nous avons ainsi pu décrire la présence en Centrafrique et au Cameroun de 6 espèces du complexe de B. tabaci et de 5 des sous-groupes d’une espèce (SSA1) de ce complexe (SSA1-SG1, SSA1-SG2, SSA1-SG1/2, SSA1-SG3, SSA2, SSA3, MED, MEAM1 et l’IO). Les abondances des populations d’aleurodes dénombrés sur manioc coïncident à des niveaux de type « pullulation » dans l’ensemble des zones échantillonnées, mettant en avant le statut de ces pays comme situés en zone épidémique. Ce travail de thèse a permis en outre de mettre en exergue le rôle de l’espèce SSA1-SG1 (P9H9/P18F5) dans la pullulation et l’expansion de la mosaïque africaine du manioc en Afrique centrale. Les populations de cette espèce et de cet haplotype en particulier ont été détectées comme dominantes et polyphages dans les pays échantillonnés. De même, au Cameroun, il été mis en avant que l’invasion et la pullulation de cet haplotype majoritaire pourrait être réalisé selon un processus d’invasion par hybridation avec les populations résidentes. Les données actuelles sur la distribution de cet haplotype dans ces deux pays tendent à montrer que non seulement le Cameroun et la RCA sont impactés par cette vague d’invasion mais pourraient l’être dans les pays limitrophes.

Le 26 janvier 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Antoine RIOUpour son doctorat en Écologie marine. Dirigée par Madame Pascale CHABANET, elle s'intitule:  : " Exploration analytique de la microchimie fine de l’otolithe pour l’écologie et l’étude de la gestion des stocks des poissons coralliens de l’île de La Réunion ".

Composition du jury :

• Madame Pascale CHABANET, Directrice de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement
• Madame Karine POTHIN, Docteur, Réserve Naturelle Marine de la Réunion
• Madame Martine POTIN-GAUTHIER, Professeur, Université de Pau et des Pays de l’Adour
• Monsieur Gilles BAREILLE, Chercheur, Centre National de la Recherche Scientifique
• Monsieur Henrich BRUGGEMANN, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Jacques PANFILI, Directeur de Recherches, Université de Montpellier

Résumé :

La gestion des ressources alimentaires doit passer par un équilibre entre activités humaines et une exploitation raisonnée de ces ressources. Sur l’île de La Réunion, la réserve naturelle marine oeuvre pour le maintien des populations de poissons traditionnellement exploitées comme le mérou macabit (Epinephelus merra, Serranidae) ou d’intérêt écologique (Acanthurus triostegus, Acanthuridae, et Plectroglyphidodon imparipennis, Pomacentridae).Pour mieux appréhender leur phase de vie larvaire souvent méconnue, la microchimie des otolithes a été utilisée pour retracer la vie des poissons dans un objectif appliqué à la gestion. Nos résultats ont permis de différencier la population de macabit à La Réunion en 3 groupes d’histoires de vie larvaires différentes sur un gradient nordsud, à partir de fortes variations en baryum, un élément trace provenant de l’environnement. Ces variations sont retrouvées également chez A. triostegus et P. imparipennis, lors de recrutement suite à des évènements cycloniques. Des sources de baryum ont été identifiées dans des eaux souterraines de La Réunion, mais aussi à l’échelle de l’océan Indien, aux Maldives et aux Iles Eparses. Le baryum s’est ainsi révélé être un élément trace à privilégier pour l’analyse de l’histoire de vie des poissons récifaux et pour révéler les caractéristiques spatiales et temporelles de la structure de leurs populations à l’échelle de La Réunion et dans l’océan indien. Des études complémentaires biologiques, chimiques et génétiques sont néanmoins nécessaires afin d’aboutir à des connaissances permettant d’adapter des mesures de gestion aux cycles biologiques des espèces.

Le 11 février 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Graziella CHUPPA TOSTAINpour son doctorat en Biotechnologie environnementale. Dirigée par Monsieur Thomas PETIT et Madame Laëtitia , elle s'intitule:  "Traitement biologique de vinasses de distillerie en vue de la production de molécules d’intérêt et énergétiques".

Composition du jury :

• Madame Laëtitia ADELARD, Maître de Conférences H.D.R., Université de La Réunion
• Madame Hélène CARRERE, Directeur de Recherches, INRA
• Madame Sabine GARABEDIAN, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Madame Elisabeth GIRBAL-NEUHASSER, Professeur, Université Paul Sabatier – Toulouse 3
• Monsieur Thomas PETIT, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Thierry REGNIER, Associate professor, Tshwane University of Technology

Résumé:

Issues de la fermentation et de la distillation des mélasses de canne à sucre, les vinasses constituent, avec près de 150 000 tonnes annuellement produites, l'un des déchets de l’industrie agroalimentaire le plus abondant de l’île de La Réunion. De par leurs fortes teneurs en éléments organiques et minéraux, leur potentiel polluant est considérable et leur traitement un enjeu environnemental majeur.

Le recours aux micro-organismes tels que les champignons filamenteux et les levures constitue une alternative de dépollution pertinente et économiquement viable. Le traitement aérobie des vinasses conduit notamment à une baisse significative de leurs propriétés physico-chimiques. Les souches appartenant au genre Aspergillus se sont avérées être particulièrement efficaces pour le traitement des vinasses avec des rendements de DCO et de décoloration pouvant atteindre respectivement 77% et 40% de réduction. Par ailleurs ces traitements aérobies s’accompagnent de fortes productions de biomasse pouvant atteindre jusque 30 g.L-1 de biomasse sèche en fonction de l’origine des vinasses. Ces résultats suggèrent que certains micro-organismes, à l’instar d’Aspergillus, possèdent les outils enzymatiques nécessaires pour dégrader les molécules réfractaires présentes dans la vinasse et les convertir en molécules fermentescibles.

Aspergillus niger est un des ascomycètes les plus étudiés. Son génome a fait l’objet d’un séquençage et la plupart des gènes sont identifiés. Une analyse transcriptomique a permis d’appréhender les mécanismes mis en jeu lors de la croissance d’A. niger en milieu vinasse et mis en évidence la sécrétion d’enzymes hydrolytiques. Par ailleurs, nous avons cherché à valoriser cette biomasse sous forme énergétique. Ainsi le potentiel méthanogène de vinasses pré-traitées par voie aérobie a été évalué. Sous certaines conditions, ce potentiel a pu être amélioré jusqu’à 60% comparativement à celui de vinasses non traitées.

Mots-clés :
Vinasse, canne à sucre, champignons, prétraitement aérobie, enzymes hydrolytiques, digestion anaérobie, potentiel méthane

Le 18 février 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Olivier DUFOUR pour son doctorat en Ecologie. Dirigée par Monsieur Matthieu LE CORRE, elle s'intitule: " Reconnaissance automatique de sons d’oiseaux et d’insectes "

Composition du jury :

• Monsieur Thierry ARTIERES, Professeur, Université d’Aix Marseille
• Monsieur Thierry AUBIN, Directeur de Recherches, Université de Paris Sud
• Monsieur Yves BAS, Chercheur, Muséum National d’Histoire Naturelle
• Monsieur Vincent DELCOURT, Ingénieur, BIOTOPE
• Monsieur Frédéric JIGUET, Professeur, Muséum National d’Histoire Naturelle
• Monsieur Matthieu LE CORRE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Jérôme SUEUR, Maître de Conférences, H.D.R., Muséum National d’Histoire Naturelle

Résumé:

Cette thèse a consisté en l’utilisation d’outils d’informatiques pour recueillir des informations concernant l’écologie d’espèces animales.
L’objectif de départ était d’assembler des algorithmes capables de traiter des enregistrements acoustiques et de détecter, lister et dénombrer les sons éventuellement présents d’insectes, amphibiens et oiseaux. Pour ce faire nous avons testé de manière non exhaustive différents classifieurs et descripteurs de signal audio pour (première partie) organiser et participer à trois concours internationaux de reconnaissance automatique de sons d’animaux et (seconde partie) construire un outil de suivi d’abondance d’espèces d’oiseaux marins pélagiques sur l’île de la Réunion.

La première moitié de la thèse a été dédiée à la construction et au test de modèles de reconnaissance multiclasses (92 espèces animales : 82 espèces d’oiseaux (dont 66 passériformes), 9 espèces d’insectes, et 1 espèce d’amphibien, Pelophylax kl. grafi).

La seconde moitié de la thèse s’est concentrée sur la construction de détecteurs de cris de deux espèces d’oiseaux protégées dont les colonies sont particulièrement difficiles d’accès et menacées par le développement et les éclairages urbains : Le Pétrel de Barau (Pterodroma baraui, endémique de la Réunion et en danger d’extinction depuis 2008 d’après l’UICN) et le Puffin tropical (Puffinus bailloni).

Les concours internationaux de reconnaissance automatique de sons d’oiseaux (ICML4B, MLSP2013, NIPS4B, LifeCLEF Bird...) visent à recréer les capacités du cerveau humain. Il s’agit d’une thématique d’apprentissage machine connectée à l’intelligence artificielle, visant à faire avancer un domaine de l’informatique poussé par des solutions innovantes et ou bio-inspirées. Ces concours ne répondent pas aux besoins pratiques des biologistes soucieux d’utiliser la bioacoustique automatique comme outil de suivi de populations animales

Sur la base de nos expériences, nous concluons qu’il est peu pertinent de chercher un modèle de reconnaissance commun à toutes les espèces animales étant donné l’extrême variabilité des signaux de la biodiversité acoustique et que nous pouvons répondre à de forts et urgents enjeux de conservation par la construction de modèles monospécifiques capables de distinguer les signaux d’un seule espèce parmi tous les autres sons composants son environnement acoustique.

Dans le cadre du projet OMAIR (en étroite collaboration M. Mathieu Souquet et la thèse de M. Benoît Gineste), nous avons démontré que les suivis par acoustique passive offrent une alternative appropriée aux points d’écoutes sur le terrain parce qu’ils sont précis, autonomes, robustes, discrets et réduisent les dangers dus à l’observation (pour l’observateur et pour l’observé).

Le 25 mars 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Jonathan DURAND pour son doctorat en Physique de l’atmosphère. Dirigée par Monsieur Pierre TULET, elle s'intitule: " Modélisation de la dynamique et de l'évolution physico-chimique des gaz volcaniques lors de l'éruption d'avril 2007 du Piton de la Fournaise ".

Composition du jury :

• Madame Céline MARI, Directrice de Recherches, Observatoire de Midi Pyrénées
• Madame Aline PELTIER, Physicienne adjointe, Institut de Physique du Globe de Paris
• Monsieur Hassen BENCHERIF, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Andrea DI MURO, Physicien adjoint, Institut de Physique du Globe de Paris
• Monsieur Jean-Baptiste FILIPPI, Chargé de Recherches, Université de Corse
• Monsieur Pierre TULET, Directeur de Recherches, Université de La Réunion

Résumé :

Le dioxyde de soufre (SO2) est un des principaux gaz émis lors des éruptions volcaniques. Au Piton de la Fournaise (La Réunion) environ 230 kT de SO2 ont été libérés pour la seule éruption d’avril 2007. Ces émissions ont provoqué d’importants problèmes sanitaires associés à des dégradations des infrastructures et des écosystèmes. Les mesures de SO2 réalisées par l’ORA ont relevé des concentrations supérieures aux seuils critiques pour la santé mais pas aux périodes où l’éruption était la plus intense. Cette étude consiste à utiliser le modèle meso-échelle atmosphérique Meso-NH pour simuler le transport de SO2 entre le 2 et le 7 avril, avec une attention portée sur l’influence des flux de chaleur provenant des coulées de lave. Trois domaines sont imbriqués de 2 km à 100m de résolution horizontale. Cette étude de modélisation couple simultanément (i) la dynamique atmosphérique de méso-échelle Meso-NH, (ii) un module de chimie en phase gazeuse et phase aqueuse, et (iii) un modèle de surface simulant une propagation de coulée de lave. Tous les flux (chaleur, vapeur, SO2, CO2 et HCl) sont déclenchées en ligne et sont fonction de la dynamique du front de propagation. Nos simulations reproduisent les observations des concentrations en surface de SO2 pour cette période et diverses analyses de sensibilité montrent que la distribution de soufre a été principalement contrôlée par le flux de chaleur de lave. Les dernières simulations incluent la modélisation du panache de vapeur d’eau lors de l’entrée de la lave en mer. Enfin, deux tests de sensibilités ont été réalisés sur la journée du 5 avril afin d’analyser les interactions dynamiques entre les différentes convections : au cratère et au dessus de la lave (flux de chaleur sensible) et lors de l’entrée de la lave en mer (flux de chaleur latente).

Le 31 mars 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Morguen ATIAMA pour son doctorat en Biologie des populations et Écologie. Dirigée par Monsieur Jean-Philippe DEGUINE, elle s'intitule: " Bioécologie et diversité génétique d'Orthops palus (Heteroptera, Miridae), ravageur du manguier à La Réunion ".

Composition du jury :

•     Madame Anne-Marie CORTESERO, Professeur, Université de Rennes 1
•     Madame Karen Mc COY, Directrice de Recherches, IRD
•     Monsieur Jean-Philippe DEGUINE, Chercheur, H.D.R., CIRAD
•     Monsieur Alain RATNADASS, Chercheur, H.D.R., CIRAD
•     Monsieur Bernard REYNAUD, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:

La culture du manguier à La Réunion est confrontée à un cortège de bioagresseurs, dont la punaise Orthops palus (Heteroptera, Miridae). Cette espèce est uniquement signalée en Ouganda et à La Réunion mais n’est considérée comme ravageur du manguier qu’à La Réunion. Peu d’études ont donc été consacrées à cet insecte, ce qui est à l'origine du manque de connaissance sur ce ravageur. L’objectif général de cette thèse est l’acquisition de connaissances sur O. palus. Il se décline en plusieurs objectifs spécifiques. Il s'agit, dans un premier temps, de caractériser la diversité de mirides présentes dans les vergers de manguiers de La Réunion. Dans un deuxième temps, l'objectif est de caractériser le cycle biologique d'O. palus et les interactions insecte-plantes. Enfin, dans un troisième temps, le dernier objectif consiste à étudier la distribution et la diversité génétique de l'espèce à La Réunion et dans la zone Sud-Ouest de l'Océan Indien (SOOI). Les principaux résultats de la thèse sont les suivants. La miridofaune des vergers de manguiers a été étudiée et, parmi les 13 espèces de mirides recensées, O. palus est l’espèce la plus abondante sur les inflorescences du manguier lors de sa floraison. Pour identifier O. palus au laboratoire et la reconnaître sur le terrain, trois outils originaux ont été construits (une clé d’identification, des séquences du Cytochrome c Oxydase I et une fiche de reconnaissance sur le terrain). Un élevage d’O. palus a été mis au point ; il a permis de caractériser son cycle biologique et de mesurer les durées de développement des différents stades. Parallèlement, l’inventaire in situ des plantes hôtes d’O. palus (15 espèces à La Réunion) a montré le caractère polyphage de espèce. Les études sur la diversité et la structuration génétique d’O. palus dans les îles du SOOI ont apporté des résultats importants. A La Réunion, la population d'O. palus est structurée en deux clusters, mais les facteurs structurant n'ont pu être totalement identifiés. A Maurice, une seule population est recensée et demeure différente de celles de La Réunion. Aucune race d’hôte n’a été mise en évidence, ni à La Réunion, ni à Maurice. Des flux de populations, dans les deux sens, ont été mis en évidence entre ces deux îles. Enfin, l’analyse de la diversité de l'ADN mitochondrial sur des individus prélevés sur quatre îles du SOOI (La Réunion, Maurice, Mayotte, Grande Comore) montre la présence d'au moins sept haplotypes dont la distribution confirme les échanges inter-îles. La dynamique spatiale et temporelle de l'insecte en relation avec sa stratégie de passage de l’année ainsi que les flux de populations à l’échelle du SOOI font l’objet de discussions transversales. Les résultats montrent qu’au-delà d'être une punaise s'attaquant uniquement au manguier, comme son nom le suggérait jusqu'à présent, O. palus est surtout une "Punaise des fleurs", susceptible de se maintenir toute l'année en se déplaçant, selon la disponibilité des ressources alimentaires, de plante en fleur à plante en fleur. Parmi les plantes participant à sa dynamique annuelle, plusieurs sont des plantes d'intérêt économique (letchi, jujubier, avocatier). Diverses perspectives de recherche sont proposées pour compléter les connaissances déjà acquises sur O. palus, notamment la compréhension des processus de dispersion des populations à l'échelle de l'agroécosystème, la vérification de la présence d’O. palus dans d'autres territoires du SOOI et l'étude de sa diversité génétique dans cette même région.

Enfin, à la lumière des résultats acquis dans la thèse, des propositions de gestion agroécologique des populations d’O. palus à l’échelle locale, ainsi que des recommandations sur les mesures de précaution à prendre pour éviter les flux de populations entre les pays de l’Océan Indien sont faites.

Le 29 avril 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Florence BOYERpour son doctorat en Biochimie. Dirigée par Monsieur Emmanuel BOURDON, elle s'intitule: "Stress oxydant et pathologie diabétique. Impact de l'hyperglycémie et de l'albumine glyquée sur les cellules cardiaques et adipeuses".

Composition du jury :

• Madame Marjolaine ROCHE, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Theeshan BAHORUN, Professeur, Université de Maurice
• Monsieur Emmanuel BOURDON, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur M.Faadiel ESSOP, Professeur, University of Stellenbosch
• Monsieur Olivier JOUBERT, Maître de Conférences, H.D.R., Université de Lorraine
• Monsieur Christian LEFEBVRE D’HELLENCOURT, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:

Le stress oxydant correspond à un déséquilibre entre les défenses antioxydantes et les espèces pro-oxydantes en faveur de ces derniers. Il joue un rôle central dans de nombreuses pathologies telles que l’obésité, le diabète et les maladies cardiovasculaires.
Le diabète est caractérisé par une hyperglycémie chronique, source d’un stress oxydant accru et de dommages oxydatifs tissulaires. Notamment l’hyperglycémie favorise la glycation des protéines aboutissant à la formation de produits avancés de glycation (AGE). Bien que l’action délétère des AGE soit reconnue dans le diabète, leurs rôles au niveau cardiaque et adipeux restent encore assez méconnus.
L’objectif de mon travail de thèse a été de déterminer les effets du stress oxydant, induit par l’hyperglycémie et l’albumine glyquée, au niveau des tissus adipeux et cardiaque, mais aussi au niveau de lignées cellulaires adipocytaires et cardiaques.
Mes résultats ont montré un impact délétère de l’hyperglycémie tant au niveau cellulaire que tissulaire. De plus, certains dysfonctionnements identifiés au niveau de cœurs ou de tissu adipeux provenant de modèle animaux diabétiques ont pu être reproduits in vitro par l’incubation de lignées cellulaires adipeuses ou cardiaques en présence d’albumine glyquée.
Cette étude propose de nouveaux éléments de compréhension sur les dommages de type oxydatif dans le cadre de la pathologie diabétique et ouvre de nouvelle piste d’étude sur le rôle spécifique que pourrait exercer les AGE issus de l’albumine au niveau du tissu adipeux et cardiaque.

Le 6 mai 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Laury BLAMBERTpour son doctorat en Biologie des populations. Dirigée par Monsieur Thierry PAILLER, elle s'intitule: "Biologie et chimie des Jumellea aromatiques de la Réunion. Application à la conservation et à la valorisation des espèces"

Composition du jury :

• Monsieur Stéphane BARET, Docteur, Parc National de La Réunion
• Monsieur Philippe FELDMANN, Directeur de Recherches, CIRAD Montpellier
• Monsieur Michel GRISONI, Docteur, CIRAD Réunion
• Monsieur Thierry PAILLER, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Bertrand SCHATZ, Directeur de Recherches, CNRS Montpellier
• Monsieur Stéphane POUSSIER, Professeur, Université de la Réunion

Résumé:

La biodiversité de l’île de La Réunion a récemment été reconnue comme d’intérêt mondial. Depuis 2010 le territoire du Parc National de La Réunion est en effet classé au patrimoine mondial de l’UNESCO. Cette riche biodiversité fournit des services à l’homme, notamment par le biais des plantes aromatiques et médicinales, utilisées traditionnellement sur l’île. Aujourd’hui, la responsabilité de La Réunion vis à vis de sa biodiversité est grande et l’enjeu majeur consiste à la gérer et à la valoriser durablement.

Le faham est une orchidée emblématique et patrimoniale, endémique des Mascareignes (Réunion, Maurice), bien connue des réunionnais et largement consommée pour ses propriétés aromatiques et médicinales. L’appellation faham regroupe en réalité deux espèces: une espèce de haute altitude, Jumellea rossii, et une espèce de basse altitude, Jumellea fragrans. Actuellement, le faham est récolté en milieu naturel sur les domaines publics ou privés car il n’existe pas de système de production agricole. L’utilisation continue de cette ressource depuis maintenant plusieurs siècles menace fortement sa survie en milieu naturel. C’est dans ce contexte qu’a été créé le projet ORCHIFAH, qui vise à mettre en place une filière de production de faham respectueuse de l’environnement et offrant des garanties quant à sa conservation. Partie intégrante de ce projet, le présent travail a pour objectif d’étudier certains aspects de la biologie et la chimie des deux espèces de faham préalablement à la mise en place d’une filière agricole. Ainsi, le système de reproduction, la germination asymbiotique in vitro, les rythmes de croissance et de production de biomasse foliaire, et la composition métabolomique des deux espèces ont été étudiés. Les résultats concourent à améliorer la connaissance des espèces, et fournissent une base solide pour leur mise en culture, ainsi que pour la conduite d’actions de conservation appropriées.

Le 29 juin 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Laurent BRIDIERpour son doctorat en Physique énergétique. Dirigée par Monsieur Alfred Philippe LAURET, elle s'intitule"Modélisation et optimisation d’un système de stockage couplé à une production électrique renouvelable intermittente ".

Composition du jury :

• Monsieur Mathieu DAVID, Maître de conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Stéphane LASCAUD, Ingénieur de Recherches, CEO EDF Store et Forecast
• Monsieur Philippe LAURET, Professeur, université de La Réunion
• Monsieur Bernard MULTON, Professeur, École Normale Supérieure de Rennes
• Monsieur Patrice PONGERARD, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Xavier ROBOAM, Directeur de Recherches, CNRS,  École Nationale Supérieure Électronique Électrotechnique Informatique Hydraulique Télécommunication, Toulouse

Résumé:

L'objectif de cette thèse est la gestion et le dimensionnement optimaux d'un Système de Stockage d'Energie (SSE) couplé à une production d'électricité issue d’Énergies Renouvelables Intermittentes (EnRI). Dans un premier temps, un modèle technico-économique du système SSE-EnRI est développé, associé à trois scénarios types d'injection de puissance au réseau électrique : lissage horaire basé sur la prévision J-1 (S1), puissance garantie (S2) et combiné (S3). Ce modèle est traduit sous la forme d'un programme d'optimisation non linéaire de grande taille. Dans un deuxième temps, les stratégies heuristiques élaborées conduisent à une gestion optimisée - selon les critères de fiabilité, de productivité, d'efficacité et de profitabilité du système - de la production d'énergie avec stockage, appelée "charge adaptative" (CA). Comparée à un modèle linéaire mixte en nombres entiers (MILP), cette gestion optimisée, applicable en conditions opérationnelles, conduit rapidement à des résultats proches de l'optimum. Enfin, la charge adaptative est utilisée dans le dimensionnement optimisé du SSE - pour chacune des trois sources : éolien, houle, solaire (PV). La capacité minimale permettant de respecter le scénario avec un taux de défaillance et des tarifs de revente de l'énergie viables ainsi que les énergies conformes, perdues, manquantes correspondantes sont déterminées. Une analyse de sensibilité est menée montrant l'importance des rendements, de la qualité de prévision ainsi que la forte influence de l'hybridation des sources sur le dimensionnement technico-économique du SSE.

Mots clés :

Stockage d'énergie renouvelable, dimensionnement optimal, services réseau, optimisation heuristique.

Le 8 juillet 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Étienne FRUMENCEpour son doctorat en Biologie Médecine Santé. Dirigée par Madame Pascale GUIRAUD, elle s'intitule " Réponse cellulaire à l'infection par les arbovirus Sindbis et Zika. Effets d'un facteur environnemental : le cadmium ".

Composition du jury :

• Madame Pascale GUIRAUD, Professeur, Université de La Réunion
• Madame Nolwenn JOUVENET, Chargée de Recherches, CNRS, HDR, Institut Pasteur
• Madame Marjolaine ROCHE, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Emmanuel BOURDON, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Pierre-Emmanuel CECCALDI, Professeur, Université Paris Diderot
• Monsieur Walid RACHIDI, Maître de Conférences, H.D.R., Université Grenoble Alpes

Résumé:

Les arbovirus sont un groupe de virus transmis par des vecteurs arthropodes contaminant chaque année plusieurs centaines de millions de personnes à travers le monde. De nombreux facteurs environnementaux, comme les xénobiotiques peuvent influencer la propagation des infections virales, la susceptibilité de l’hôte et la sévérité de l’infection. Parmi eux, le cadmium, métal toxique est connu pour moduler la résistance de l’hôte lors des infections par les arbovirus.

Ces travaux de thèse se sont portés sur l’étude de l’alphavirus Sindbis et du flavivirus Zika infectant des cellules épithéliales humaines. Les résultats de cette thèse ont permis de démontrer que les cellules A549 étaient permissives à la souche épidémique de 2013 du virus Zika. Le virus se réplique efficacement et induit une apoptose de type mitochondriale dans les cellules A549. La réponse immunitaire innée des cellules a été caractérisée et le rôle des interférons de type I a été mis en avant. Ces résultats peuvent contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes de pathogénicité de ce virus chez l’homme. Par la suite, les effets d’une exposition au cadmium lors des infections par les virus Sindbis et Zika ont été évalués. L’infection par le virus Zika n’a pas été modulée par l’exposition au cadmium in vitro. Mais de façon surprenante dans le cas de l’infection des cellules HEK 293, le cadmium a protégé les cellules des effets cytopathiques induits par le virus Sindbis. En présence de cadmium, l’apoptose induite par le virus a été inhibée et la réplication du virus Sindbis a été réduite.

Le 24 août 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Mohamed Toihir ABDOULWAHAB pour son doctorat en Physique de l’atmosphère. Dirigée parMonsieur Hassan BENCHERIF et co-dirigée par Monsieur Venkataraman SIVAKUMAR, elle s'intitule " Analyse de la variabilité et la tendance de l'ozone stratospherique au-dessus des tropiques et subtropiques sud ".

Composition du jury :

• Madame Andréa PAZMINO, Physicienne adjointe, Université de Versailles Saint Quentin
• Monsieur Hassan BENCHERIF, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Laaziz EL AMRAOUI, Chargé de Recherches, Météo France
• Monsieur Alain HAUCHECORNE, Directeur de Recherches, Université de Versailles Saint Quentin
• Monsieur Thierry PORTAFAIX, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Alain SARKISSIAN, Physicien adjoint, Université de Versailles Saint Quentin
• Monsieur Venkataraman SIVAKUMAR, Professeur, University of Kwazulu Natal

Résumé:

L’ozone joue un rôle primordial dans l’équilibre photochimique de l’atmosphère et participe à l’équilibre radiatif de la Terre. Dans la troposphère, l’ozone détermine la capacité oxydante de la majorité des gaz et agit comme un gaz à effet de serre ; tandis que dans la stratosphère l'ozone joue un rôle vital pour la biosphère en filtrant les radiations ultraviolettes les plus dangereuses. D’où l’intérêt de surveiller la variation de l’ozone continuellement à différents endroits du globe.
Dès le début des années 80, il a été constaté une diminution inquiétante et progressive de l’ozone stratosphérique, du fait notamment de l’augmentation des émissions de composés halogénés synthétiques (chlore, brome iode ou fluor). Ce constat a conduit à la signature du Protocole de Montréal en 1987 dont l’objectif est de mettre en place une politique internationale visant à réduire les émissions des substances qui contribuent à l’appauvrissement de la couche d’ozone. Trente ans après la signature du Protocole de Montréal, les concentrations de ces substances commencent à diminuer dans l’atmosphère, le trou dans la couche d’ozone au-dessus de l’Antarctique diminue progressivement (Salomon et al., 2016) et un recouvrement de la couche d’ozone est prévu avant 2050 (OMM, 2014).
Il est nécessaire aujourd’hui de poursuivre les efforts de surveillance de l’ozone à l’échelle du globe et de bien suivre son évolution en tenant compte des forçages qui modulent ses concentrations dans différentes couches de l’atmosphère. Dans ce travail, nous utilisons des mesures d’ozone effectuées par différents instruments d’observation opérationnels sur un ensemble de sites tropicaux et subtropicaux de l’hémisphère sud. Ces jeux de données d’observation ont été structurés et combinés pour construire des bases des données fiables et homogènes, afin d’étudier la variabilité et d’estimer les tendances de l’ozone. La caractérisation des forçages contribuant à la variabilité de l’ozone est basée sur le développement et l’utilisation d’un ensemble d’outils numériques de traitement du signal, dont les transformées de Fourier et les décompositions en ondelettes.
En plus des outils statistiques, un modèle d’estimation des tendances est mis en œuvre. Il s’agit du modèle Trend-Run adapté au LACy et utilisé pour la quantification des forçages et l’estimation des tendances décennales (Bencherif et al., 2006 ; Bègue et al., 2010). Les résultats des tendances obtenus pour l’ensemble des sites étudiés montrent une amélioration de la couche d’ozone avec des taux variables entre 0 et 2.78% par décennie. Cette amélioration est observée surtout aux latitudes subtropicales au-dessus de 22km.

Le 13 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Benoit GINESTE pour son doctorat en Ecologie marine. Dirigée parMonsieur Mathieu LE CORRE en partenariat avec le bureau d'études BIOTOPE, elle s'intitule"Étude de la biologie et de la vulnérabilité au développement anthropique des oiseaux marins nocturnes à La Réunion ".

Composition du jury :

• Monsieur Yves HANDRICH Chargé de Recherches, H.D.R., Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien
• Monsieur Sébastien JAQUEMET, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Matthieu LE CORRE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Mathieu SOUQUET, Directeur stratégique Océan Indien, Biotope
• Monsieur Yann TREMBLAY, Chargé de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement
• Monsieur Éric VIDAL, Directeur de Recherches, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale

Résumé:

Les activités humaines sont à l’origine de la plupart des menaces actuelles pesant sur la biodiversité. Dépendant des milieux marins et terrestres pour leur survie et leur reproduction, les oiseaux marins sont particulièrement exposés aux pressions anthropiques. Dans les îles urbanisées où nichent des oiseaux marins, les aménagements urbains et industriels provoquent de la mortalité, induite par les collisions ou par la pollution lumineuse, responsable d’échouages de jeunes individus attirés par les lumières artificielles. Les oiseaux marins nocturnes, et notamment les Procellariidae, sont particulièrement concernés par ce phénomène mondial, car de nombreuse d’espèces, dont certaines sont endémiques et menacées, nichent dans des îles urbanisées, singulièrement dans la ceinture intertropicale. Des campagnes de sensibilisation et des opérations de sauvetage sont localement mises en place pour secourir les oiseaux impactés par les aménagements. C’est le cas de l’île de La Réunion dont la population humaine dépasse les 850 000 habitants et qui abrite 4 espèces de Procellariidae nicheurs dont 2 espèces endémiques et menacées de disparition. Des opérations de sauvetages sont réalisées en continue depuis 1996. Cependant, du fait du caractère diffus de ces perturbations, les impacts de ces aménagements sur les individus et sur les populations ont rarement été quantifiés. Dans une optique de conservation et afin de réaliser des études environnementales objectives et pertinentes, permettant de proposer des mesures d’évitement, de réduction et de compensation des impacts (la séquence Éviter, Réduire, Compenser ou « ERC »), il est nécessaire de disposer d’informations sur la répartition des espèces susceptibles d’être impactées, sur leur comportement de vol et d’une évaluation de leur vulnérabilité vis-à-vis des aménagements à différentes échelles temporelles et spatiales. L’objectif de cette thèse est donc d’évaluer la vulnérabilité des oiseaux marins nocturnes de La Réunion vis-à-vis des aménagements. Dans un premier temps, nous avons étudié, au travers de deux prospections acoustiques, l’évolution de la taille de la population et de la répartition des colonies de puffin tropical Puffinus bailloni à l’échelle de l’île sur une période de 19 ans. Dans un second temps, grâce à la technologie radar, nous avons caractérisé les patterns de vol du puffin tropical et du pétrel de Barau Pterodroma baraui à différentes échelles temporelles et spatiales. Nos résultats montrent une stabilité apparente de la population de puffin tropical malgré la forte pollution lumineuse, suggérant, entre autre, l’efficacité des opérations de sauvetage. Le puffin tropical et le pétrel de Barau présentent des patterns de vol spécifique (timing, altitude, saison, distribution spatiale). Les effectifs estimés de pétrel de Barau transitant par nuit suggèrent une population plus importante que celle connue actuellement, tandis que nos observations de puffin tropical sont cohérentes avec les estimations actuelles. Les jeunes pétrels de Barau s’envolent principalement durant les premières heures de la nuit. Des outils d’aide à la décision à destination des aménageurs, des gestionnaires et des services environnementaux de l’Etat ont été produits à partir de ces différentes informations. Nous avons également mis au point une méthodologie pour l’évaluation des impacts potentiels de projets d’aménagement sur les oiseaux marins. Nous avons ensuite proposé un ensemble de mesures générales d’évitement et de réduction des impacts des aménagements sur l’avifaune marine ainsi que des mesures potentielles de compensation, au travers notamment, de la création d’un fond fiduciaire. Nos travaux soulèvent également la nécessité de la poursuite des recherches fondamentales et appliquées sur ces problématiques.



Mots clés

Oiseaux marins nocturnes – Pterodroma baraui – Puffinus bailloni - La Réunion - prospection acoustique - radar ornithologique - répartition des colonies - estimation des effectifs - comportement de vol - vulnérabilité face aux risques de collision et d’échouage - séquence « Éviter, Réduire, Compenser »

Le 16 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Jérôme RIVIÈRE pour son doctorat en Electronique. Dirigée parMonsieur Jean-Daniel LAN SUN LUK, elle s'intitule" Conception et réalisation de rectenna en technologie guide d'onde coplanaire (CPW) pour de faibles niveaux de puissance".

Composition du jury :

• Monsieur Frédéric ALICALAPA, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Alexandre DOUYERE, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Jean-Daniel LAN SUN LUK, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Vikass MONEBHURRUN, Professeur adjoint, H.D.R., Centrale Supélec
• Monsieur Christian VOLLAIRE, Professeur, Ecole Centrale de Lyon
• Monsieur Tân Phu VUONG, Professeur, INP-Grenoble

Résumé :

Le sujet de thèse abordé lors de cette soutenance s'inscrit dans la thématique du LE²P sur l'autonomie énergétique des réseaux de capteurs. Ce travail est axé sur la partie réception et redressement du transfert de l'énergie sans fil pour l'apport d'énergie à des capteurs nomades. Ce procédé n'est pas nouveau et prend son origine dans les années 1950. Les connaissances dans l'appréhension de ce processus sont nombreuses pour certains guides d'onde tels que le microruban. Mais la nécessité de perçages dans ces structures de guide d'onde peut être contraignante et causer des disparités dans une chaîne de construction.

Ceci a motivé les travaux présentés qui utilise une technologie de guide d'onde coplanaire (CPW) peu exploitée. Ainsi, la conception d'un tel dispositif passe par la maîtrise d'un point de vue conceptuel et expérimental de cette technologie. La démarche consiste à utiliser ce guide d'onde coplanaire en minimisant les effets négatifs que peut engendrer ce dernier, pour s'abroger du besoin de perçage et faciliter la réalisation des dispositifs de redressement en limitant le nombre d'interactions humaines.

Le 20 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Julien HOARAUpour son doctorat en Biotechnologie. Dirigée par Monsieur Thomas PETIT, elle s'intitule" Développement d’un procédé de production de biodiesel par voie microbienne à partir de déchets organiques issus de l’agro-industrie réunionnaise ".

Composition du jury :

• Madame Pascale DE CARO, Maître de Conférences, H.D.R., ENSIACET - Toulouse
• Madame Isabelle GRONDIN, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Yanis CARO, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Alain MARTY, Professeur, INSA Toulouse
• Monsieur Jean-Marc NICAUD, Directeur de Recherches, INRA
• Monsieur Thomas PETIT, Professeur, Université de La Réunion

Résumé :

La Réunion dispose d’un gisement important de ressources organiques renouvelables dont une grande partie est sous forme de déchets liquides tels que les vinasses de distillerie, représentant plus de 150 000 tonnes d’effluent par an. Les problématiques de gestion de ces effluents sont fortement impactées par leur haute charge en élément organique et nécessitent la mise en œuvre de techniques de dépollution coûteuses. Leur valorisation en tant que matière première est donc une voie potentielle pour une gestion plus efficace et économiquement rentable. Parmi les nombreuses pistes de valorisation biotechnologiques existantes pour les vinasses de distillerie, nous nous sommes proposés dans ce projet de valoriser ces déchets sous forme de biodiesel. La sélection de microorganismes oléagineux (champignons filamenteux et levures) adaptés aux déchets liquides de distilleries locales en vue de leur transformation en biodiesel a mis en avant les capacités de croissance des souches de champignons filamenteux dont 60% de celles testées ont démontré une croissance supérieure à 8 g/L et allant jusqu’à 20 g/L, avec des capacités de mobilisation des ressources nutritives de la vinasse jusqu’à 50% de l’azote et du carbone organique. L’adaptation du procédé à la levure oléagineuse Yarrowia lipolytica, connue comme microorganisme oléagineux modèle pour la production de biodiesel a mis en évidence une carence en phosphate limitante pour la croissance de ce microorganisme, ainsi qu’une amélioration de 80% de la biomasse produite observée après ajout de KH2PO4. Par ailleurs, la mobilisation du matériel enzymatique d’un microorganisme à forte croissance sur vinasse a également permis d’obtenir une amélioration de la production de biomasse levurienne, laissant entrevoir la possibilité de valorisation d’un cocktail enzymatique spécifiquement adapté à la dégradation de vinasses de distilleries. Enfin, l’évaluation de protocoles de transformation des lipides plus efficaces a été réalisée en cherchant à limiter les coûts liés au séchage et à l’extraction des lipides avant méthanolyse. L’application de la transestérification directe de la biomasse a permis une production plus importante de biodiesel comprise entre 10 et 90 % selon l’humidité de la biomasse, démontrant la possibilité de supprimer l’étape d’extraction des lipides. Par ailleurs, la combinaison de catalyseurs basiques et acides permet d’augmenter les rendements en biodiesel à partir de biomasse humide pour se rapprocher des performances obtenues sur biomasse sèche.

Le 23 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Emmanuel PICHONpour son doctorat en Chimie. Dirigée par Madame Anne BIALECKI, elle s'intitule" Recherche de molécules naturelles bioactives issues de la biodiversité marine de la zone Sud-Ouest de l’Océan Indien ".

Composition du jury :

• Madame Anne BIALECKI, Professeur, Université de La Réunion
• Madame Isabelle GRONDIN, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Madame Jacqueline SMADJA, Professeur émérite, Université de La Réunion
• Monsieur Ali AL-MOURABIT, Directeur de Recherches, Institut de Chimie des Substances Naturelles
• Monsieur Michel FREDERICH, Professeur, Université de Liège
• Monsieur Olivier GROVEL, Maître de Conférences, H.D.R., Université de Nantes

Résumé :

Les travaux de thèse présentés dans ce manuscrit portent sur l'étude de quatre éponges marines issues de la zone Sud-Ouest de l’Océan Indien : Plakortis kenyensis, Theonella swinhoei, Haliclona fascigera et Fascaplysinopsis reticulata. Les travaux entrepris comprenaient l'étude chimique de ces éponges incluant l'extraction, l'isolement et l'identification des métabolites secondaires par différentes techniques chromatographiques (CLMP, CLHP...) et spectroscopiques (UV-visible, HRMS, RMN 1D et 2D...). Douze métabolites secondaires ont été isolés de ces éponges dont six de structures nouvelles, à savoir : l’acide 2,5-époxydocosan-6-én-21-ynoïque (HF1), un acide gras atypique isolé de l’éponge Haliclona fascigera ; la 8-oxo-tryptamine (FR2), la 6,6’-bis-(débromo)- gelliusine F (FR3), la 6-bromo-2’-déméthyl-3’-N-méthyl-1’,8-dihydroaplysinopsine (FR6), la 5,6-dibromo-2’- déméthyl-3’-N-méthyl-1’,8-dihydroaplysinopsine (FR7) et la 5,6-dibromo-3’-déimino-2’-déméthyl-3’-oxo-1’,8- dihydroaplysinopsine (FR8), cinq alcaloïdes indoliques isolés de l’éponge Fascaplysinopsis reticulata. La valorisation des molécules isolées a ensuite été envisagée via l'évaluation de leurs activités biologiques. Parmi les douze molécules isolées, sept ont montré une activité antipaludique, trois une activité inhibitrice du quorum sensing de la bactérie bioluminescente Vibrio harveyi et cinq une activité anti-microfouling par inhibition de l’adhésion et/ou de la croissance de souches microbiennes marines.


Mots clés :
 
Océan Indien, Eponges marines, Plakortis kenyensis, Theonella swinhoei, Haliclona fascigera, Fascaplysinopsis reticulata, métabolites secondaires, activité antipaludique, activité anti-microfouling, activité inhibitrice du quorum sensing, activité antimicrobienn

Le 26 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Santatra RAVELOMANANTSOApour son doctorat en Microbiologie. Dirigée par Philippe PRIOR, elle s'intitule" Biologie des populations du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum appliquée à l’épidémiologie du flétrissement bactérien de la pomme de terre à Madagascar ".

Composition du jury :

•     Madame Caitilyn ALLEN, Professeur, University of Wiscosin
•     Madame Isabelle RAMONTA, Professeur, Université d’Antananarivo
•     Madame Isabelle ROBENE, Chercheur, H.D.R., CIRAD 3P
•     Monsieur Claude BRAGARD, Professeur, Université Catholique de Louvain
•     Monsieur Stéphane POUSSIER, Professeur, Université de La Réunion
•     Monsieur Philippe PRIOR, Directeur de Recherches, CIRAD 3 P

Résumé :

Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) constitue un groupe de souches génétiquement hétérogène, responsable du flétrissement bactérien chez une vaste gamme d’hôtes pouvant compromettre la pérennité de l’agriculture d’aujourd’hui. Récemment, une épidémie sévère et atypique de flétrissement bactérien sévit dans les bassins de production de pomme de terre des hauts plateaux centraux malgaches. Le contrôle et le déploiement de cultivars résistants pour la gestion durable de l’épidémie impliquent la caractérisation au préalable de l’agent pathogène d’une part, la compréhension de la structure et l’organisation spatiale des populations du ceRs prévalentes dans les bassins, d’autre part. Nous avons exploré la diversité génétique du ceRs pour caractériser et comprendre les graves épidémies de flétrissement bactérien qui sévissent à Madagascar. Une large collection de souches (n=1224; 75 sites) est constituée. Les souches sont assignées aux phylotypes I, III, et la grande majorité associée à l’épidémie appartiennent au groupe IIB-1 (‘Brown rot’ des anglo-saxons) signalé pour la première fois à Madagascar. L’approche MLVA (RS2-MLVA9) a révélé leur apparenté aux souches IIB-1 distribuées mondialement, suggérant ainsi une introduction malheureuse à Madagascar. Trois populations clonales se propagent par des tubercules infectées. Cette étude a également permis de définir pour la première fois la structure des populations des souches du phylotype III. Le génotypage des souches malgaches du phylotype III, avec le schéma hautement résolutif RS3-MLVA16 que nous avons développé, a révélé une forte diversité génétique structurée géographiquement en onze populations clonales bien différenciées. Cette structure reflète un caractère endémique des populations suggérant l’absence de transmission par tubercules. Les souches malgaches sont différentes de celles d’Afrique continentale. Les souches IIB-1 et III présentent deux modèles épidémiologiques différents. Les variétés de pomme de terre cultivées à Madagascar n’ont montré aucune résistance génétique vis-à-vis du panel de souches malgaches. Cependant, dans nos conditions expérimentales les accessions du CIP 720118 et 800934 sont résistantes aux souches I-31 non détectées pour l’instant à Madagascar, mais prévalentes dans l’Océan Indien. Nous disposons ainsi d’un outil robuste pouvant être appliqué à l’étude du phylotype III, d’une vue globale de la structure des populations et d’épidémiologie du ceRs.

Le 26 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Emmanuelle DORLA pour son doctorat en Chimie. Dirigée Madame Isabelle GRONDIN, elle s'intitule " Étude phytochimique et propriétés bioactives de Peperomia borbonensis (Miq.) Piperaceae ".

Composition du jury :

• Madame Anne-Marie CORTESERO, Professeur, Université de Rennes 1
• Madame Isabelle GRONDIN, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Madame Caroline STEVIGNY, Professeur, Université Libre de Bruxelles
• Monsieur Philippe LAURENT, Docteur, Université de La Réunion

Résumé:

Les maladies impliquant des micro-organismes représentent un problème majeur de santé publique en raison du fort taux de mortalité provoqué par l’accroissement et l’émergence de souches résistantes. De même, les régions tropicales du Monde et La Réunion doivent faire face depuis plusieurs années à la pression accrue d’arthropodes ravageurs de cultures et vecteurs de maladies. Pour lutter contre ces arthropodes, des pesticides synthétiques aux conséquences désastreuses sur l’Homme et l’environnement sont principalement utilisés. Un phénomène grandissant de résistance aux molécules conventionnelles est observé chez ces pathogènes. Face à ce constat, il est primordial de proposer de nouvelles molécules aux propriétés biocides. Dans le cadre de ces travaux de thèse, un criblage biologique préliminaire réalisé sur vingt plantes endémiques et indigènes de La Réunion a mis en évidence l’activité antibactérienne et acaricide des extraits acétate d’éthyle de plusieurs espèces végétales. En raison de son large spectre d’activités biologiques, l’espèce Peperomia borbonensis (Miq.) a été sélectionnée pour une investigation chimique et biologique approfondie. La suite de ces travaux de recherche a été consacrée à l’isolement par fractionnements bio-guidés et à l’identification des composés bioactifs non volatils. Quatorze molécules, dont un amide de structure nouvelle, ont été ainsi caractérisés. Par ailleurs, les propriétés insecticides de l’huile essentielle de cette Piperaceae ont été démontrées contre la mouche du melon Bactrocera cucurbitae.

Le 7 octobre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Somasekhar Reddy KANDUKURI pour son doctorat en Physique énergétique. Dirigée par Monsieur Jean-Daniel LAN SUN LUK et co-encadrée par Messieurs Nour Mohammad MURAD et Richard LORION, elle s'intitule "Spatio-Temporal Adaptive Sampling Techniques for Energy Conservation in Wireless Sensor Networks ".

Composition du jury :

•     Monsieur Denis GENON-CATALOT, Maître de Conférences, Université Pierre Mendés France
•     Monsieur Jean-Daniel LAN SUN LUK, Professeur, Université de La Réunion
•     Monsieur Richard LORION, Maître de Conférences, Université de La Réunion
•     Monsieur Abdelhamid MELLOUK, Professeur, Université Paris-Est Créteil Val de Marne
•     Monsieur Nour Mohammad MURAD, Maître de Conférences, Université de La Réunion
•     Monsieur Jean-Marc THIRIET, Professeur, Université Grenoble Alpes

Résumé:

Wireless sensor networks (WSNs) technology have been demonstrated that to be an useful measurement systems for numerous both indoor and outdoor applications, such as environmental monitoring, which possess many sort of environments, namely as forest fire detection, weather forecasting, water supplies, air pollution monitoring, natural resource protection, and so on, elderly care, industrial, structural buildings monitoring.
The independant nature of WSNs from the existing infrastructure, virtually, the WSNs can be deployed in any sort of location, and provide the senor samples accordingly from both time and space. On the contrast, the manual deployments by humans can be achievable only at a high cost-effective nature and involve significant work. In real-world applications, the feasibility of the wireless sensor networks can only be maintained, if certain challenges are overcome. The lifetime limitation of the distributed nodes and user interfaces are amongst these challenges. The lifetime restriction and energy conservation are the major challenge in nodes, in order to achieve the contributions to the solution of these challenge have been an objective of this thesis.

Redundant data transmissions are likely to happen repeatedly in Wireless Sensor Networks (WSNs). According to the literature survey, energy-efficiency predominately relies on data aggregation rather than routing or duty-cycling approaches. As data redundancy dominates the power usage in communication costs, in order to identify and reduce the redundant data transmissions by individual nodes, we propose a hybrid data aggregative window function (DAWF) algorithm for exploiting both spatial and temporal data redundancies in WSNs. Furthermore, the proposed novel approach aims to process the hybrid filtration using both compressive and prediction based techniques in sensor nodes (SN) as well as in cluster-head (CH) nodes. In this regard, the experimental studies of this work show that the DAWF mechanism can suppress a huge amount of temporal redundant data messages and can also save a huge redundant transmissions in sensor nodes, while providing reliable data messages towards the base station (BS), and which can also suppress a large amount of spatial redundant data transmissions by utilizing the optimal DAWF parameters of the CH node.

Le 17 novembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Maxime JACQUOT pour son doctorat en Biologie des populations et écologie. Dirigée par Monsieur Jean-Philippe DEGUINE, elle s'intitule "Biodiversité et fonctionnement écologique des agroécosystèmes à base de manguiers à La Réunion ".

Composition du jury :

• Madame Sabrina GABA, Chargée de Recherches, H.D.R., INRA Dijon
• Madame Sergine PONSARD, Professeur, Université Paul Sabatier – Toulouse 3
• Monsieur Jean-Noël AUBERTOT, Directeur de Recherches, INRA
• Monsieur Jean-Philippe DEGUINE, Chercheur, H.D.R, CIRAD 3P
• Monsieur Dominique STRASBERG, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Philippe TIXIER, Chercheur, H.D.R., CIRAD Montpellier

Résumé: Dans les agroécosystèmes, l’utilisation de la biodiversité pour la régulation naturelle des arthropodes nuisibles vise à proposer une protection agroécologique des cultures, en alternative à la protection agrochimique actuelle. Notre étude a porté sur les agroécosystèmes à base de manguiers à La Réunion, avec l’objectif de comprendre les facteurs qui influencent la biodiversité et la régulation des arthropodes nuisibles. Cet agroécosystème est caractérisé par une importante diversité (797 espèces d’arthropodes et 114 espèces de plantes) et nos résultats ont révélé l’existence de contrôles ascendants et descendants positifs de cette biodiversité au sein des communautés. Nous avons également mis en évidence les services et disservices des espèces dominantes de fourmis envahissantes : deux d’entre elles fournissent un service de prédation et l’une d’elles réduit la diversité des ennemis naturels omnivores, ce qui semble expliquer la relation négative entre la diversité des omnivores et le service de prédation. Enfin, nous avons montré l’effet positif de la diversité des parasitoïdes et de la diversité des prédateurs, respectivement sur l’abondance des populations de la Cochenilles des Seychelles et sur le service de prédation. Le seul effet significatif du paysage qui a été décelé est l’effet positif de la proportion des vergers de manguiers sur l’abondance du Thrips Sud-Africain des agrumes. L’ensemble de ces résultats nous permet d’identifier deux leviers pour la protection agroécologique des vergers de manguiers : l’implantation d'enherbements diversifiés dans les vergers ; la gestion collective du paysage en y limitant la proportion des vergers de manguiers.

Le 22 novembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Abir HAFSI pour son doctorat en Biologie des populations et écologie. Dirigée par Monsieur Pierre-François DUYCK et en cotutelle avec l'Université de Sousse (Tunisie) sous la direction de Monsieur Brahim CHERIMITI, elle s'intitule "Gestion des populations par piégeage de masse en vergers et étude de la spécialisation d’hôte chez les diptères Tephtitidae ".

Composition du jury :

•     Madame Kaouthar LEBDI GRISSA, Professeur, Institut National Agronomique de Tunisie
•     Monsieur Mohamed Habib BEN JAMAA, Professeur, Institut National de la Recherche en Génie Rural, Eaux et Forêts - Tunisie
•     Monsieur Brahim CHERIMITI, Professeur, Institut Superieur Agronomique - Tunisie
•     Monsieur Marc DE MEYER, Chef du département de biologie, Musée Royalede l'Afrique Centrale
•     Monsieur Pierre-François DUYCK, Chercheur, H.D.R, CIRAD 3P
•     Monsieur Benoit FACON, Chercheur, H.D.R., INRA
•     Monsieur Bouzid NASRAOUI, Professeur, Institut Superieur Agronomique - Tunisie

Résumé:

Les mouches des fruits de la famille des Tephritidae sont parmi les ravageurs les plus importants des cultures fruitières et légumières dans le monde. C’est notamment le cas en Tunisie où Ceratitis capitata (Diptera : Tephritidae) constitue un frein au développement des cultures fruitières. Dans cette thèse, j’ai testé l’efficacité de différentes méthodes de contrôle de cette espèce. Une détection précoce de la population imaginale avec la para-phéromone « trimedlure » est nécessaire avant l’application d’autres méthodes de lutte. Le bio-insecticide Spinosad est efficace dans la lutte contre C. capitata et représente une bonne alternative à l’insecticide organophosphoré Malathion, mais doit faire partie d’une approche de lutte intégrée incluant des systèmes de bait station et de piégeage de masse. Un système de bait station, constitué d’un attractif alimentaire (hydrolysats de protéines) et d’un insecticide (cyperméthrine), s’est avéré efficace dans la réduction des dégâts sur agrumes et pêchers dans les régions à faible densité de C. capitata. Ce système est également moins nocif que les traitements chimiques vers les insectes non-cibles. Dans les cultures d’agrumes, d’abricot et de figue, les populations de C. capitata ont pu être contrôlées par un système de piégeage de masse contenant un attractif alimentaire à base d’hydrolysats de protéines.
De nombreux cas d’invasions de Tephritidae sont connus dans le monde et plusieurs espèces constituent une menace pour la Tunisie. Dans cette thèse, j’ai mis en évidence les liens existants entre sept espèces de Tephritidae et leur gamme de plantes hôtes. Ce travail a permis de déterminer l’effet de la plante hôte sur les différents traits de leur valeur sélective. La hiérarchie observée dans les performances larvaires de chaque espèce de Tephritidae peut être expliquée en partie par la composition biochimique des fruits hôtes. Les espèces oligophages ont une meilleure survie dans les fruits très riches en eau alors que les espèces polyphages ont une meilleure survie dans les fruits riches en sucre, lipide et fibre. J’ai ensuite comparé la niche fondamentale de ces espèces à leur niche réalisée sur le terrain à La Réunion. Pour les sept espèces, la niche fondamentale est plus large que la niche réalisée ; la différence entre les deux niches est plus importante pour les espèces subissant la compétition avec des espèces dominantes sur le terrain. Également, les espèces spécialistes utilisent des plantes hôtes phylogénétiquement proches contrairement aux espèces généralistes. Ces résultats fournissent des informations utiles pour mieux comprendre les risques d’invasion chez les insectes phytophages.


Mots clefs :
 
Tephritidae, attract-and-kill, piégeage de masse, bait station, niche fondamentale, niche réalisée, éléments nutritifs, plante-hôtes, performance larvaire

Le 1er décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur CUVILLIER Alexis pour son doctorat en Biologie Marine. Dirigée par Monsieur Henrich BRUGGEMANN, elle s'intitule " Herbiers marins de la réunion : fonctionnement et dynamique dans un contexte anthropise ".

Composition du jury :

• Madame Katia BALLORAIN, Docteur, Agence des aires marines protégées
• Madame Pascale CUET, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Henrich BRUGGEMANN, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Lionel DENIS, Professeur, Université de Lilles
• Monsieur Patrick FROUIN, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Mathew VANDERKLIFT, Principal Research Scientist, CSIRO

Résumé:

A l’interface bentho-pélagique, les herbiers marins présentent une multitude de rôles écosystémiques essentiels, comme par exemple la protection du littoral ou être des réservoirs de biodiversité. Historiquement, les scientifiques et décideurs de La Réunion se sont focalisés sur l’écosystème récifal. Néanmoins, des prairies de phanérogames marines monospécifiques à Syringodium isoetifolium sont présentes de manière pérenne (3 hectares en 2013) au sein du complexe récifal de l’Ermitage / La Saline (côte ouest de La Réunion – océan Indien). L’objectif principal de cette étude était d’apporter les premières données sur l’écologie de ces herbiers marins. Pour cela une approche pluridisciplinaire a été développée. Un volet porte sur l’étude de la dynamique spatiale du paysage herbier sur 65 ans (dès 1950), ainsi qu’à une échelle saisonnière (2013-2015). Elle a permis de définir le rôle majeur des forçages hydrodynamiques et de l’eutrophisation. Un deuxième volet, sur l’analyse de la productivité de l’écosystème herbier et sa réponse métabolique face à des apports nutritifs (nitrate, phosphate), révèle une forte variabilité des bilans métaboliques (autotrophie ou hétérotrophie) en fonction des conditions environnementales, ainsi qu’un rôle de tampon sur les flux de nutriments, jusqu’à un certain seuil. En troisième lieu, des analyses isotopiques (δ13C et δ15N) ont permis d'identifier les sources de matière entrant dans l'écosystème et alimentant les réseaux trophiques associés aux herbiers. Deux communautés sont particulièrement concernées : les holothuries et poissons herbivores). L’étude a permis d’établir un lien trophique entre Holothuria leucospilota et les herbiers marins. Par ailleurs, le rôle essentiel des prairies sous-marines dans le maintien des populations de poisson herbivores récifaux (alimentation, nourricerie) a été mis en évidence, notamment pour des espèces dîtes « résidentes » (Leptoscarus vaigiensis et Siganus sutor). Des enquêtes locales ont révélé une méconnaissance de cet écosystème malgré leur potentiel économique et écologique.  Ces écosystèmes aux fonctions importantes doivent donc être mieux pris en compte dans la gestion du milieu marin réunionnais.

Le 9 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Clément TRYSTRAM pour son doctorat en Biologie Marine. Dirigée par Professeur Sebastien JAQUEMET, elle s'intitule "Ecologie trophique de poissons prédateurs et contribution à l'étude des réseaux trophiques marins aux abords de La Réunion".

Composition du jury :

• Madame Audrey DARNAUDE, Chargée de Recherches, 1ère classe, H.D.R., Université de Montpellier
• Madame Audrey JAEGER, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Sebastien JAQUEMET, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Daniel PAULY, Professeur, The University of British Columbia
• Monsieur Dominique PONTON, Directeur de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement
• Monsieur Evegeny ROMANOV, Docteur, Hydrô Réunion

Résumé:

Dans un contexte mondial de préoccupation sur la durabilité des pêcheries et dans un contexte local de raréfaction des ressources marines, mieux appréhender les facteurs responsables de la répartition des ressources disponibles à différentes échelles est un prérequis crucial à la mise en place d’un système de gestion intégrée, dite écosystémique, des pêches. A La Réunion, la pêcherie locale est encore mal connue et les récentes attaques de requins mettent encore plus en exergue le manque de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des réseaux trophiques. L’objectif général de cette thèse est d’étudier les relations alimentaires entre différents prédateurs d’intérêt local, appartenant à plusieurs compartiments écologiques. L’échantillonnage, réalisé entre janvier 2012 et décembre 2014 en partenariat avec la filière pêche, s’est concentré sur les principales espèces d’intérêt commercial ou en interactions avec les pêcheries (captures accessoires et déprédateurs). La détermination des sources de matière organique dont elles dépendent, de leurs relations interspécifiques, ainsi que des facteurs de variation de leurs alimentations, a été réalisée grâce à l’analyse des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l’azote (δ15N), ainsi que celle des contenus stomacaux. Les résultats montrent une grande disparité entre espèces capturées en surface et celles capturées entre profondeur.

Bien qu’associées au substrat, les espèces profondes (100-600m) dépendent indirectement de la production primaire de surface via leurs proies qui effectuent des migrations verticales dans la colonne d’eau. Cette dépendance aux organismes mésopélagiques induit un chevauchement alimentaire globalement important entre ces espèces, atténué par l’occupation de zones bathymétriques différentes. Leurs régimes alimentaires semblent très dépendant de leur habitat, avec une distinction entre la côte est et la côte ouest de l’île, probablement en lien avec des conditions courantologiques différentes. Leurs compositions isotopiques sont quant à elles fortement influencées à la fois par des facteurs environnementaux et intrinsèques, indiquant l’existence de modifications de leur régime alimentaire au cours de leur développement en lien avec les cycles de reproduction. La grande diversité du régime alimentaire de la plus petite espèce, Pristipomoides argyrogrammicus, a probablement favorisé le développement de celle-ci dont l’abondance augmente dans les captures, ce qui constitue une tendance inverse de celles des autres espèces.

Concernant les espèces de surface, celles-ci se répartissent selon un gradient côte-large, formant trois groupes aux régimes alimentaires distincts. Le requin bouledogue (Carcharhinus leucas) et la carangue grosse tête (Caranx ignobilis) exploitent des ressources similaires à  proximité de la côte, tandis que le requin tigre (Galeocerdo cuvier) s’alimente sur le bord du plateau insulaire. La dorade coryphène (Coryphaena hippurus) et le thon banane (Acanthocybium solandri) présentent une forte spécialisation sur un nombre limité de familles de proies, consommant majoritairement des stades pélagiques post-larvaires d’espèces côtières. Le δ13C mesuré dans le sang de C. leucas suggère des variations saisonnières de la distance à la côte de ses zones d’alimentation, certainement en lien avec son cycle biologique. Les requins tigre semblent former une population homogène constituée d’individus généralistes tandis que les requins bouledogue forment une population hétérogène d’individus spécialisés sur des ressources différentes.

Ces résultats indiquent qu’une approche centrée sur l’habitat conviendrait à la gestion des espèces profondes, tandis qu’une approche centrée sur les espèces serait plus efficiente pour les espèces de surface.

Le 12 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Fanny LE SAGE pour son doctorat en Biochimie et Biologie Moléculaire. Dirigée par Madame Marie-Paule GONTHIER, elle s'intitule "Impact de la bactérie parodontale Porphyromonas gingivalis sur l’état inflammatoire et redox des cellules adipeuses dans le contexte de l’obésité - Effet protecteur des polyphénols de la plante médicinale Antirhea borbonica ".

Composition du jury:

•     Madame Marie-Paule  GONTHIER, Professeur, Université de La Réunion
•     Madame Laurence HOAREAU, Docteur, STEMCIS
•     Madame Cécile VINDIS, Directrice de Recherche, INSERM
•     Monsieur Rémy BURCELIN, Directeur de Recherche, INSERM
•     Monsieur Olivier MEILHAC, Directeur de Recherche, INSERM
•     Monsieur Patrick POUCHERET, Maître de Conférences, H.D.R., Université de Montpellier

Résumé:

L’obésité est une maladie métabolique se caractérisant par une accumulation anormale et excessive de graisses corporelles pouvant nuire à la santé. Un lien étroit a été établi entre l’obésité, le diabète et la dérégulation du microbiote. En effet, l’altération de l’écologie microbienne buccale et intestinale contribue aux désordres métaboliques et inflammatoires associés à l’obésité et à la résistance à l’insuline. Cependant, il manque encore des données sur les mécanismes moléculaires impliqués. Le développement de stratégies thérapeutiques utilisant des polyphénols d’origine végétale capables d’exercer des effets anti-bactériens, antioxydants et anti-inflammatoires est d’un grand intérêt. L’objectif du travail de thèse était d’évaluer l’impact de la bactérie parodontale Porphyromonas gingivalis et de son lipopolysaccharide (LPS) sur la réponse métabolique et inflammatoire des cellules adipeuses dans le contexte de l’obésité. De plus, ce travail de thèse avait pour but d’étudier le possible rôle protecteur d’un extrait riche en polyphénols issu de la plante médicinale Antirhea borbonica de La Réunion. Pour ce faire, des adipocytes murins 3T3-L1 et des adipocytes humains ont été exposés au LPS, et des souris db/db obèses et hyperglycémiques à la bactérie. Nos résultats ont mis en évidence la capacité du LPS et de la bactérie à induire un état pro-inflammatoire adipocytaire. Plusieurs cibles moléculaires ont été identifiées dont les récepteurs de l’immunité innée TLR2 et TLR4, leurs médiateurs intracellulaires MyD88 et NFκB ainsi que les adipokines IL-6, MCP-1, TNF alpha, PAI-1, leptine, résistine et adiponectine. Les agents bactériens ont également induit un stress oxydant en altérant la production et l’activité d’enzymes redox dont NOX2, NOX4, iNOS et SOD. De manière intéressante, les polyphénols extraits d’Antirhea borbonica ont exercé une action anti-inflammatoire et antioxydante contre les effets délétères du LPS. L’utilisation des modèles expérimentaux développés au cours de ce travail permettra de poursuivre l’exploration des voies moléculaires impliquées et d’identifier de possibles cibles thérapeutiques.


La soutenance est publique.

Le 12 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Carole BERTHOD pour son doctorat en Sciences de la Terre. Dirigée par Monsieur Laurent MICHON, elle s'intitule "Relations entre systèmes intrusifs et instabilités sur un volcan basaltique (Piton des Neiges, La Réunion)".

Composition du jury :

• Monsieur Nicolas BELLASHEN, Maître de Conférences, H.D.R., Institut des Sciences de la Terre de Paris
• Monsieur Vincent FAMIN, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Philippe GONCALVES, Maître de Conférences, H.D.R., Université de Franche Comté
• Monsieur Olivier MERLE, Professeur, Laboratoire Magmas et Volcans
• Monsieur Laurent MICHON, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Xavier QUIDELLEUR, Professeur, Université de Paris Sud

Résumé:

De nombreux volcans basaltiques ont connu de multiples épisodes de déstabilisation tout au long de leur évolution. L’étude de ces édifices volcaniques a démontré l’importance considérable de leur architecture interne et de leur système intrusif dans le déclenchement des déstabilisations. Découlant d’observations indirectes, les modèles élaborés demeurent néanmoins interprétatifs. Sur l’île de La Réunion, l’importante érosion du Piton des Neiges, en rendant accessible sa structure interne, en fait un atout majeur pour combler ces lacunes d'observation.

La première partie de cette thèse se concentre sur les roches plutoniques à l’affleurement dans la rivière du Mât (cirque de Salazie) afin d’accroitre les connaissances de la structure interne du Piton des Neiges. Notre étude multidisciplinaire permet de proposer l'existence d'une chambre magmatique plurikilométrique excentrée du sommet actuel du Piton des Neiges. Ce réservoir, situé à l’aplomb du cirque de Salazie, appartiendrait à un édifice plus ancien estimé à plus de 2 Ma. La chambre magmatique montre une variation lithologique depuis une bordure péridotitique composée de dunite et wehrlite cumulative (Fo81-90) vers une zone interne plus différenciée, composée de gabbro à olivine, gabbro et ferrogabbro (Fo70-79). Cette variation compositionnelle s'accompagne d'une variation structurale marquée par l'absence de structure dynamique en bordure, traduisant ainsi une cristallisation in situ et par l'existence de nombreuses structures dynamiques témoins de la convection dans le cœur de chambre.

Cette chambre magmatique est recoupée par un détachement injecté de plusieurs dizaines d’intrusions basiques et surmonté par une brèche d’avalanche de débris. La deuxième partie de cette thèse s’intéresse à l'histoire de ce détachement et à sa dynamique. La déformation cataclasique des minéraux primaires des roches plutoniques du détachement indique que cette structure s'est développée dans le domaine fragile. Une déformation ductile postérieure de basse température (< 250 °C), caractérisé par une cristallisation de chlorite, de pumpellyite, de zéolite et de calcite s'est ensuite développée dans le détachement. Ces résultats suggèrent que les édifices basaltiques s'effondrent par déformation le long de plans hydrothermalisés plutôt que sur de vastes systèmes hydrothermaux.

Au toit de la pile de sills, des intrusions sont brèchifiés et disséminés dans la brèche. La troisième partie de la thèse a pour objectif d'analyser l'impact de ces intrusions sur la stabilité des volcans basaltiques. Nous montrons, par une analyse détaillée du sill au contact avec la brèche, l'existence d’une fabrique magmatique asymétrique révélatrice d’un déplacement co-intrusif de l’unité sus-jacente lors de l'injection magmatique. Cette observation pionnière confirme les hypothèses préalablement formulées sur le rôle majeur des sills dans la déstabilisation des volcans boucliers.


Mot clés :

Volcan bouclier, La Réunion, Piton des Neiges, instabilités, déstabilisation, intrusion magmatique, sill, gabbro, chambre magmatique

Le 13 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Latufa YOUSSOUF pour son doctorat en Biochime et Biologie Moléculaire. Dirigée par Monsieur Christian LEFEBVRE D'HELLENCOURT, elle s'intitule "Fonctionnalisation de biopolymère de macroalgues pour encapsuler des principes actifs hydrophobes.".

Composition du jury :

• Madame Laura LALLEMAND, Chercheur, CYROI
• Madame Marjolaine ROCHE, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Madame Cécile VINDIS, Directrice de Recherches, INSERM
• Madame Sophie ZINN-JUSTIN, Directrice de Recherches, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives
• Monsieur Joël COUPRIE, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur William HELBERT, Professeur, Centre de recherches sur les macromolécules végétales
• Monsieur Dhanjay JHURRY, Professeur, Université de Maurice
• Monsieur Christian LEFEBVRE D’HELLENCOURT, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:

Le diabète est caractérisé par une hyperglycémie chronique mais également par un stress oxydant et une inflammation chronique conduisant à des complications cardiovasculaires telles que l’athérosclérose.
La curcumine est un polyphénol connu pour ses propriétés antioxydantes et antiinflammatoires. Elle est capable de neutraliser les radicaux libres et les médiateurs inflammatoires impliqués dans le développement des maladies métaboliques. De ce fait, la curcumine peut avoir une action préventive contre le diabète de type 2 et ses complications cardiovasculaires.

Cependant la curcumine, comme de nombreux médicaments hydrophobes, est très peu absorbée dans l’organisme. De plus sa métabolisation et son élimination rapide de l’organisme limite ses effets thérapeutiques.
Ainsi ce travail de thèse a consisté à mettre en place un système de vectorisation pour le transport de molécules hydrophobes comme la curcumine en utilisant les carraghénanes, des polysaccharides de macroalgues. Pour ce faire, les polysaccharides ont été tout d’abord extraits des macroalgues issues des Mascareignes en mettant en place et en optimisant un protocole d’éco-extraction. Ces polysaccharides ont ensuite été caractérisés par RMN puis fonctionnalisés pour former des micelles de taille nanométrique. Nos résultats montrent que ces nanovecteurs sont biodégradables, non toxiques et permettent d’améliorer l’introduction de la curcumine dans des cellules endothéliales humaines, ainsi que d’accroitre ses propriétés antiinflammatoires. Ces nanomicelles représentent donc potentiellement un moyen de transport prometteur de médicaments hydrophobes tels que la curcumine.

Mots Clés :
 
Macroalgues, alginates, carraghénanes, micelles, curcumine, anti-inflammatoire, diabète, athérosclérose

Le 17 juin 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Chantal TUFFERY-ROCHDIpour son doctorat en Didactique des mathématiques. Dirigée par Monsieur Dominique TOURNES et co-dirigée par Monsieur Luc TROUCHE, elle s'intitule: " Les ressources au cœur des pratiques des professeurs de mathématiques : le cas de l’enseignement d’exploration MPS en Seconde "

Composition du jury :

• Madame Ghislaine GUEUDET, Professeur, Université de Bretagne Occidentale
• Madame Cécile OUVRIER-BUFFET, Professeur, Université de Reims Champagne-Ardenne
• Monsieur Alessio GUARINO, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Dominique TOURNES, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur André TOTOHASINA, Professeur, Université d’Antsiranana
• Monsieur Luc TROUCHE, Professeur, Université de Lyon 1
• Monsieur Frédéric TUPIN, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:

Notre questionnement trouve sa source dans la mise en place, dans le cadre de la réforme du lycée de 2010, de l’enseignement d’exploration Méthodes et Pratiques Scientifiques (MPS) en Seconde. Cet enseignement pluridisciplinaire, visant à initier les élèves à la démarche scientifique dans le cadre d’un projet, a conduit les enseignants de mathématiques, à interroger et à modifier leurs pratiques. Nous proposons d’analyser ces changements sous l’angle des ressources et du travail des enseignants sur ces ressources. Nous mobilisons les cadres théoriques de la double approche didactique et ergonomique et de l’approche documentaire du didactique. Notre recherche est conduite à partir du suivi de professeurs de mathématiques impliqués en MPS et engagés dans différents collectifs disciplinaires et pluridisciplinaires. Ce suivi est complété par des entretiens avec les collègues des autres disciplines. Nous avons aussi effectué une étude sur l’offre des ressources disponibles pour l’un des thèmes proposés. Cette étude s’inscrit dans le programme de recherche ReVEA (Ressources Vivantes pour l’Enseignement et l’Apprentissage), soutenu par l’ANR. Notre thèse propose de montrer l’impact des ressources et de leur manque depuis la compréhension de la tâche prescrite jusqu’à la tâche effective, ainsi que celui des différents collectifs dans lesquels le professeur de mathématiques est impliqué. Elle questionne également les effets de ce travail sur le développement professionnel concernant en particulier la conception et la mise en œuvre de séances fondées sur des démarches d’investigation.

Le 28 juin 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Émeline VIDOTpour son doctorat en Littérature Comparée. Dirigée par Monsieur Carpanin MARIMOUTOU, elle s'intitule" La construction d'une identité réunionnaise de 1959 à nos jours : représentations culturelles et constructions discursives "

Composition du jury :

• Madame Martine MATHIEU-JOB, Professeur, Université Michel de Montaigne – Bordeaux III
• Madame Françoise SIMASOTCHI-BRONES, Maître de Conférences, H.D.R., Université de Vincennes Saint Denis – Paris VIII
• Monsieur Carpanin MARIMOUTOU, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Bernard TERRAMORSI, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:

Ce travail de recherche interroge les revendications identitaires (territoriales et politiques, individuelles et collectives) dans un corpus de discours engagés. Nous avons privilégié les discours des partis progressistes, des romans engagés des années 1970-1980, des récits de vie et des témoignages des enfants de la Creuse.

Les textes analysés mettent en lumière la construction d'un modèle politique de mise-soustutelle et accusent un processus de décolonisation qui étouffe les particularités et stigmatise l'identité créole. Les revendications portent sur l'autonomisation des décisions politiques et la considération des spécifcités régionales. Ces particularités locales, qu'elles soient géographiques, langagières ou culturelles, sont défendues comme des éléments constitutifs de l’identité de la Réunion. Cependant, l'identité réunionnaise est représentée dans un processus confictuel, où les éléments culturels sont hiérarchisés.

L'analyse des enjeux de la construction des identités en période postcoloniale montre une inévitable corrélation avec l'organisation de la société coloniale. Les structures de domination, transformées après 1946, corrélées aux effets de la départementalisation et de la mondialisation, entravent la construction d'une identité décomplexée. Dans ce contexte, le discours littéraire devient un moyen de résistance et permet aux subalternes de se réapproprier le discours sur soi et d'apporter une autre version de l'histoire.

Cette thèse interroge les enjeux de la construction de l’identité réunionnaise, dans le contexte des mutations sociales et politiques, et en considérant ses conséquences sur les individus. Elle souligne également l'absence de considération du fait colonial et de ses conséquences contemporaines en France.


Mots-clés :

Postcolonialisme, Ile de La Réunion, discours, identité sociale, identité politique, représentations, littératures intimes, société coloniale, migrations, décolonisations, résistances.

Le 28 juin 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Amandine JUNOT pour son doctorat en Psychologie. Dirigée par Monsieur Yvan PAQUET, elle s'intitule ‘’ Passion pour des activités de pleine nature et comportements environnementaux. Influence de la passion pour une APN sur la motivation environnementale’’.

Composition du jury :

• Madame Ghozlane FLEURY, Professeur, Université de Nantes
• Madame Elisabeth ROSNET, Professeur, Université de Reims
• Monsieur Fabien FENOUILLET, Professeur, Université Paris Ouest Nanterre la Défense
• Monsieur Yvan PAQUET, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Robert VALLERAND, Directeur de Recherches, Université de Québec

Résumé :
A La Réunion, les activités de pleine nature sont au cœur d’enjeux environnementaux importants. De plus en plus, ces activités sont présentées comme des pratiques passionnées. Selon le type de passion, l’engagement dans l’activité est différent et le degré d’ouverture à la nature et à l’environnement pourrait être impacté. En ce sens, la passion pourrait être un facteur clé dans le développement d’un pro-environnementalisme à la suite de la pratique de ces activités.
L’objectif de cette thèse est d’étudier le rôle de la passion pour une activité de pleine nature sur l’affiliation à la nature et le conflit vis-à-vis de la protection de l’environnement et leur influence sur la motivation environnementale, tout en soulignant le rôle des émotions et de l’attachement au lieu comme médiateurs.

Le 29 juin 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Claire GOAVEC pour son doctorat en Sciences économiques. Dirigée par Messieurs Jean-François HOARAU et Philippe JEAN-PIERRE, elle s'intitule" Vulnérabilité et résilience des Petites Économies Insulaires en Développement ",

Composition du jury :

• Monsieur Jean-Philippe BOUSSEMART, Professeur, Université Charles de Gaulle – Lille 3
• Monsieur Jean-François HOARAU, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Philippe JEAN-PIERRE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Serge REY, Professeur, Université de Pau et des Pays de l’Adour

Résumé:

L’allocation peu optimale de l’Aide Publique au Développement, la performance avérée de certaines des Petites Économies Insulaires en Développement ainsi que le problème de définition de ce groupe de pays nous amènent à nous poser la question suivante : le traitement spécifique des PEID de la part des institutions internationales est-il justifié ?

Nous nous sommes de prime abord focalisés sur les caractéristiques intrinsèques de ces petites économies, qui les rendent a priori plus exposées aux chocs externes. La première partie de notre analyse a ainsi eu pour but d’évaluer la vulnérabilité économique de ces territoires. Certaines des économies étant reconnues comme vulnérables affichent des résultats de performance économique et sociale remarquables. Afin de tenir compte de ce paradoxe, nous nous sommes attachés à quantifier cette performance de développement, de manière à aborder notre second thème : la performance de résilience de ces territoires.

Notre analyse nous permet quelques constats intéressants. Premièrement, la définition des concepts est un réel problème. Deuxièmement, bien qu’avérée, la vulnérabilité des PEID se trouve nuancée par le changement de construction de l’Indicateur de Vulnérabilité Economique que nous proposons. Troisièmement, la performance économique et sociale de certaines économies insulaires est indéniable. Quatrièmement, bien que le caractère résilient des PEID soit confirmé par notre analyse, cette résilience est particulièrement hétérogène au sein de ce groupe de pays. Enfin, l’étude des stratégies de développement de ces îles nous a conduits au constat suivant : il ne peut exister de stratégie commune à ces territoires différents.

Le 13 juillet 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Edouard PRUVOSTpour son doctorat en Droit. Dirigée par Madame Mireille MARTEAU-LAMARCHE, elle s'intitule " La transparence fiscale, modèle d'imposition du bénéfice des sociétés. ".

Composition du jury :

•     Madame Florence DEBOISSY, Professeur, Université de Bordeaux
•     Madame Véronique MAGNIER, Professeur, Université de Paris Sud
•     Madame Mireille MARTEAU-LAMARCHE, Professeur, Université de La Réunion
•     Monsieur Taha BANGUI, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion

Résumé:

Le régime de transparence fiscale est traditionnellement associé au régime fiscal des sociétés de personnes. Cependant, une certaine lecture de la législation fiscale semble démontrer que ce régime pourrait connaître un champ d’application beaucoup plus large. En effet, l’évolution de la législation semble rompre avec le traditionnel critère d’attribution de ce régime d’imposition fondé sur la responsabilité illimitée de l’associé pour y substituer le critère de l’investissement personnel de ce dernier. En outre, il semblerait que le législateur ait depuis toujours été animé par le souci d’éviter une double imposition du bénéfice des sociétés de capitaux. De ce fait, il semblerait que certains critères de la transparence fiscale puissent également être remplis par les sociétés réputées « fiscalement opaques ». A cet égard, cette thèse a pour ambition de démontrer que le régime de transparence fiscale constitue le modèle d’imposition du bénéfice des sociétés. Enfin, cette étude propose une mise en perspective des avantages mais également des limites que présente le régime de transparence fiscale afin de proposer un régime prospectif plus souple et plus cohérent constituant le socle d’une fiscalité novatrice.

Le 21 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame FOLGOAT Adriana Jessicapour son doctorat en Sciences du Language. Dirigée par Madame Gillette STAUDACHER-VALLIAMEE, elle s'intitule" La dynamique linguistique des relations spatiales en créole réunionnais et sa contribution à la question de l’illettrisme ".

Composition du jury :

• Madame Claire MOYSE, Directrice de Recherche émérite, L.A.C.I.T.O./CNRS - Paris
• Madame Gillette STAUDACHER-VALLIAMEE, Professeure, Université de La Réunion
• Monsieur Dominique TOURNES, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Georges VERONIQUE, Professeur émérite, Université d’Aix Marseille

Résumé :

Notre thèse, intitulée La dynamique linguistique des relations spatiales en créole réunionnais et sa contribution à la question de l’illettrisme, s’inscrit en linguistique descriptive et choisit d’interroger la problématique de la spatialité avec les outils et les méthodes de la linguistique fonctionnelle en synchronie dynamique pour le créole réunionnais (Martinet : 1989, Staudacher-Valliamée : 1999). Les enquêtes réalisées sur le terrain créolophone réunionnais rassemblent un corpus de 24 idiolectes dans un échantillonnage représentatif de plusieurs classes d’âge, de lieux géographiques et de difficultés de pratique du français (langue officielle du département). L’analyse syntaxique et prosodique des relations spatiales repose sur un échantillonnage de 607 syntagmes prédicatifs. Cette thèse établit le lien entre les relations spatiales, le programme valenciel (Tesnière, 1965), l’ordre des mots en structures prédicatives. Le modèle fonctionnaliste est complété par les paramètres de la sémantique générale de Pottier (1992). Cette thèse apporte un éclairage nouveau avec l’identification du système spatial créole réunionnais, ce qui permet de le classer parmi les langues à cadre verbal et satellitaire (Talmy : 2008). Par les toponymes, le système spatial est ancré dans la mémoire collective créole et l’Histoire insulaire créolophone. La tradition orale créole implique des situations d’illettrisme spécifiques. Nos informateurs témoignent de leurs situations d’analphabétisme, d’illettrisme et de leurs difficultés d’apprentissage. Les retombées didactiques et pédagogiques de notre recherche contribuent à la remédiation ainsi qu’à l’outillage pour l’apprentissage du système spatial français.


Mots clés : linguistique descriptive, synchronie dynamique, tradition orale créole, système spatial, corpus complexes, programme valenciel, illettrisme

Le 26 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Lydie VON PINE pour son doctorat en Histoire. Dirigée Madame Sophie GEOFFROY et co-dirigée par Monsieur Marc SMITH et co-encadrée de Monsieur Philippe LE TREGUILLY, elle s'intitule " Correspondance officielle de l’île de France au temps du gouverneur Bruni d’Entrecasteaux (1787-1789) ".

Composition du jury :

• Madame Sophie GEOFFROY, Professeur, Université de La Réunion
• Madame Cécile VIDAL, Directrice d’études, École des Hautes Études en Sciences Sociales
• Monsieur Philippe HAUDRERE, Professeur, Université d’Angers
• Monsieur Philippe LE TREGUILLY, Maître de Conférences, Université de La Réunion
• Monsieur Marc SMITH, Professeur, École des Chartes - Paris

Résumé :

Le présent ouvrage a pour objet de rendre plus accessibles des sources manuscrites essentielles pour l’histoire des Mascareignes, sources aujourd’hui conservées aux Archives Nationales d’Outre-Mer (ANOM) à Aix-en-Provence. Il s’agit en l’occurrence de la correspondance adressée par les autorités de l’île de France à leur hiérarchie en métropole de 1787 à 1789, à l’époque du gouverneur d’Entrecasteaux. Les 7 registres concernés ont fait l’objet d’un inventaire analytique et 4 d’entre eux bénéficient d’une transcription intégrale.

Ces documents reflètent les multiples facettes de l’administration coloniale à la fin de l’Ancien Régime. Les questions économiques, notamment monétaires, les milices coloniales, la fortification des îles de France et de Bourbon, sont les principaux thèmes abordés. Dans le contexte de la rivalité franco-anglaise, l’île de France, place stratégique sur la route des Indes, est très convoitée, et craint à tout moment une invasion. Le gouverneur d’Entrecasteaux a pour principale mission de mettre en état de défense les deux colonies, et de soutenir militairement en cas de besoin les établissements français de l’Inde.


Mots-clés :

Administration royale, Ancien Régime, Conseil supérieur, D’Entrecasteaux, Ile de France (île Maurice), Bourbon (île).

Le 28 septembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Etienne OUEDRAOGO pour son doctorat en Sciences de l'éducation. Dirigée par Monsieur Frédéric TUPIN, elle s'intitule " La qualité de l’éducation au Burkina Faso : efficacité des enseignements-apprentissages dans les classes des écoles primaires ".

Composition du jury :

• Madame Marguerite ALTET, Professeur, Université de Nantes
• Monsieur Joël CLANET, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Jean-François MARCEL, Professeur, Université Jean Jaurès - Toulouse
• Monsieur Frédéric TUPIN, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:

Le thème de cette thèse se situe à l’intersection de plusieurs disciplines relevant des sciences de l’éducation : la pédagogie, la didactique, la psychologie, la sociologie afin d’éclairer ce qui relève de « la relation éducative scolaire ».

Notre objet de recherche se centre sur les facteurs d’efficacité, ou supposés tels, des enseignements-apprentissages dans des classes de CM1. Plus précisément, cette recherche porte sur les organisateurs qui structurent et déterminent les pratiques de classe des enseignants du Burkina Faso.
Ces classes ont été les lieux de collecte de nos données en 2013.

Une enquête exploratoire nous a permis de tirer leçon et de restreindre nos ambitions initiales en focalisant nos analyses sur les interactions entre l’enseignant et ses élèves au cours d’une séance pédagogique, en l’occurrence de grammaire.

Puis nous avons constitué un corpus composé d’entretiens et d’observations pour un public de 12 enseignants et 36 élèves.
Ainsi nous nous sommes évertués à rechercher les dimensions de trois organisateurs qui présentent les fréquences les plus élevées en comparaison des déclarations des élèves et des enseignants. La méthode retenue est déductive. Les résultats de cette recherche tendent à montrer que le domaine de  l’ « organisation pédagogique » domine dans les interactions en classe, suivi du « climat relationnel » puis, de façon ténue, de la « gestion didactique » peu présente dans les classes observées.

Notre ambition est de mieux comprendre les pratiques d’enseignement dans le but de suggérer des actions et des modes d’intervention en faveur de l’amélioration de la qualité de l’éducation.
 

Mots clés :

Qualité de l’éducation, pratique d’enseignement, efficacité de l’enseignement-apprentissage, interactions en contexte, organisateurs de l’action pédagogique.

Le 21 octobre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Laurent DIDIER pour son doctorat en Sciences Economiques. Dirigée par Monsieur Jean-Franoçois HOARAU et co-dirigée par Madame Pamina KOENIG, elle s'intitule "Commerce Sud-Sud et « nouvelle » géographie du commerce international : le rôle des économies émergentes".

Composition du jury :

• Madame Pamina KOENIG, Professeur, Université de Rouen
• Madame Sandra PONCET, Professeur, Université Panthéon Sorbonne - Paris 1
• Monsieur Yves CROISSANT, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Jean-François HOARAU, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Vélayoudom MARIMOUTOU, Professeur, Recteur, Académie de La Réunion
• Monsieur Thierry MAYER, Professeur, Sciences Po - Paris

Résumé:

Cette thèse a pour objet d’examiner l’interaction entre les échanges commerciaux Sud-Sud et les mécanismes en présence dans cette « nouvelle » géographie du commerce international en apportant une attention toute particulière aux liens qui existent entre les BRICs (Brésil, Russie, Inde, Chine) et l’Afrique sub-Saharienne (ASS) puis entre la Chine et l’ASS. D’une part, les résultats mettent en évidence, de manière empirique, l’existence d’une démarche d’insertion active de la part des économies en développement, plus particulièrement d’un groupe de pays émergents, dans les relations commerciales Sud-Sud. Premièrement, l’hétérogénéité au sein même des BRICs est confirmée à partir d’un certain nombre de facteurs explicatifs des flux commerciaux bilatéraux avec l’ASS. Deuxièmement, le commerce Sud-Sud a un rôle déterminant dans la diversification géographique du commerce intra-Africain en termes de nouveaux partenaires commerciaux. Troisièmement, l’idée d’une réorientation du commerce depuis l’indépendance des ex-colonies vers la Chine au détriment des anciennes puissances coloniales a été validée empiriquement. D’autre part, les résultats soulignent l’impact significatif de la « politique de la Chine unique » (diplomatie économique) sur les flux commerciaux chinois et taiwanais. Enfin, les estimations confirment l’hétérogénéité des effets moyens et dans le temps des accords régionaux africains sur les échanges commerciaux selon la nature des partenaires, la forme des accords commerciaux ainsi que leur chevauchement. 


Mots-clés :

Commerce Sud-Sud, diversification géographique, basculement des échanges, diplomatie économique, accords régionaux, Afrique sub-Saharienne, BRICs, Chine, modèle de gravité.

Le 25 octobre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Aurélie TOSSEM pour son doctorat en Géographie. Dirigée par Monsieur Guy FONTAINE et co-dirigée par Monsieur Vincent VLES, elle s'intitule " Les cirques de La Réunion, un territoire touristique en devenir : questionnements et enjeux ".

Composition du jury :

• Madame Sylvie CLARIMONT, Professeur, Université de Pau et Pays de l’Adour
• Monsieur Philippe BACHIMON, Professeur, Université d’Avignon
• Monsieur Guy FONTAINE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur François TAGLIONI, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Vincent VLES, Professeur, Centre Universitaire de l’Ariège

Résumé:

Le tourisme à La Réunion est un secteur jugé prometteur pour le développement économique de l’île mais de nombreuses questions subsistent concernant la fréquentation et le devenir des espaces touristiques. Ce travail de recherche a ainsi mis la problématique spatiale, notamment au niveau des cirques, au cœur de l’analyse. Cilaos, Mafate et Salazie sont les cirques de La Réunion et constituent l’originalité et l’une des images les plus attractives de l’île. Ils sont aussi au centre des problématiques liées à la conciliation du développement économique et de la protection environnementale. Après avoir abordé la phase de touristification des cirques qui a structuré des espaces, aujourd’hui en « mal développement », l’étude se focalise sur les pratiques, les représentations et les acteurs touristiques qui démontrent que les cirques sont devenus en réalité, un seul territoire, transformation qui devait jouer un rôle moteur pour la destination Réunion. La thèse s’inscrit alors dans une démarche de prospective territoriale qui soulève les enjeux de la gouvernance, dans la mise en place d’un projet de territoire touristique durable.

Le 8 novembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Victor MARGERIN pour son doctorat en Droit privé. Dirigée par Monsieur Ronan BERNARD-MENORET, elle s'intitule " La reprise des contrats de travail sous le prisme des marchés publics".

Composition du jury :

• Madame Hélène HOEPFFNER, Professeur, Université Capitole – Toulouse 1
• Monsieur Ronan BERNARD-MENORET, Maître de Conférences, H.D.R., Université de La Réunion
• Monsieur Thierry LAMARCHE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Arnaud MARTINON, Professeur, Université Panthéon Sorbonne – Paris 1
• Monsieur Laurent RICHER, Professeur, Université Panthéon Sorbonne – Paris 1

Résumé:

La reprise des contrats de travail est indéniablement déterminée par le transfert d’entreprise. C’est en effet en raison d’une telle opération que le législateur français prévoit, à l’article L1224-1 c.trav., que tous les contrats de travail en cours au jour du transfert sont automatiquement repris par le cessionnaire. Cependant, ce lien est aujourd’hui oublié sous un enchevêtrement de dispositifs alternatifs ou spécifiques, prévoyant une reprise des contrats de travail en dehors de tout transfert d’entreprise. Ces dispositifs ne sauraient avoir de reprises que le nom, et ne garantissent en rien aux travailleurs une protection similaire à la reprise légale. Ces développements s’expliquent notamment par l’échec du droit européen à harmoniser la législation des États membres sur le sujet. Le droit européen, ne souhaitant pas instaurer une protection uniforme, a fait le choix de n’apporter qu’une définition lacunaire des notions qui constituent pourtant l’essence du transfert d’entreprise. En somme, chaque État est donc libre d’interpréter à sa convenance les dispositions des directives successives, avec, pour seule régulation, l’œil avisé de la Cour de Justice de l’Union Européenne.

Cette cacophonie juridique est une opportunité certaine. En effet, au vu de la diversité d’appréhension du sujet par différents droits internes (principalement allemand, anglais et espagnol), une étude comparative permet de mettre à jour les avantages et les carences de notre droit français. Pour ce faire, il conviendra de partir du seul consensus européen sur la question : la perte d’un marché ne constitue pas un transfert d’entreprise. De la redéfinition de l’entreprise à la protection des droits de l’employeur et des salariés, la présente étude propose une simplification du droit du transfert d’entreprise.

Le 15 novembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Catherine THOMAS pour son doctorat en Anthropologie. Dirigée par Madame Laurence POURCHEZ, elle s'intitule "Accoucher en France aujourd’hui. Les enjeux de la profession de sage-femme et le positionnement des femmes face à la naissance médicalisée.".

Composition du jury :

• Madame Doris BONNET, Directrice de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement
• Madame Marie-Christine POUCHELLE, Directrice de Recherches, CNRS
• Madame Laurence TABUTEAU-POURCHEZ, Professeur, INALCO
• Madame Anne VÉGA, Chercheur H.D.R., Université Paris Ouest
• Monsieur Didier DE ROBILLARD, Professeur, Université François Rabelais – Tours
• Monsieur Charles-Edouard DE SUREMAIN, Chargé de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement

Résumé:

À l’heure actuelle, les résultats périnataux en France demeurent parmi les moins satisfaisants en Europe malgré une très forte médicalisation. Les autorités de santé affirment reconnaître l’influence de la prise en charge et de l’accompagnement pendant la grossesse, l’accouchement et la période néonatale sur l’état de santé de la mère et de l’enfant mais l’offre de soins peine à s’élargir. Contrairement à ce que prévoient les lois concernant le libre choix du praticien en France, les parturientes ne sont pas à même de choisir le professionnel de santé qui les accompagnera lors de leur accouchement. De même, les sages-femmes, contrairement à ce qu’impose leur code de déontologie, ne sont pas en mesure de garantir à leurs patientes ni les conditions, ni le lieu de leur accouchement. De surcroît, peu d’entre elles exercent leur profession de façon autonome tout en pratiquant le plein exercice de leur fonction.
En centrant cette recherche anthropologique sur l’expérience des femmes et des sages-femmes dans leurs relations autour de la naissance et de l’accouchement, l’objectif de cette étude qualitative est de faire la lumière sur les tenants et les aboutissants de l’uniformisation de l’offre de soins. Dans un premier temps sont abordés les différents types d’accompagnement proposés aux femmes aujourd’hui ainsi que la place qu’y occupent les sages-femmes. Dans un second temps, l’étude de l’accompagnement global permet l'examen de la prise en charge des patientes et de ses liens de causalité avec les relations interprofessionnelles. Ainsi sont révélés les impacts de cette pratique sur le soutien à la parentalité et la nécessité d’une diversification de l’offre de soins.


Mots-clés :
Accouchement, profession de sage-femme, naissance, offre de soins périnatale, maternité.

Le 24 novembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Madame Marie Myriam MAHABOT pour son doctorat en Géographie. Dirigée par Madame Gwenaëlle PENNOBER, elle s'intitule "Suivi morphodynamique des plages récifales de La Réunion en contexte d’observatoire ".

Composition du jury :

• Madame Marie-Hélène RUZ, Professeur, Université du Littoral – Côte d’Opale
• Madame Gwenaëlle PENNOBER, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Christophe DELACOURT, Professeur, Université de Bretagne Occidentale
• Monsieur Marc ROBIN, Professeur, Université de Nantes
• Monsieur Serge SUANEZ, Professeur, Université de Bretagne Occidentale
• Monsieur Pascal TALEC, Docteur, DEAL Réunion
• Monsieur Roland TROADEC, Docteur, Université de La Réunion

Résumé:

Ces travaux visent à inscrire le monitoring des plages récifales de l’île de La Réunion dans la « Stratégie Nationale de Gestion Intégrée des Zones Côtières » (2012). Elle oriente les recherches vers une démarche qualité (labellisée) sur le long terme qui se concrétise par la mise en place de protocoles de mesures normalisés déployés sur des sites ateliers. Le site de l’Ermitage devient, en 2012, le premier site atelier en zone tropicale et de type bioclastique labellisé à l’échelle nationale (AllENVI, puis INSU en 2014). La dynamique des plages d’arrière-récif demeure à ce jour peu étudiée à travers le monde. Les plages bioclastiques de La Réunion sont le produit de récifs coralliens décrits comme dégradés par les biologistes depuis les années 80. Elles sont confrontées à une très forte anthropisation. Des formes marquées d’érosion se lisent dans ces paysages littoraux. La révision des protocoles de suivi de la topographie des plages tout en exploitant les suivis historiques, vise à illustrer la pluralité des dynamiques en contexte d’arrière-récif. La diversité des processus et des échelles spatio-temporelles impliqués dans le fonctionnement hydro-sédimentaire des plages récifales nécessite la mise en œuvre de méthodes d’observation in situ adaptées, comparables et reproductibles. Dans cette étude nous exploitons surtout les suivis topographiques des plages à l’échelle évènementielle, saisonnière et pluriannuelle. Par l’analyse morphologique et volumétrique des séries de profils topographiques, la variabilité morphosédimentaire en zone intertidale et supratidale est décrite. La significativité de la mesure de la mobilité du trait de côte est questionnée dans un contexte de littoral arboré très présent sur les littoraux tropicaux. Les résultats confirment une tendance pérenne au recul et permettent de quantifier les processus en cours. La perte sédimentaire à l’échelle du profil est de l’ordre de à 0,5 à 2 m3/an sur une décennie pour une dizaine de profils. Toutefois, sur la même période deux secteurs de plage en aval transit tendent toujours à l’accrétion. Des recharges par transit latéraux de 0,7 à 1,6 m3/an sont mesurées. A une échelle de temps plus courte, le suivi de 3 évènements cycloniques et 2 houles australes depuis 2013 éclaire sur le rôle des cyclones dans le façonnement des plages d’arrière-récif. Leur forte prévalence à l’échelle du bassin océanique les inscrits dans le cycle de vie de la plage. Cependant, les résultats de cette étude montrent que la fréquence d’évènements paroxysmaux (cyclones, houles australes) d’intensité modéré sont aussi déterminants que l’impact d’un évènement exceptionnel de faible occurrence d’où l’intérêt d’inscrire ces suivis dans des observatoires pérennes.

Le 3 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Christine FRANCOISE pour son doctorat en Sciences de l'Education. Dirigée par Monsieur Frédéric TUPIN, elle s'intitule "De l’observation des pratiques des maîtres débutants : éléments de compréhension des organisateurs de pratiques typiques".

Composition du jury :

• Madame Marguerite ALTET, Professeur, Université de Nantes
• Monsieur Joël CLANET, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Thierry PIOT, Professeur, Université de Caen Normandie
• Monsieur Frédéric TUPIN, Professeur, Université de La Réunion

Résumé:
L’objectif de notre recherche est de tenter d’identifier les compétences professionnelles (Altet, 1996 et 2009) acquises ou en cours d’acquisition des maîtres novices durant leur année de stagiarisation (visée heuristique). Pour ce faire, nous nous inscrivons dans le paradigme écologique ou paradigme de la complexité (Clanet, 1997 ; Piot, 2014). Nous portons un intérêt particulier à l’acquisition des compétences liées à trois dimensions clés que sont la gestion du temps, la tâche et les interactions maîtres-élèves, dimensions étudiées notamment par les chercheurs intégrés au réseau OPEN (Observation des pratiques enseignantes). Nous postulons que le développement professionnel (Wittorski & Briquet-Duhazé, 2010), initié en début de carrière, est variable selon les novices et que cette variabilité est interdépendante du degré de maîtrise des compétences attachées à ces dimensions. Le niveau d’expérience constituant un axe majeur de notre recherche, nous opposerons, dans une approche contrastive, l’enseignant stagiaire à l’enseignant expérimenté, évoluant dans des situations similaires.

Si nous avons pour ambition de déceler des différences entre les stagiaires en formation professionnelle (variabilité inter-maîtres), nous visons également l’identification des « invariances qui dénotent la présence d’organisateurs des pratiques » (Clanet, 2001). Nous nous efforçons donc de repérer parmi les pratiques enseignantes mobilisées, les organisateurs des pratiques typiques des maîtres « novices ».

Pour ce faire, nous recourons à des méthodes mixtes, quantitative (questionnaires) et qualitative (observations et entretiens). Les questionnaires portent sur le niveau de maîtrise des compétences attendues (Référentiel de compétences, 2013) et sur les difficultés potentielles des futurs maîtres. La population enquêtée concerne les stagiaires eux-mêmes (N=178) ainsi que les maîtres d’accueil temporaire (MAT) (N=83) qui les accompagnent. Dans un second temps sont confrontés les deux corpus de représentations pour en évaluer le degré de congruence. Centrées sur trois dimensions organisatrices précédemment déclinées (Clanet, 2010), les observations portent sur six trinômes d’enseignants (un MAT et deux stagiaires N=18) oeuvrant dans des classes de cycle III. Nous prenons appui sur la dimension tâche, afin d’analyser les dimensions transversales temps et interactions. Plus précisément, les étapes communes, mises en évidence au sein de séances portant sur la résolution de problèmes – et partant la tâche donnée à l’élève – sont analysées via la gestion du temps et des interactions. Dans une perspective ergonomique (Leplat, 2000), nous mesurons enfin, à travers ces observations et des entretiens, l’écart entre tâche « prescrite » et tâche « effective ».
Les premiers résultats nous ont permis de dégager une typologie déclinant trois profils dominants parmi les maîtres stagiaires. En outre, il semble que s’agissant de l’enseignement des mathématiques à l’école élémentaire, les stagiaires rencontrent certaines difficultés communes, caractéristiques des premiers pas dans le métier. Pour autant, l’opposition initiale entre pratiques des stagiaires et pratiques des maîtres expérimentés laisse place à un continuum intégrant la complexité des pratiques d’enseignement donnant lieu à de multiples déclinaisons.
Au regard de l’analyse des résultats, la formation initiale des futurs professeurs des écoles pourrait être questionnée dans le but d’en améliorer la qualité via un processus réflexif.

Mots clés :
Compétences professionnelles – pratiques d’enseignement – développement professionnel – enseignants stagiaires – représentations professionnelles – contextes

Le 5 décembre 2016 s'est tenue la soutenance de thèse de Monsieur Natacha CASSAM CHENAI pour son doctorat en Droit Fiscal. Dirigée par Madame Mireille MARTEAU LAMARCHE, elle s'intitule La rationalisation des dépenses fiscales en faveur des investissements immobiliers ultramarins des personnes physiques".

Composition du jury :

• Madame Mireille MARTEAU LAMARCHE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Frédéric DOUET, Professeur, Université de Rouen
• Monsieur Alexandre MANGIAVILLANO, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Thibaut MASSART, Professeur, Université Paris-Dauphine

Résumé:

Les dépenses fiscales permettant de favoriser les investissements immobiliers ultramarins des personnes physiques, établies depuis maintenant une trentaine d’années, risquent pourtant d’être effacées du paysage fiscal français : d’une part, la fin prévue de ces dépenses approche à grand pas et d’autre part, ces dépenses font l’objet de nombreuses critiques et une partie de la doctrine milite pour leur suppression, au motif, principalement, que ces dépenses violeraient le principe d’égalité et qu’elles seraient trop coûteuses et ainsi néfastes aux finances publiques, sachant que le niveau de la dette publique est préoccupant et que la maîtrise des deniers publics est exigée tant au niveau national qu’au niveau européen.
Du moins, l’examen approfondi desdites dépenses fiscales et du droit les régissant permet de réfuter certaines idées reçues et permet d’offrir une nouvelle approche de ces dépenses. Cet examen révèle, contre toute attente, que ces dépenses contribuent au redressement des finances publiques et répondent ainsi à l’exigence de maîtrise des deniers publics. En outre, il montre que ces dépenses jouissent d’une grande légitimité et qu’elles doivent être maintenues et prorogées ; elles ne sont aucunement contraires au principe d’égalité et permettent même de faire prospérer ce principe ; qui plus est, elles permettent de concrétiser le principe de solidarité (notamment parce qu’elles contribuent à garantir le droit au logement et le droit à la santé), et constituent ainsi, des dépenses qualifiées d’« impérieuses », l’impériosité des dépenses étant un nouveau concept dégagé – ayant vocation à être utilisé pour toutes dépenses fiscales – permettant de faire le départ entre les dépenses qui doivent nécessairement être faites et qui pourraient être converties en dépenses budgétaires et celles qui ne le pourraient pas, eu égard au principe de nécessité de l’impôt. Cependant, pour de telles dépenses impérieuses, la question de la justification de leur nature fiscale est alors cruciale, d’où il suit qu’une méthode, permettant de déterminer si la nature fiscale de telles dépenses est justifiée, a été élaborée, laquelle a permis de montrer que la nature fiscale desdites dépenses favorisant les investissements ultramarins est appropriée.
Aussi légitimes que soient ces dépenses, elles ne sont toutefois pas exemptes de toute critique et mériteraient d’être réformées. Il s’agit notamment de mieux protéger les contribuables qui investissent aux fins d’obtenir un avantage fiscal (entre autres par le biais d’une lutte contre une insécurité juridique contestable) et de réduire certaines inégalités occasionnées par ces dépenses. En ce sens, et afin de mieux respecter le principe de solidarité, un certain nombre de propositions ont été émises (dont certaines pourraient profiter à l’ensemble des dépenses fiscales), au rang desquelles figure celle d’offrir aux contribuables la possibilité d'effectuer leurs investissements ouvrant droit à avantage fiscal, par le biais du service des impôts, lequel transfèrerait les fonds appartenant aux contribuables à une entreprise gérée par des personnes publiques, proposition renfermant de nombreux avantages.

Le 18 janvier 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Monsieur Fabrice R. FONTAINE, Maître de Conférences (section C.N.U. : 35), présentant ses travaux intitulés "Des ondes de volume au bruit sismique : structure et déformation du manteau supérieur, dynamique des panaches mantelliques en domaine océanique et sismologie environnementale".

Composition du jury :

·         Madame Christel TIBERI, Chargée de Recherches, H.D.R., Université de Montpellier 2, CNRS·         ·          Madame Eléonore STUTZMANN, Physicienne, Institut de Physique du Globe de Paris
·         Monsieur Guilhem BARRUOL, Directeur de Recherches, Université de La Réunion, IPGP, CNRS
·         Monsieur Götz BOKELMANN, Professeur, Université de Vienne
·         Monsieur Jérôme DYMENT, Directeur de Recherches, Institut de Physique du Globe de Paris, CNR

Le 26 janvier 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Mdame Inès VIGAN-WOMAS, Maître de Conférences (section C.N.U. : 64), présentant ses travaux intitulés "Relever les Défis de l'élimination du Paludisme à Madagascar".

Composition du jury :

• Madame Pascale GUIRAUD, Professeur, Université de La Réunion

• Madame Marie-Christine JAFFAR-BANDJEE, Professeur, Praticienne hospitalier, CHU de La Réunion

• Madame Odile MERCEREAU-PUIJALON, Directrice de Recherches, Institut Pasteur - Paris

• Madame Florence MIGOT-NABIAS, Directrice de Recherches, IRD - Paris

• Madame Voahangy RASOLOFO, Maître de Conférences, H.D.R., Institut Pasteur - Madagascar

• Monsieur Philippe DESPRES, Professeur, Université de La Réunion

Le 29 janvier 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Madame Anne RECHOU, Maître de Conférences (section C.N.U. : 37), présentant ses travaux intitulés "Analyse de la dynamique de l’atmosphère soumise à différents phénomènes météorologiques dans les hautes et basses latitudes".

Composition du jury :

•     Madame Nathalie HURET, Professeur, Université d’Orléans
•     Monsieur Peter BECHTOLD, Principal Scientist, European Weather Centre
•     Monsieur Hassan BENCHERIF, Professeur, Université de La Réunion
•     Monsieur Olivier BOUSQUET, Chargé de Recherches, H.D.R., Météo France
•     Monsieur Alain HAUCHECORNE, Directeur de Recherches, Université de Versailles Saint Quentin

Résumé :

L’atmosphère est composée de couches quasi horizontales avec par exemple  la stratosphère et la troposphère séparées par la tropopause. La troposphère est caractérisée par une forte convection qui s’organise à grande échelle en six grandes cellules plus ou moins symétriques par rapport à l’équateur.

Au premier ordre,  cette représentation ne tient pas compte des nombreuses interactions et des nombreux transferts d’énergie, de matière et de quantité de mouvement entre les différentes couches et les différentes cellules qui peuvent cependant jouer un rôle important dans le climat. Un fil conducteur de mes activités de recherche a été de travailler sur les interactions entre les différentes régions de l’atmosphère.

Ainsi, mon travail est relatif à l’étude de processus associés aux phénomènes ondulatoires se développant dans l’atmosphère et leurs interactions/impacts sur l’écoulement atmosphérique en région polaire et en région tropicale.  Ensuite, la caractérisation de deux types de phénomènes météorologiques spécifiques, les cirrus tropicaux et les épisodes de précipitations intenses en région tropicale sera représentée.

L’analyse de mesures d’observations et des sorties de modélisation à méso-échelle permettra d’appréhender la première partie. La deuxième partie du travail s’appuie sur le développement de diagnostic spécifique pour extraire des informations issues de ré-analyse (approche grande échelle) et de mesures locales à petite échelle.

Le 23 mars 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Monsieur Maxime COURNOT, Praticien hospitalier (section C.N.U. : 4601), présentant ses travaux intitulés "Évaluation des outils diagnostiques et pronostiques dans les cardiopathies aiguës, chroniques et silencieuses".

Composition du jury :

• Monsieur Victor ABOYANS, Professeur, Praticien Hospitalier, CHU de Limoges
• Monsieur Meyer ELBAZ, Professeur, Praticien Hospitalier, CHU Rangueil
• Monsieur Jean-Philippe EMPANA, Directeur de Recherches, INSERM
• Monsieur Olivier MEILHAC, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Laurent MOLINIER, Professeur, Praticien Hospitalier, CHU de Toulouse
• Monsieur Peter VON THEOBALD, Professeur, Praticien Hospitalier, CHU de la Réunion

Le 9 juin 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Monsieur Marc CHILLET, Chargé de Recherche (section C.N.U. : 68), présentant ses travaux intitulés "Élaboration de la qualité des fruits. Effets de contraintes biotiques et abiotiques".

Composition du jury :

•     Madame Isabelle ANDRIANJOHANY, Professeur, Université d’Antananarivo
•     Madame Isabelle FOCK-BASTIDE, Maître de Conférences, H.D.R, Université de La Réunion
•     Madame Sabine GALINDO, Professeur, Université de Montpellier,
•     Madame Félicie LAURI LOPEZ, Maître de Conférences, H.D.R., Université d’Avignon
•     Madame Fabienne REMIZE, Professeur, Université de La Réunion

Résumé :

L’anthracnose est la principale maladie post-récolte des bananes et des plantains et est largement répandue dans toutes les zones de production bananières. Les formes les plus communes de la maladie sont l’anthracnose de quiescence et l’anthracnose de blessure. L’anthracnose de blessure se développe sur des fruits encore verts, à partir de lésions de la peau résultant des chocs occasionnés au cours des manipulations de récolte et d’emballage. Cette forme d’anthracnose engendre des dégâts beaucoup plus importants que l’anthracnose de quiescence car les nécroses se développent plus rapidement et sont plus larges et plus profondes.

Aux Antilles, cette maladie touche principalement les exploitations situées en zone de basse altitude. Les fruits provenant des parcelles d’altitude sont généralement moins affectés.

Après la mise au point d’outil pathologique et biochimique de la résistance des fruits à C. musae, une enquête diagnostic a pu être menée sur l’ensemble de la bananeraie guadeloupéenne afin d’établir des pistes de recherche sur les facteurs de sensibilisation des fruits à C. musae. Dans les zones de basse altitude, le stress au champ entraine une réduction de la vitesse de croissance des fruits et de ce fait une récolte de fruit physiologiquement âgés, au potentiel de résistance moindre. En altitude, les phases de croissance et de développement sont plus longues car les températures plus fraîches, engendrant de fait une récolte de fruits physiologiquement plus jeunes et donc moins sensibles au développement de l’anthracnose. L’éthylène n’est pas le facteur principal stimulant la reprise de l’activité parasitaire à partir du stade appressorial. C’est la maturation, et la perte des facteurs de résistance préformés, qui engendre la levée de quiescence du pathogène et le développement des nécroses.

La seconde thématique abordée concerne l’étude de l’effet de maladies foliaires des bananiers, comme la cercosporiose jaune et la maladie des raies noires, sur la maturation des fruits. Contrairement aux anthracnoses qui altèrent les fruits, les cercosporioses sont des maladies qui se développent uniquement sur les feuilles et jamais sur les fruits. Elles sont parmi les principaux facteurs limitant de la culture bananière dans le monde. Ces maladies ont un impact direct sur les phénomènes de maturation des fruits.  Elles accélèrent le développement des fruits au champ, mais pas la croissance. Les mécanismes liés à la maturation des fruits climactériques sont affectés ; outre un pic climactérique précoce, l’intensité de la crise respiratoire est plus élevée, au même titre que la production d’éthylène. Les biosynthèses des sucres et des polyphenols sont également affectées  par ces maladies. Les enzymes impliquées dans la dégradation de l’amidon sont stimulées précocement par le développement de la maladie. Les fruits se comportent comme des fruits beaucoup plus âgés physiologiquement. Les granules d’amidon, issus de fruits provenant de bananiers avec une cercosporiose, observés en microscopie électronique, montre des traces de dégradation biochimique à des stades très précoce du développement, indiquant une stimulation précoce des enzymes dégradant l’amidon. Ce vieillissement prématuré des fruits est également souligné par les résultats obtenus sur les teneurs en hormones des fruits issus de plants infectés ou non, notamment pour l’acide abscissique (ABA).

Le 15 juin 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Monsieur Serge ANDREFOUET, Chargé de Recherche (section C.N.U. : 67), présentant ses travaux intitulés "Contribution à l’étude de la biocomplexité des récifs coralliens de l’Indo-Pacifique : le cas des atolls".

Composition du jury :

• Madame Claude PAYRI, Directrice de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement, Nouméa
• Monsieur Laurent BARILLE, Professeur, Université de Nantes
• Monsieur Mathieu LE CORRE, Professeur, Université de La Réunion
• Monsieur Sylvain OUILLON, Directeur de Recherches, Institut de Recherches pour le Développement, Toulouse
• Monsieur Eric THIEBAULT, Professeur, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6
• Monsieur Hiroya YAMANO, Professeur, National Institute for Environmental Studies, Japon

Résumé :

Les récifs coralliens de l’Indo-Pacifique constituent des systèmes extrêmement vulnérables à l’ensemble des perturbations anthropiques et naturelles attendues dans le siècle à venir. La petite taille des îles et leurs grandes dispersions géographiques sont des facteurs aggravants de vulnérabilité face aux risques d’aujourd’hui et de demain. Changement climatique et accroissement démographique constituent des sérieuses menaces pour la sécurité alimentaire des populations et le maintien de l’équilibre entre ressources, usages et qualité de l’environnement à long terme. Cette HDR présente une synthèse de la contribution à une recherche scientifique dédiée à l’étude et à la gestion des récifs coralliens à partir d’observations par télédétection et de modèles spatialement explicites.

La présentation orale traitera dans un premier du cheminement méthodologique et thématique, sur une vingtaine d’années, allant de l’évaluation des capteurs de télédétection pour l’identification d’objets benthiques coralliens à l’utilisation de produits de télédétection pour des études interdisciplinaire sur les processus en milieux coralliens et sur leurs conservations. Ce cheminement générique sera illustré sur les atolls, en partant d’exemples de projets simples de cartographie et d’inventaires d’objets récifaux, vers des projets « biocomplexes » de gestion des ressources utilisées pour la pêche ou pour l’aquaculture. Ceci permet de dresser un bilan synthétique des travaux en considérant le cadre de la biocomplexité des récifs coralliens.

Les perspectives de recherche des prochaines années seront développées. Elles incluent notamment des approches de planification systématique de la conservation sur critères d’habitats. Ces perspectives incluent en priorité des actions dédiées aux pays du Sud, notamment dans le Triangle de Corail.

Le 23 septembre 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Monsieur Gilles GADEA, Chargé de Recherche (section C.N.U. : 64/65), présentant ses travaux intitulés " Quand la biologie cellulaire aide à comprendre la pathologie ".

Composition du jury :

• Madame Marie-Lise GOUGEON, Professeur, Institut Pasteur
• Monsieur Pierre-Emmanuel CECCALDI, Professeur, Institut Pasteur
• Monsieur Philippe FORT, Directeur de Recherches, Centre de Recherche de Biochimie Macromoléculaire
• Monsieur Olivier MEILHAC, Directeur de Recherches, Université de La Réunion
• Monsieur Pierre ROQUES, Directeur de Recherches, Commissariat à l'Energie Atomique

Résumé :

L’émergence mondiale du virus Zika (ZIKV) préoccupe au premier plan les organismes de santé internationaux. En peu de temps, la fièvre Zika a émergé comme un nouveau problème de santé publique au même titre que la Dengue et le Chikungunya et sa prévention est devenue une question particulièrement sensible. ZIKV est un virus zoonotique transmis à l’Homme par les moustiques du genre Aedes (Ae.). Isolé pour la première fois en Afrique Centrale, il s'est propagé en Afrique de l'Ouest puis, via l'Afrique de l'Est, vers l'Asie du Sud-Est formant le groupe viral asiatique. Le virus peut facilement muter et recombiner pour s'adapter aux espèces locales d'Ae. facilitant ainsi sa dissémination au sein de nouveaux territoires. ZIKV est un virus mal connu. La majorité des informations publiées sur le sujet concernent des données épidémiologiques. Je propose d’étudier sur des bases moléculaires l’interaction entre le virus et sa cellule hôte dans le but de comprendre les déterminants cellulaires responsables de la permissivité.

Le 3 octobre 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Monsieur Frédéric FEDER, Maître de Conférences (section C.N.U. : 68), présentant ses travaux intitulés " Transfert et réactivité de contaminants majeurs et traces dans les sols volcaniques et tropicaux de l'île de la Réunion".

Composition du jury :

•     Madame Sabine HOUOT, Directrice de Recherches, INRA
•     Madame Laëtitia ADELARD, Maître de Conférences, H.D.R Université de La Réunion
•     Monsieur Philippe ACKERER, Directeur de Recherches, Université de Strasbourg
•     Monsieur Emmanuel DOELSCH, Chercheur, H.D.R., CIRAD
•     Monsieur Jean-Lambert JOIN, Professeur, Université de La Réunion

Résumé :

Les interactions entre la solution du sol et la phase solide sont au coeur de l'évolution des sols. Mes recherches ont consisté à étudier cette solution du sol notamment in situ au sein de sols hydromorphes dans un premier temps, puis dans les sols volcaniques et tropicaux de l'île de la Réunion. Le recyclage des produits résiduaires organiques (pro) en agriculture présente de multiples bénéfices mais peut également apporter des contaminants de diverses natures. Ceux-ci peuvent se dégrader intégralement, s'accumuler dans les sols, être prélevés par les cultures ou être lixiviés vers le sous-sol. Mes travaux ont essentiellement porté sur les nitrates et les éléments traces métalliques (etm). Afin de quantifier les transferts de ces polluants dans les sols et d'en comprendre les déterminants, ma démarche a été de mettre en place des expérimentations à plusieurs échelles spatiales (au laboratoire en colonnes de sol et en plein champ), puis à utiliser ces résultats dans des modèles de simulation afin de mettre en évidence les processus géochimiques en jeu et de simuler des impacts à long terme pour les etm ou à l'échelle régionale pour les nitrates.

Lors de l'épandage d'un lisier de porc riche en azote sous forme organique et ammoniacal, les nitrates sont essentiellement produits par nitrification avant d'être lixiviés, mais plus tardivement que les autres anions, notamment les chlorures initialement présents dans le lisier. Ainsi, pour deux grands types de sols de la Réunion (un cambisol andique et un nitisol), les transferts de nitrates sont ralentis du fait d'une capacité d'échange anionique, mais ils entrent en compétition avec les chlorures pour l'adsorption sur les charges, variables avec le pH, de ces sols. Néanmoins, ils demeurent disponibles pour les cultures plus longtemps, permettant une gestion agronomique des apports de pro et réduisant les risques de transferts vers le sous-sol. À l'échelle du territoire de l'ouest de la Réunion, les zones les plus vulnérables aux transferts de nitrates ont été identifié grâce aux caractéristiques des sols et à l'élaboration d'un indice de vulnérabilité. La mobilité des etm a été mesurée en colonne de sol ainsi qu'en conditions réelles sur le terrain. Les etm présentent un comportement très différent des nitrates puisqu'ils n'ont jamais montré de transfert au-delà des vingt premiers centimètres de sols. La problématique de contamination des nappes phréatiques ne se pose donc pas pour ces éléments. En revanche, nous avons utilisé un modèle empirique réalisant des bilans entrée / sortie pour quantifier l'accumulation à long terme des etm dans les couches superficielles. Ce modèle a été validé pour un sol sur lequel quatorze cycles de cultures maraîchères ont été menés. Un rapide dépassement des seuils réglementaires pour le zinc a été mis en évidence.

Mon projet de recherche s'articule autour de l'utilisation de deux sites expérimentaux, lourdement instrumentés, pour comprendre la dynamique des grands cycles biogéochimiques après apports de pro, mais également pour quantifier les flux de deux types de contaminants, les etm et les composés traces organiques, dans les différents compartiments de l'agro-écosystème et ce, sur le long terme. Le premier site est celui du soere pro de la Réunion. Il a été mis en place en 2013 sur la station du Cirad à La Mare. Des boues de step, des lisiers de porc et des litières de volailles sont apportés sur une culture de canne à sucre. Le second site est celui de la station de l'Isra (institut sénégalais de recherche agricole) à Sangalkam où des boues de step, des litières de volaille et des digestats de méthanisation sont apportés sur des cultures maraîchères. Dans ces deux situations, les flux d'eau et de solutés sont mesurés continuellement, les lixiviats, le sol et les cultures sont régulièrement échantillonnés. L'objectif est d'identifier les déterminants de la mobilité des contaminants entre les compartiments et de quantifier ces transferts. Par ailleurs, sur le site de la Réunion, les flux de CO2 et de N2O sont également mesurés plusieurs fois par jour afin d'améliorer le bouclage des cycles des éléments majeurs. Sur le site de Sangalkam, l'influence des pro sur la qualité nutritionnelle des cultures maraîchères et sur la résistance aux bio-agresseurs et aux ravageurs sera évaluée. Par ailleurs, nous déterminerons un niveau d'intensification durable optimal préservant la qualité des sols et n'impactant pas négativement les autres compartiments de l'écosystème, dont les cultures. L'acquisition de données de référence et le suivi sur le long terme des contaminants sont des étapes indispensables pour renseigner et utiliser des modèles permettant d'évaluer leur devenir et de prédire les éventuels risques associés.

Le 10 octobre 2016 s'est tenue la soutenance d'HDR de Madame Hélène MAGALON, , Maître de Conférences (section C.N.U. : 67), présentant ses travaux intitulés " De la connectivité à la délimitation des espèces et vice versa: cas des populations marines benthiques de l'Indo-Pacifique ".

Composition du jury :

• Madame Sophie ARNAUD-HAOND, Chargée de Recherches HDR, IFREMER  
• Madame Claudie DOUMS, Professeur, EPHE - Paris
• Madame Claude PAYRI, Directrice de Recherches, IRD - Nouméa
• Madame Virginie RAVIGNE, Chargée de Recherches HDR, CIRAD
• Monsieur François BONHOMME, Directeur de Recherches, CNRS - Montpellier
• Monsieur Henrich BRUGGEMANN, Professeur, Université de La Réunion

Résumé :
La connectivité représente les liens existant entre différentes localités (ou populations). En génétique des populations, ces liens sont les flux de gènes entre différentes populations. Il est crucial de connaître le degré de connectivité des populations, et ce pour différentes espèces marines, afin de déterminer les patrons de dispersion à différentes échelles spatiales et temporelles. La connaissance de ces patrons permet de dessiner des réseaux d’aires marines protégées de façon plus efficace afin de préserver et gérer la biodiversité.
Mes travaux sur la connectivité des populations marines dans le Sud-Ouest de l’océan Indien et l’océan Pacifique tropical se basent sur les résultats obtenus sur différentes espèces présentant des écologies, des cycles de vie et des traits d’histoire de vie très contrastés : les coraux du genre Pocillopora, deux espèces d’hydraires de la famille des Aglaopheniidae, et l’holothurie verte Stichopus chloronotus. Dans une première partie, je montrerai qu’avant toute étude de connectivité, il est important de délimiter l’espèce que l’on étudie. Une fois l’espèce étudiée bien délimitée, il est important d’identifier les individus partageant les mêmes génotypes au sein de chaque population, c’est-à-dire les clones issus de reproduction asexuée. Enfin, dans une troisième partie, une fois gardé un seul représentant par clone le cas échéant, je présenterai les résultats de structuration des populations de ces différentes espèces échantillonnées à l’échelle du Sud-Ouest de l’océan Indien. En conclusion, j’exposerai les forces et faiblesses de ces travaux, ainsi que les perspectives de recherche future, notamment avec l’apport de la génomique des populations.


Mots-clefs :
Génétique des populations, hypothèse d’espèces, assignement, scléractiniaire, hydraire, holothurie, Sud-Ouest de l’océan Indien, Nouvelle-Calédonie, microsatellites, séquences