Se référant au concept éliasien de configuration et s’inscrivant dans un continuum de travaux sur la presse et les médias d’information réunionnais, la thèse analyse leurs transformations durant le dernier quart de siècle. Nous dressons un tableau analytique et synoptique de son fonctionnement à partir de l’exploitation d’un corpus abondant constitué de 26 entretiens avec des professionnels de l’information, d’observations participantes de type ethnographique dans les rédactions locales, de données morphologiques issues en partie de la Commission de la carte d’identité des journalistes professionnels (CCIJP), de données économiques visant à documenter la dimension économique de ce secteur et d’un corpus de métadiscours médiatiques. La thèse confronte ces données dynamiques de fonctionnement des structures de presse avec les pratiques et les représentations sociales que se font les acteurs du journalisme ainsi que les changements qui s’opèrent dans leur activité. Il apparaît ainsi que ce journalisme local, excentré de l’Europe, s’exerce à l’échelle « d’un petit pays ». Les résultats permettent d’interpréter les processus de configuration de pratiques sociales qui, ici comme ailleurs, sont le produit d’un « jeu » de relations interdépendantes faites de tensions et d’équilibres entre les individus et la société. La thèse propose une analyse de la configuration du journalisme local à La Réunion structurée par les articulations entre la colonialité et l’insularité d’une part (dimension socio-historique), un micro-capitalisme local fractionné, un marché en tension, les financements directs par les collectivités territoriales (dimension socio-économique) d’autre part, et enfin l’érosion (relative) des effectifs et la précarisation à l’entrée dans la profession (dimension socio-démographique). Les pratiques professionnelles des journalistes, comme leurs représentations sociales, traduisent autant qu’elles participent à construire cette configuration, dans un équilibre de tensions entre ajustements, résistances ou accompagnements consentis. Pour une grande majorité des journalistes interrogés l’attachement aux valeurs et à la déontologie de la profession demeure important, même si les évolutions des pratiques les en éloignent. La thèse défend donc une continuité du journalisme local qui repose en particulier sur les articulations entre colonialité, insularité, micro-capitalisme local fragmenté et financements publics territoriaux. Il ne s’agit pas pour autant de minorer l’importance des ruptures liées au développement du numérique au sein des rédactions et plus largement aux bouleversements par les GAFAM de l’espace social des médias, lesquels transforment à l’évidence le contexte socio-économique et par là même la socio-démographie de la profession. C’est donc plutôt dans l’écheveau des continuités et des ruptures, telles que nous avons pu les caractériser, que se construit l’identité professionnelle des journalistes de La Réunion.

Cette thèse en anthropologie a pour objet d’étude la non-violence. La présentation du contexte social dans lequel l’humanité évolue (Michaud, 2012) permettra d’aborder les figures de la paix d’hier et d’aujourd’hui, symboles de la non-violence. A travers l’étude des autobiographies et biographies de ces figures de non-violence qui ont eu, pour certains, le prix Nobel de la Paix, cette recherche scientifique permet de mieux comprendre à travers leurs parcours les processus qui les ont conduits à mettre en place des actions et interactions non violentes pour le plus grand nombre de leurs contemporains. Malgré leurs actions illustres pouvant servir de modèle à l’humanité, la violence est encore omniprésente dans nos sociétés. Notre démarche anthropologique a été d’étudier le concept de la non-violence à travers les acteurs porteurs d’actions non-violentes. L’analyse qualitative du contenu retranscrit de ces entretiens a mis en lumière un panel de définitions de la non-violence. Certaines rejoignent les concepts de Jean Marie Muller développé dans son Dictionnaire de la Non-violence (Muller, 2014). Cette analyse a permis de développer l’approche du travail intérieur nécessaire pour parvenir à être non-violent. Une démarche quantitative a été effectuée auprès de lycéens de l’île de la Réunion afin de valider la pertinence d’une approche pédagogique spécifique pour l’éducation à la non-violence et à la paix. La non-violence est souvent perçue comme une faiblesse dans l’idéologie occidentale (Muller, 2014), mais qu’en est-il réellement ? Comment un petit nombre d’individus peut-il influencer un grand nombre ? (Machteld, Doms et Moscovici, 1984). Est-ce que la non-violence est accessible à tous ? Quelles sont les émotions qui se jouent dans le processus de la non-violence ? Étudier les autobiographies des figures de la non-violence permet de comprendre à quel moment de leur vie ces hommes et ces femmes ont choisi l’innovation, le pas de côté allant à l’encontre de l’ordre social établi. Quel a été le moment déclencheur qui les a fait passer de l’anonymat au parangon de la non-violence. Ce moment déclencheur est-il identifiable par tous ? Quelles sont nos réactions face à la violence ? La dissonance cognitive (Festinger,1957) aidera à la compréhension des mécanismes socio-psychologiques dans ces moments déterminants. Leur passion pour la paix joue-t-elle un rôle dans leur détermination à aller jusqu’au bout de leurs convictions ? (Vallerand, 2015) C’est à travers les propos des acteurs de terrain que nous analyserons à la fois la question du travail sur soi et celle de l’éducation à la paix.

La définition d’une démocratie ne peut se réduire à l’existence d’un État de droit ou à l’organisation d’élections. Le droit électoral comme le droit constitutionnel peuvent retenir de nombreuses modalités d’organisation de la délégation et de l’exercice du pouvoir politique. Dans un régime démocratique, l’ensemble de ces règles sont structurées autour de six principes directeurs. Le principe de liberté politique et le principe de relativité politique fondent la philosophie du pouvoir politique. Le principe de votation et le principe d’égalité constituent l’ingénierie du régime. Le principe d’efficience de la délégation et le principe de la continuité du régime garantissent la dynamique de la relation de pouvoir. Ces principes redéfinissent le concept de démocratie comme une relation de pouvoir entre le titulaire d’une souveraineté et ceux chargés de l’exercer. Cette approche nouvelle permet de créer une grille d’analyse grâce à laquelle il est possible d’évaluer le caractère démocratique d’un régime. L’application au droit français des principes directeurs de la relation démocratique du pouvoir révèle le caractère non démocratique de normes et de concepts souvent hérités de l’histoire. Les principes directeurs permettent de redonner une cohérence d’ensemble aux normes, aux jurisprudences et aux concepts mis en œuvre au sein de la délégation actuelle du pouvoir politique en France. Leur application au droit français révèle l’inaboutissement d’un certain nombre de dispositifs. Ils permettent à la fois de vérifier le caractère démocratique des institutions de la Ve République française, mais également d’identifier les raisons – et en creux de lire les solutions – pour lesquelles la relation démocratique du pouvoir apparaît inachevée en France à ce jour.

Dans les années 1970, la communauté scientifique a commencé à mettre en évidence les processus d’effondrement de la biodiversité, tous groupes vivants confondus à l’échelle du globe. Les travaux de recherches effectués depuis montrent une situation de plus en plus préoccupante. La nécessité d’une gouvernance de la biodiversité s’est ainsi imposée sur la scène internationale. Les objectifs des grandes instances et des conventions internationales (IPBES, UICN, CDB, COP, etc.) se sont affirmés sur l’intérêt de préservation et de conservation des écosystèmes face à l’urgence écologique. Ces dix dernières années, les récifs coralliens subissent un déclin progressif de leur couverture mondiale, accusant des pertes historiques importantes et un déclin rapide. Leur équilibre fonctionnel atteint, ces derniers sont de moins en moins résilients. L’élaboration de solutions durables, rentables et innovantes est au coeur des échanges pour parvenir à la durabilité de cet écosystème. De ce fait, l’une des mesures phares de la COP15-Biodiversité de décembre 2022 met l’accent sur la restauration des milieux naturels dégradés. Un de ses objectifs est de réussir à restaurer les habitats et les fonctionnalités de l’écosystème à partir d’actions humaines mobilisant connaissances scientifiques, savoirs locaux et savoir-faire techniques. La restauration des récifs coralliens n’est cependant pas toujours à la hauteur de ces objectifs. Portant sur les techniques de réparation écologique dites actives, nous nous sommes intéressés à la question de cette efficacité. Ce travail a été réalisé à partir des hypothèses suivantes : (1) l’évaluation de l’efficacité de la réparation écologique ne prend guère en compte la dimension sociale, (2) l’efficacité sociale des projets de réparation écologique dépend en premier lieu de leur acceptation sociale, fruit des perceptions et représentations que les acteurs se font de l’écosystème à réparer, des usages qu’ils font de cet écosystème et du projet de réparation, (3) cette efficacité sociale peut se résumer en quelques indicateurs qui peuvent être inclus dans un tableau de bord d’indicateurs de pilotage de la réparation écologique, (4) ce tableau de bord a une double fonction : d’une part, estimer la capacité des acteurs, du milieu physico-chimique, des matériaux et des savoir-faire mis en oeuvre pour générer un projet de réparation écologique efficace, d’autre part suivre la durabilité de cette efficacité. Notre question de recherche est la suivante : comment améliorer l’efficacité de cette réparation écologique par une meilleure prise en compte de ses dimensions sociales ? Nous avons abordé cette question par une approche géographique (territoire, milieu et acteurs), avec une ouverture pluridisciplinaire en biologie de la conservation et en sociologie de l’environnement. Les récifs coralliens sont appréhendés comme un socio-écosystème en abordant la dimension socio-écologique de cet écosystème. Plusieurs postulats autour de l’ingénierie écologique récifale ont été mobilisés, de l’acceptation sociale et de la gouvernance environnementale. Nous avons analysé l’efficacité de 62 projets d’ingénierie écologique récifale issus de 13 territoires différents du bassin océan Indien. Cette analyse vise à déduire les différentes composantes de cette efficacité. En parallèle ont été identifiés des critères d’efficacité des projets et la mise en évidence du manque de considération de la dimension sociale des projets d’ingénierie écologique. Cette dimension a été étudiée à travers les perceptions et les représentations de 247 acteurs enquêtés sur l’île de La Réunion et de Mayotte. Enfin, des indicateurs écologiques et sociologiques de l’ingénierie écologique récifale ont été élaborés et appliqués à un projet de réparation écologique.

Notre étude est ancrée dans la lignée des travaux en didactique des langues et aborde la question des pratiques numériques chez les étudiants apprenant le français langue étrangère (FLE). L’objectif de cette recherche est de saisir les enjeux en termes de pratiques et de représentations sociales du numérique en situation d’appropriation potentielle informelle identifiées auprès d’un public d’étudiants d’une université en Afrique du Sud, un des pays africains qui ont fortement développé leur infrastructure numérique. Ce travail doctoral ambitionne de répondre aux questions suivantes : quelles sont les pratiques des outils numériques des étudiants en dehors de la classe de FLE ? Quels sont les représentations sociales liées au numérique ? Quel lien existe-t-il entre les représentations et les pratiques ? Quelles similitudes et divergences y a-t-il entre les pratiques personnelles et les pratiques de FLE ? Afin de recueillir et d’analyser les pratiques numériques des étudiants, nous avons opté pour une approche méthodologique mixte regroupant une enquête quantitative axée sur le questionnaire et une recherche qualitative basée sur des entretiens semi-directifs. L’échantillon est composé de 169 étudiants interrogés par le biais du questionnaire dans l’optique de recueillir leurs pratiques et leurs représentations du numérique pendant leur processus d’appropriation du FLE, et de huit étudiants interviewés individuellement pour mieux comprendre leurs pratiques numériques et le sens qu’ils donnent à ces dernières. On note à travers les résultats que les étudiants sont fortement équipés. Les principaux résultats permettent aussi d’identifier les différents types de pratiques personnelles les plus intenses chez les étudiants que sont : les pratiques relationnelles et ludiques. Ces résultats décrivent également les pratiques de FLE les plus représentées chez les étudiants (recherche en français, correction de texte en français à l’aide des dictionnaires en ligne et des correcteurs automatiques, le vocabulaire, la grammaire, les activités langagières de traduction et d’écrit ; réception et production), ainsi que les outils numériques les plus utilisés (plateforme universitaire, messagerie instantanée, réseaux sociaux, email). On note aussi que les outils numériques utilisés pour les pratiques personnelles sont réinvestis dans les pratiques de FLE et que les étudiants utilisent moins les outils numériques pour leur appropriation du FLE que pour leurs activités personnelles. Il ressort enfin qu’il y a un lien entre les pratiques numériques des étudiants et leurs représentations : plus les étudiants utilisent les outils numériques, plus ils ressentent leur utilité et inversement.

L'étude de la réponse morphodynamique des environnements côtiers face à l'élévation générale du niveau de la mer est l'un des grands défis de notre époque. À Mayotte, entre mai 2018 et juillet 2020 une éruption volcanique au large de l'île, entraînant un enfoncement de l’île et donc une hausse du niveau marin d'environ vingt centimètres, a constitué une opportunité exceptionnelle pour appréhender les impacts d’une élévation rapide sur les littoraux récifaux. Cette situation a permis d'évaluer in situ les impacts de cette élévation sur les systèmes plage/récifs frangeant à court terme. L'objectif de cette étude était d’établir un état des connaissances après la subsidence et d'analyser les éventuels changements associés. Les suivis topographiques, hydrodynamiques et sédimentaires ont permis de mesurer la rotation de plage, caractéristique des plages de poche, et son contrôle par la variabilité saisonnière et interannuelle des conditions météo-marines et la présence d’un triptyque récifal remarquable (récif barrière/lagon/ récif frangeant). La comparaison entre les données pré et post-subsidence sur des profils topographiques de plage ne montre pas de changements morphologiques significatifs qui pourraient être attribués sans équivoque à la rapide élévation du niveau marin. De plus, aucune modification significative n'a été observée au niveau des unités biogéomorphologiques sur le récif frangeant. Toutefois, le suivi de la cinématique du trait de côte atteste d’une accélération récente du recul du trait de côte, bien qu’elle ne puisse être exclusivement attribuée à la subsidence. Cette étude présente un état des lieux post-subsidence et l’arsenal méthodologique nécessaire pour appréhender l’impact de l’élévation du niveau de l’eau sur les unités biogéomorphologiques littorales à Mayotte. Ils constituent les premières étapes nécessaires à la compréhension des impacts de l’élévation du niveau marin sur les côtes récifales de Mayotte.

Selon la SER (The Society of Ecological Restoration, 2002), la restauration écologique est "le processus d'assister à l’auto-régénération des écosystèmes qui ont été dégradés, endommagés ou détruits en respectant sa santé, son intégrité et sa gestion durable". Cette définition qui est à la base des pratiques de la restauration écologique s'avère vague et quasi inapplicable dans certaines situations. Nous nous intéressons aux pratiques de la restauration écologique des forêt tropicales sèches de La Réunion. Grièvement impactée par les activités humaines, cet habitat a fait l'objet de quelques projets de restauration à différentes échelles. L'objet de notre recherche s'intéresse à l'étude des pratiques d’un projet avec une approche descriptive et comparative des cartes cognitives des différents groupes d'acteurs, et l’analyse à partir de la modélisation par équation structurelle pour comprendre les facteurs sous-jacents de l’attitude de la population face à cette pratique. Nous estimons que les représentations des pratiques de la restauration écologiques pourraient impacter sur la résilience de cet écosystème. Nous avons procédé la collecte des données à partir d’une observation participante au sein des locaux du parc national de La Réunion, des entretiens semi-directifs auprès des acteurs et des questionnaires auprès des population. Les résultats obtenus à partir de l’analyse des cartes cognitives mettent en évidence l'hétérogénéité des représentations de la restauration écologique du projet LIFE+ forêt sèche. Nous avons constaté une divergence de représentations sur les actions de lutte, de plantation et de gouvernance entre les communautés de pratique du projet, cela souligne que les risques de conflits sont particulièrement élevés lorsque les objectifs de la restauration écologique ne prennent pas en compte l’histoire et l'implication de l'individu dans cet espace. En fin de compte, une bonne restauration reconnaîtra les défis sociaux dans ses objectifs, c'est l'essence même des arguments avancés dans cette thèse.

Dans un contexte où il est demandé que la population soit intégrée à la protection de l’environnement, cette thèse en sociologie de l’environnement propose d’éclairer, au travers d’une démarche compréhensive et explicative, la participation de la population réunionnaise à la protection de l’avifaune. Cela pose plusieurs questions. Quelles sont les représentations sociales de l’avifaune et de sa protection pour la population réunionnaise ? Comment les actions de protection sont pensées et mises en oeuvre par les professionnels de l’environnement ? Quelle place les professionnels laissent-ils au grand public ? Enfin, comment les oiseaux sont traités au sein de l’espace médiatique ? La thèse propose de répondre à ces questionnements à travers un mix méthodologique constitué d’une revue de presse, d’un questionnaire, des ateliers de discussion avec le grand public et des entretiens avec les professionnels de l’environnement. Notre démarche permet de mettre en exergue que les oiseaux sont majoritairement médiatisés lorsqu’ils sont associés à un projet de protection. Les médias possèdent une vision écocentrés de l’avifaune, privilégiant les articles sur les oiseaux en danger d’extinction. Ils répètent les discours des écologues et essaient parfois d’impulser une mobilisation autour de la protection. L’étude révèle également que le grand public et les professionnels de l’environnement n’accordent pas d’intérêt aux mêmes espèces. Le grand public à l’air d’accorder une plus forte valeur aux espèces qu’elles côtoient régulièrement tandis que les professionnels tentent de sauver en priorité les espèces en voie de disparition. Malgré cette différence de représentation, le grand public se dit conscient de l’importance des oiseaux dans l’écosystème et prêt à participer à sa protection. La majorité des professionnels essaient de changer les attitudes de la population en la sensibilisant. D’autres tentent de faire participer le grand public en les faisant participer à des programmes de sciences participatives et, plus rarement, en leur demandant leurs opinions.

Les compétences de type savoir-être sont considérées comme un facteur clé de l’insertion professionnelle et de l’employabilité. Cependant, dans le cadre particulier de l’insertion des publics éloignés de l’emploi, les savoir-être, envisagés de manière personnalisante et décontextualisée, peuvent être facteur de fragilisation pour les publics concernés. Par une approche exploratoire de type mixte, se basant sur une analyse qualitatives de 40 interviews de salariés en contrat d’insertion, de conseillers Pôle emploi et de managers au sein de six employeurs différents, nos travaux visent à une meilleure compréhension de la manière dont s’articulent les trois approches du savoir-être, de l’insertion professionnelle et de l’employabilité. Les résultats permettent de constater une cohérence entre les grilles de lecture de ces trois approches à partir d’un de leurs deux axes. Ainsi une stratégie d’insertion déployée par l’intermédiaire de l’emploi visant à préparer et mettre en condition les demandeurs d’emploi correspond, chez l’employeur, à une approche statique de l’employabilité avec un faible nombre de pratiques d’employeurabilité, le tout correspondant à une conception essentiellement normative des savoir-être. A l’inverse, des pratiques d’intermédiation visant à répondre plus directement aux besoins et souhaits des demandeurs d’emploi correspondent, chez l’employeur, à une approche dynamique de l’employabilité se traduisant par le déploiement de nombreuses pratiques d’employeurabilité, le tout correspondant à des savoir-être envisagés sous une forme développementale. Les résultats en termes d’insertion durable de ce second type de processus d’insertion semblent être meilleurs. En outre, la notion d’employeurabilité, en tant que capacité de l'employeur à renforcer l'employabilité de ses employés, peu abordée dans la littérature, a pu faire l’objet d’approfondissements théoriques et pratiques ouvrant la voie à la construction d’outillages d’évaluation de l’employeurabilité sur une base élargie de critères.

M. YVAN COMBEAU 

Université de La Réunion 

Directeur de thèse

M. Xavier LUFFIN 

Université Libre de Bruxelles Doyen de la Faculté 

Examinateur

M. Ibouroi ALI TABIBOU 

Université des Comores Président de l'Université 

Examinateur

M. Gil Dany  RANDRIAMASITIANA 

Université de Tananarive-Ankatso  

Examinateur

M. RANDRIANJA SOLOFO 

Université de Toamasina 

Rapporteur

Didier NATIVEL 

Université Paris VII- Diderot  

Rapporteur

M. HASSANI- EL-BARWANE  MOUHSSINI 

Université des Comores 

Invité

Mots-clés :

Chansons politiques,Patriotisme et identité culturelle,Propagande,Comores,

Résumé :  

Cette thèse dresse un tableau synchronique et diachronique sur l’histoire de la chanson politique et de propagande aux Comores depuis les années 1960 jusqu’aux années 1990. En effet, la réflexion ici déployée s’appuie sur des textes mis en musique en tant qu’ils constituent une source d’envergure de l’histoire pour pallier aux vides omis volontairement ou involontairement par les sources écrites. Par le biais de ce travail, nous découvrons l’évolution de l’histoire politique de l’archipel des Comores à travers l’étude de la chanson politique comorienne orientée et/ou instrumentalisée à des fins politiques. D’abord, les variétés musicales telles que le hippy, le rock and roll américain et celui des Beatles qui apparaissent aux Comores dès le début des années 1960, a servi d’inspiration musicale aux artistes comoriens avec une profusion de la chanson engagée. A cela s’ajoute la chanson du twaraɓ ou twaraɓu qui connaît une large diffusion, dont le but est de divertir la population lors du Anda na mila ou grand mariage. Mais à partir de 1962, avec l’autonomie interne, l’atmosphère sociopolitique fait que les associations musicales s’invitent dans le champ politique qui s’en empare pour conquérir la masse populaire à leur cause politique. Par ailleurs, au début des années 70, l’indépendance sera la question préoccupante des partis politiques. La chanson du twaraɓu prend part, de ce fait, à la lutte politique en soutenant le mouvement indépendantiste déjà en cours. A Mayotte, cette situation politique a poussé le groupe musical Alpa Joe à composer des chansons profrançaises. Après l’indépendance des Comores le 6 juillet 1975, le nouveau régime révolutionnaire, qui a pris le pouvoir le 3 août, récupère les chansons indépendantistes et les associations musicales pour sa propagande. Le coup d’Etat du 13 mai 1978 a entrainé un changement de régime. Ce nouveau contexte va donc favoriser la composition de la chanson postrévolutionnaire qui a combattue les affres de ce pouvoir jugé tyrannique. A la chute de ce régime en 13 mai 1978, nous assistons au retour des militants de l’Association des stagiaires et étudiants comoriens en France (ASEC) avec l’introduction du Mouvement Communiste marxiste-léniniste des Comores (MCMLC). Plusieurs associations islamiques voient le jour afin d’empêcher la diffusion de ces idéologies jugées comme une remise en cause de la religion dominante : l’islam. Mots clés : Chanson politique et révolutionnaire, colonialisme, indépendance, identité culturelle, musique occidentale, instrument de musique, patrimonialisation de la musique, nationalisme, patriotisme, islam politique, orientation politique de l’art, archipel des Comores, Indianocéanie, chanson de twaraɓu, chanson de kaswiɗa, association islamique, idéologie wahhabite, idéologie occidentale.

Mme NATHALIE WALLIAN 

Université de La Réunion 

Directrice de thèse

Mme MYLENE EYQUEM 

Université de La Réunion 

Examinatrice

M. STEPHANE BRAU-ANTONY 

URCA REIMS INSPE 

Rapporteur

Mme Marie France CARNUS  

UNIVERSITE DE TOULOUSE 2 

Rapporteure

M. JEREMIE BRIDE 

URCA REIMS INSPE 

Examinateur

Mme CLAIRE MESTRE 

CHU de BORDEAUX 

Examinatrice

Mots-clés :

mise aux mondes,récits de vie,sage-femme,Compétences transculturelles,La Réunion & Mayotte,

Résumé :  

Lors de "la mise au monde", le monde du dedans (intimité psychique, communauté familiale) vient en contact avec le monde du dehors (sage-femme, institution hospitalière). Par les interactions qu’ils génèrent, la grossesse et l’accouchement actualisent ces rapports à soi et à autrui, tant du côté de la mère que du côté de la sage-femme. Ainsi ces liens entre dedans/dehors s’élaborent bien en amont et débutent dès la période périnatale, laquelle est anthropologiquement et psychiquement chargée de savoirs mis en circulation (savoirs biomédicaux, expérientiels et culturels). L’étude porte sur la genèse du lien mère/nourrisson à travers les manières dont la sage-femme, à La Réunion et à Mayotte, opère une médiation transculturelle des savoirs autour de la mise aux mondes : ceux-ci constituent une nécessité porteuse d’une dimension médicale, culturelle et contextuelle. L’enjeu consiste à comprendre comment s’articulent ces dimensions dans la triangulation mère-bébé-sage-femme, quelles négociations sont opérées en contextes et quelle expertise est mobilisée par les sages-femmes. Inscrits en sciences de l’éducation & de la formation, différents champs théoriques sont mobilisés pour éclairer l’objet de la recherche via un préliminaire historique périodisé du métier de sage-femme. Anthropologie, psychologie et épistémologie des savoirs sont ensuite appelées de manière complémentaire et itérative autour du récit de vie de trois populations à La Réunion et à Mayotte. Ces études concernent l’analyse du discours 1) des mères (N = 8 ; T = 8h40), 2) des sages-femmes (N = 13 ; T = 14h) et 3) la monographie longitudinale d’une sage-femme en formation : le cas d’Éva (N = 4, T = 4h, 4 ans). L’analyse thématique inférentielle montre que : 1-Les mécompréhensions entre mondes sont d’abord liées à la difficulté de partager les univers de référence. Lorsqu’il existe une connaissance de la culture de l’autre, des négociations peuvent s’opérer et les frontières s’assouplissent, autorisant une rencontre pour la circulation des savoirs. 2-A la croisée du médical et du social, la sage-femme déploie des stratégies élaborées pour préserver l’alliance d’accompagnement avec la mère et pour faire cohabiter différents systèmes de valeurs en accord avec les cultures tant professionnelles que familiales des contextes. 3-La sage-femme s’appuie tout à la fois sur les dimensions anthropologique, psychologique et épistémologique pour faire évoluer sa pratique ; son expertise professionnelle est sans cesse remodelée en fonction des lieux et conditions d’exercice, autorisant de la sorte l’émergence de compétences transculturelles. Cette étude montre la nécessité d’un dialogue entre les mondes du dedans et du dehors afin de faire circuler les savoirs et de faciliter l’émergence d’un lien sécure entre sage-femme et mère. Soutenir les compétences transculturelles de la sage-femme en contextes peut constituer un axe majeur en formation initiale comme continue pour la mise aux mondes.

Le hotspot de Madagascar et des îles environnantes abrite 25 espèces nicheuses d'oiseaux marins, totalisant environ sept millions de couples. Ces populations sont menacées par divers facteurs anthropiques tels que le braconnage, le prélèvement des œufs, la pollution lumineuse, plastique et principalement les prédateurs introduits. Les rats noirs (Rattus rattus) et les rats bruns (Rattus norvegicus) sont présents sur 95% des groupes d'îles de cette région. Parmi ces îles, 85% abritent également des chats (Felis catus). Ces prédateurs ont historiquement entraîné le déclin de nombreuses populations d'oiseaux marins de la région. Cependant, à l'image de la majorité des populations d'oiseaux marins tropicaux, la démographie des oiseaux marins de la région est peu étudiée, et l'impact de ces prédateurs sur leur viabilité n’y a jamais été documenté. L'objectif général de cette thèse est de caractériser la démographie des oiseaux marins tropicaux de l'ouest de l'océan Indien, d'analyser l'influence des prédateurs sur celle-ci et de recommander des stratégies de conservation optimales. La thèse est déclinée en deux grandes thématiques. La première a pour objectif de quantifier l'impact des prédateurs sur la viabilité de cinq populations en estimant, pour certaines, la taille de ces populations ces dernières années puis, en effectuant des analyses prédictives visant à évaluer leur viabilité et à proposer des actions de conservation appropriées à l’aide de différents scénarios démographiques. Les pailles en queue à brins blancs (Phaethon lepturus) de Pouhou (Mayotte), les pailles en queue à brins rouges (P. rubricauda) d'Europa, les pailles en queue à brins blancs endémiques d'Europa (P. l. europae) ainsi que les puffins du Pacifique (Ardenna pacifica) se reproduisant au sud de La Réunion seront ici étudiés. Les îles de Pouhou et d’Europa sont envahies par les rats, tandis que les chats et les rats sont présents au sein des colonies de puffins du Pacifique étudiées. La deuxième thématique vise à évaluer l'influence de mesures de gestion mises en place sur la démographie des populations d'oiseaux marins. Dans cette thématique, nous étudierons l'impact du contrôle des chats et des rats sur la viabilité des colonies de pétrels noirs de Bourbon (Pseudobulweria aterrima) et pétrels de Barau (Pterodroma baraui), espèces endémiques de La Réunion, à l'aide d'analyses prédictives. Nous étudierons également la réponse démographique à long terme des fous masqués (Sula dactylatra) et des fous à pieds rouges (Sula sula) sur Tromelin, ainsi que des pailles en queue à brins rouges sur Nosy Vé, respectivement 17 et 22 ans après la dératisation de ces îles. Enfin, nous étudierons le processus de recolonisation naturelle des populations d'oiseaux marins de Tromelin après sa dératisation. Nos résultats nous ont d’abord permis d’améliorer les connaissances sur la démographie des oiseaux marins tropicaux. Ceux-ci montrent, globalement, que les rats et les chats ont des impacts dramatiques sur la démographie des oiseaux marins sur les sites envahis, pouvant entraîner leur extinction locale, voire globale (dans le cas des pailles en queue à brins blancs endémiques d'Europa et des pétrels noirs endémiques de La Réunion) à court ou moyen terme. Les opérations de contrôle régulières, ainsi que l'éradication totale des prédateurs, permettent aux populations de se reconstruire en augmentant les paramètres démographiques auparavant touchés par ces prédateurs. La dératisation de Tromelin a également permis la recolonisation de nombreuses espèces grâce à des processus naturels d'attraction sociale inter et intra-spécifique. La comparaison entre ces populations possédant des états de conservation différents permet de souligner la nécessité de mettre en place des actions de contrôle efficaces ou d'éradication totale des prédateurs, lorsque cela est applicable, afin d'éviter une perte de biodiversité conséquente dans la région.

Cette recherche porte sur l'exploration de la valorisation énergétique des catégories de déchets solides municipaux par gazéification pour produire de l'électricité avec un focus sur les Comores. Notre recherche a consisté dans un premier temps à déterminer, à différentes échelles d'observation, le potentiel des déchets solides aux Comores, à partir d'une enquête de terrain dans deux villes de la Grande Comore que sont Moroni et Foumbouni. Nous les avons combinées avec des données démographiques, sociologiques et économiques pour extrapoler nos résultats à l'ensemble des communes et préfectures de l'archipel des Comores. Ceci a été complété par la détermination de la composition des déchets selon les sites d'observation, en utilisant la même approche que celle utilisée pour l'évaluation du potentiel de déchets. Nos bases de données établies, nous avons entrepris d'évaluer les caractéristiques physiques, chimiques et thermiques des déchets afin de mettre en évidence leurs propriétés de valorisation énergétique. Il s'agissait de mettre en place une méthodologie appropriée pour estimer les déchets élémentaires et la composition des déchets aux Comores. Par la suite, nous avons exploré les bases scientifiques et technologiques des systèmes de gazéification, afin de bien comprendre les processus de conversion énergétique impliqués, en utilisant différents modèles physico-chimiques et thermiques. Ceci nous a permis de dresser un inventaire des outils de simulation numérique des paramètres structurels et fonctionnels des systèmes de gazéification. Dans la dernière étape de notre travail de recherche, le logiciel SIZER a été choisi pour réaliser une étude détaillée de l'implantation des gazéificateurs sur l'ensemble du territoire comorien, au niveau des communes et des préfectures des trois îles observées. Nous posons ainsi les bases d'une stratégie de valorisation énergétique des déchets solides dans le contexte social et économique spécifique des milieux insulaires.

Les chauves-souris sont des mammifères fascinants, tant par leur extraordinaire diversité spécifique et morphologique, que pour leur capacité à héberger et tolérer des virus qui peuvent engendrer des épidémies chez l’homme. A l’heure où de plus en plus de maladies émergent dans le monde, les processus écologiques qui influencent la circulation des agents infectieux chez les hôtes naturels, notamment les chauves-souris, demeurent mal connus. En prenant comme modèle d’étude le Petit Molosse de La Réunion (Mormopterus francoismoutoui) et trois de ses agents infectieux (paramyxovirus, herpesvirus et bactéries leptospires), nous avons analysé comment l’écologie et la dynamique des populations de chauves-souris influencent la transmission de leurs agents infectieux. Grâce à un suivi des populations sur le terrain, nous avons tout d’abord caractérisé la phénologie du Petit Molosse et mis en évidence des variations saisonnières marquées des effectifs dans les gîtes et de leur composition selon l’âge, le sexe et le statut reproducteur des individus. Ces résultats nous ont permis de proposer un nouveau cycle biologique pour cette espèce endémique de l’île de La Réunion. En utilisant des approches de phylogénie et de génétique des populations à partir de biopsies de l’aile, nous avons étudié et daté les événements de colonisation de l’île, et également montré la diversification in situ de cette espèce avec l'évolution de lignées ancestrales, co-existant aujourd’hui en sympatrie au sein d’une métapopulation. Enfin, l’analyse spatio-temporelle de l’infection, à l’échelle de la population (gîte) et des individus (grâce aux recaptures d’individus), suggère que les paramyxovirus et bactéries leptospires (excrétés dans les urines) ainsi que les herpesvirus (excrétés dans la salive), établissent une infection persistante avec une excrétion intermittente. Nos analyses mettent également en évidence que la reproduction, notamment la gestation chez les femelles et l’accouplement chez les mâles, ainsi que l’âge et les interactions entre agents infectieux, sont des déterminants majeurs des dynamiques saisonnières d’excrétion. Ainsi, l’approche éco-épidémiologique utilisée dans cette thèse apporte des informations précieuses pour mieux prédire, par la suite, comment les chauves-souris répondent aux perturbations des écosystèmes et les conséquences en cascade sur l’infection et les risques d’émergence de zoonoses.

Le Cryptoméria (Cryptomeria japonica) est la seule essence de bois exploitable dans la construction à La Réunion. Cependant, sa durabilité variable face aux champignons Basidiomycètes et aux termites constitue un frein au déploiement de son utilisation à La Réunion, où les conditions climatiques sont particulièrement favorables à la dégradation des matériaux biosourcés par ces agents. L’étude consiste donc à déterminer avec précision la durabilité naturelle de cette essence face à deux espèces de champignons ubiquistes (Poria placenta et Coniophora puteana) et deux espèces de termites (Coptotermes gestroi de La Réunion et Reticulitermes flavipes de France continentale), en réalisant un échantillonnage très large (4 arbres issus de 2 forêts ; éprouvettes prélevées dans l’aubier, le duramen externe et le duramen interne). Afin de réaliser une analyse comparative des résultats, des planches de duramen de Pin Sylvestre (Pinus sylvestris), réputé peu durable face à ces agents biologiques et de Red Cedar (Thuja plicata), ayant une bonne durabilité, sont utilisées. L’influence du délavage des éprouvettes en laboratoire et du vieillissement naturel de planches de Cryptoméria en situation d’emploi 3.2 pendant 7 ans est également mesurée afin de mieux déterminer la performance de cette essence. Les éprouvettes non délavées, délavées et exposées naturellement sont soumises aux champignons et aux termites selon les protocoles normalisés européens (respectivement XP CEN/TS 15083-1, 2006 et EN 117, 2013). En complément, la spectroscopie proche infra-rouge, couplée à la chimiométrie, est utilisée afin de mettre en évidence les effets du délavage, distinguer les essences de bois, déterminer la densité et la teneur en eau des éprouvettes et prédire la durabilité face aux champignons Basidiomycètes. Les résultats confirment la variabilité de la durabilité du duramen de Cryptoméria de La Réunion face aux champignons, et plus particulièrement P. placenta, champignon le plus discriminant. Les dispositions prévues dans la norme EN 350 (2016), ne permettent pas de classer cette essence car les valeurs individuelles de perte de masse se répartissent dans les 5 classes de durabilité, dont 90% dans les classes 1 à 3. Le Red Cedar est classé « Très Durable » et le Pin Sylvestre « Non Durable ». Les résultats des éprouvettes délavées et issues de planches exposées permettent de mieux appréhender la performance du Cryptoméria. Après délavage, 77% des éprouvettes sont classées « Faiblement Durables » et 80% des éprouvettes exposées sont classées « Non Durable ». Ceci indique que le délavage en laboratoire est moins agressif que l’exposition naturelle, et que la durabilité résiduelle du Cryptoméria est moindre après 7 ans d’exposition naturelle, durée inférieure à la garantie donnée sur les produits de la construction en France (au moins 10 ans). Le délavage n’a pas d’influence sur la performance du Red Cedar et du Pin Sylvestre. Les résultats face aux termites sont conformes à la littérature : le Cryptoméria est « sensible » aux deux espèces de termites ; le Pin Sylvestre est « Sensible » à C. gestroi et le Red Cedar « Moyennement durable » face ce termite. Le délavage ou l’exposition naturelle n’influent pas sur ces résultats. Les résultats permettent de proposer des révisions dans les normes européennes portant sur la durabilité face aux champignons et aux termites. La spectroscopie est un outil performant dans la distinction des essences de bois, la détermination de la densité et de la teneur en eau, ainsi que dans la prédiction de la durabilité face aux champignons. Ce qui permet d’envisager cet outil prédictif dans l’industrie du bois et dans le cadre d’expertise

La production mondiale de déchets atteindra plus de 2,6 milliards de tonnes par an en 2025. La gestion de déchets est un défi majeur pour les territoires insulaires. En plus des déchets recyclables, des encombrants et des déchets verts, les déchets ménagers et assimilés (DMA) comprennent également les ordures ménagères résiduelles (OMR), qui représentaient 44,6% de leur composition pour la Réunion en 2018. Par rapport à la France métropolitaine, où 67% des OMR sont valorisées par incinération en 2019, à la Réunion, la totalité des OMR produites (230 kilotonnes en 2018) sont directement envoyées en enfouissement. Compte tenu des réglementations nationales en vigueur, il est impératif de mettre en place une filière de valorisation des OMR afin de réduire les contraintes spatiales et environnementales associées à l'enfouissement. En France métropolitaine, l'incinération est la technologie couramment utilisée pour la valorisation énergétique des déchets solides, tandis que la gazéification demeure encore au stade expérimental. Dans le contexte réunionnais, il est important de déterminer quelle technologie permettra une valorisation efficace des OMR à la fois du point de vue environnemental et énergétique. Cette thèse propose alors d'étudier la gazéification des OMR sous les angles énergétique, environnemental et économique. Pour atteindre ces objectifs, une méthodologie de recherche en quatre étapes est adoptée: i) étude de caractérisation thermo-physico-chimique de cinq compositions de déchets issus des OMR; ii) développement et optimisation d'un modèle de réacteur de gazéification à lit-fixe co-courant; iii) comparaison de la performance environnementale de deux systèmes de production d'électricité (basés respectivement sur la gazéification et l'incinération); iv) analyse de l'intégration de la gazéification dans le mix électrique de la Réunion, en évaluant son incidence sur les coûts et les émissions de gaz à effet de serre (GES) de la production d'électricité.

La crise énergétique actuelle a mis en lumière nos profondes vulnérabilités en matière d'approvisionnement énergétique. Cette crise contribue à renforcer et même à exacerber la dépendance de beaucoup de pays aux énergies fossiles. De nombreux gouvernements ont choisi d’affermir leurs politiques énergétiques, particulièrement sur les progrès que sont la sobriété énergétique et l’usage des énergies renouvelables intermittentes (photovoltaïques et éoliennes). L’énergie photovoltaïque a l'avantage de n’émettre que peu de gaz à effet de serre lors de son fonctionnement mais a le défaut majeur d’être intermittent et variable. Le stockage énergétique peut pallier la variabilité et l’intermittence de l’énergie solaire, cependant les technologies de stockage les plus performantes s’accompagnent de problématiques de coût financier et de recyclage, freinant ainsi leur popularisation. L’utilisation de Systèmes de Management de l'Énergie pour le Résidentiel (SMER) (ou Home energy management system - HEMS en anglais) vient en complément des énergies solaires en proposant une manière plus intelligente de consommer l’énergie. Développer des SMER est un sujet de recherche très étudié mais leur application dans le quotidien reste très limitée. De manière pratique, les SMERs s’appuient souvent sur un réseau de capteurs permettant d’obtenir des mesures individuelles d’appareil, afin d’identifier les comportements de consommation ; les durées, les préférences horaires ou aussi l’énergie consommée. Cependant, on peut s’interroger sur la complexité d’installation de réseaux de capteur, la gestion des données, ou aussi sur le coût potentiellement important. La désagrégation non-intrusive (ou NILM en anglais) est le procédé qui consiste à séparer une mesure générale en signaux d’appareils à l’aide d’algorithmes. Le but premier du NILM est de réduire les coûts associés à l’installation et à la maintenance du réseau de capteurs car le NILM n’a besoin que d’un seul point de mesure placé au niveau du compteur général. A noter que tout au long du manuscrit, seules des simulations de NILM à basse fréquence d’échantillonnage (1 donnée par minute) sont réalisées. Les méthodes utilisant des modèles d’apprentissage profond sont les plus prometteuses, en raison de leurs très bonnes performances. Dans ce travail, nous expérimentons ce type de modèle et nous constatons l’importance de la diversité des données dans la base d’apprentissage de ces modèles. En même temps, la littérature associée souligne le manque de données publiées et fiables, pour avoir une solution de NILM généralisée, c’est-à-dire efficace pour n’importe quelle maison et pour n’importe quelle saison. Ce travail propose une nouvelle méthode d’augmentation de données dans le but d’enrichir les bases d'apprentissage, et de se rapprocher de cet objectif de généralisation. La méthode est rigoureusement expérimentée et son apport sur la performance des modèles est démontré. La nouvelle technique d’augmentation de données est ajoutée à l’outil NILMTK, un célèbre outil « open source » dédié à l’évaluation et la comparaison de méthodes de NILM. Enfin, ce travail de thèse accorde une importance particulière à l’application de ces modèles de NILM en proposant d’évaluer quantitativement l’apport du NILM à un SMER. Le cas d’étude consiste à appliquer une planification de charge à des maisons réelles tirées de données publiques. On se propose d’intégrer un modèle de NILM dans un SMER. Les planifications produites par le SMER avec un NILM intégré, se montrent plus adaptées aux usages habituels de chaque foyer, par conséquent l’ajout de cette méthode permettrait une meilleure acceptabilité des SMER. En résumé, ce travail apporte deux contributions originales majeures. Premièrement le développement d’une méthode d’augmentation de données pour aider à la généralisation des modèles de NILM. En deuxième lieu, la thèse propose une approche originale pour évaluer quantitativement la contribution du NILM aux SMER.

L’objectif de mon travail de thèse a été de caractériser les interactions entre deux flavivirus d’importance, les virus de la Dengue (DENV) et Zika (ZIKV), et leur hôte humain. Le premier représente la plus grande menace à l’échelle mondiale avec plus de 390 millions de cas par an et 2 milliards de personnes potentiellement à risque. Alors que l’autre a, depuis quelques années, une croissance effrayante passant de quelques cas sporadiques répertoriés au siècle dernier, à des épidémies de plus grande ampleur dans le Pacifique et en Amérique du Sud entre 2007 et 2015. Si la majorité des cas d’infection par ces virus sont asymptomatiques voire paucisymptomatiques, avec surtout un syndrome pseudo-grippal (éruptions cutanées, fièvre, arthralgie), ce qui inquiète c’est la part fine mais non négligeable de cas graves pouvant être retrouvés, et pouvant à terme saturer les systèmes de soin, comme ça a été le cas pendant l’épidémie de COVID-19. La réponse antivirale développée par la cellule infectée est un moyen de contrôler l’infection et d’en limiter les effets délétères. Ces dernières années, la notion d’immunométabolisme a fait émerger le rôle capital que possède le métabolisme cellulaire sur l’activation des cellules immunes mais également sur le développement de programmes immuns. Ce travail aura été l’occasion de nous intéresser à l’importance du métabolisme oxydatif à la fois sur la réponse interférons et sur la réponse antioxydante, en mettant à profit un modèle in vitro, mais aussi de discuter des conséquences physiopathologiques du contrôle que le virus semble exercer sur ces réponses. J’ai ainsi pu mettre en évidence que le métabolisme glutaminergique et la phosphorylation oxydative ont une place capitale dans la mise en place d’une régulation bivalente de la réponse interférons, notamment en contexte d’infection par ZIKV et DENV. Cependant, le métabolisme oxydatif mal régulé pourrait être la source d’effets délétères lors de l’infection, comme nous l’avons montré pour ZIKV, via la formation d’agrégats intracellulaires, concomitants à une diminution des capacités antioxydantes cellulaires.

L’urgence climatique fait appel à la nécessité d’une transition énergétique axée sur la décarbonation. Pour les pays insulaires en voie de développement comme Madagascar, cette transition doit aussi être en accord avec leur volonté d’émergence économique qui passe par une sécurisation de la production électrique pour assurer le développement d’activités pérennes. Cette thèse se propose donc d’étudier dans quelles mesures la transition énergétique peut accompagner le développement économique durable de Madagascar. Le premier enjeu de la thèse est d’aspect méthodologique. Spécialement conçu pour les problématiques des territoires isolés et des pays en voie de développement, son aspect novateur est l’intégration des différentes contraintes socio-économiques, politiques et environnementaux ainsi que l’analyse spatiale à l’élaboration et l’optimisation des scénarios. Le second enjeu est de type stratégique : proposer différentes visions et stratégies pour réussir la transition énergétique des pays en voie de développement. Le vecteur énergétique étudié est l’électricité. Les méthodes sont conçues de façon à pouvoir être réplicables. L’approche utilisée est la prospective : une analyse rétrospective est donc effectuée en amont pour comprendre le territoire et construire des scénarios plausibles. Pour cela, un diagnostic de l’interaction entre le système électrique de Madagascar avec les phénomènes socio-politiques, économiques et les contraintes environnementales est mené grâce à des nouvelles méthodes conçues en combinant les méthodes de décomposition, à l’analyse de sensibilité et la régression linéaire et aux méthodes de classification pour identifier et quantifier les variables clés pour ainsi établir les scénarios de consommation en électricité. Cette méthode nous permet parallèlement de traduire quantitativement une ambition politique de développement économique donnée. Dans un scénario de développement industriel, la consommation d’électricité de Madagascar serait de 22952 GWh pour l’année 2050. Le système énergétique de Madagascar est ensuite modélisé dans un modèle basé sur l’optimisation linéaire pour les scénarios de production. Les scénarios obtenus nous donnent le cap à atteindre pour l'évolution de la production électrique en accord avec les ambitions du pays. Cependant, Madagascar est composé de 22 régions qui présentent des géographies, défis et des opportunités spécifiques. La dynamique qu'il peut y avoir entre cette disparité et la consommation en électricité a été analysée par une analyse spatiale basée sur l'autocorrelation spatiale et la décomposition LMDI. Les résultats soulignent la nécessité pour Madagascar d'adopter une planification énergétique régionalisée : une stratégie énergétique qui répond aux potentialités et aux besoins particuliers de chaque région est impérative. Le cap à atteindre défini à l'échelle nationale a donc été décliné à l'échelle régionale. Chacune des 22 régions de Madagascar a été modélisée sous OSeMOSYS. Une comparaison entre l'étude à l'échelle nationale et celle à l'échelle régionale met en évidence la différence entre le mix électrique pour les deux niveaux d'étude. Enfin, des analyses comparatives des scénarios établis, aussi bien à l'échelle nationale que régionale, conduisent à des propositions de stratégies qui pourront servir de guides pour les acteurs de l’énergie. D’une façon globale, pour répondre aux objectifs d’augmentation du taux d’électrification et de la production, une possibilité est d’augmenter significativement la part des centrales hydrauliques et solaires dans le mix électrique, encourager l’utilisation de système autonome à base de biomasse dans les zones isolées et à faible potentiel hydraulique. Aussi, au regard des effets négatifs des instabilités politiques sur le système électrique, Madagascar doit être très attentif au maintien d'un climat politique sûr et stable pour stabiliser sa croissance économique et sa transition énergétique.

Le cancer du poumon représente est le plus meurtrier des cancers. Parmi les outils thérapeutiques, la radiothérapie est préconisée dans 60% des cas. Elle utilise des rayonnements ionisants afin de détruire les cellules tumorales mais comporte des limites relatives à la localisation, l’hétérogénéité ou la radiorésistance de la tumeur. La recherche de nouveaux outils pouvant compléter et améliorer les effets de la radiothérapie constitue un enjeu scientifique et médical majeur. A ce titre, un intérêt est porté sur les radiosensibilisants et particulièrement les nanoparticules métalliques, qui sont capables de potentialiser les effets des rayonnements ionisants et d’ainsi augmenter la mort des cellules tumorales. L’objectif du travail de thèse était d’évaluer dans un premier temps, les effets radiosensibilisants de nouvelles nanoparticules « vertes » constituées d’une enveloppe d’or et d’un cœur de magnétite (Fe3O4@Au), sur la viabilité, des marqueurs redox, inflammatoires ainsi que les dommages à l’ADN de cellules épithéliales de carcinome pulmonaire humain (A549 Dual). De plus, le potentiel de cellules souches mésenchymateuses périvasculaires pulmonaires humaines (HpMSCs) en tant que vecteurs pour les nanoparticules Fe3O4@Au a été étudié, en raison du tropisme de ces cellules pour les sites tumoraux. Des marqueurs de la viabilité, de la mort cellulaire, du stress oxydant, de la réponse inflammatoire ainsi que des facteurs pro-tumoraux (PI3K, AMPK, PDGF, VEGF) ont été mesuré. Pour ce faire, deux modèles ont été mis en place. Un premier modèle de cellules A549 Dual incubées avec différentes concentrations de nanoparticules, pendant différents temps d’incubation et combinées à différentes doses d’irradiation, et un second modèle basé sur l’effet-dose et temps des nanoparticules sur des marqueurs de fonctionnalité de HpMSCs primaires. Nos résultats ont montré dans un premier temps, que les nanoparticules étaient bien internalisées dans le cytoplasme des cellules A549 Dual. Ensuite, il a été constaté que les nanoparticules (100 µg/mL) couplées à l’irradiation, induisaient l’amplification de la dérégulation du statut redox des cellules A549 Dual induite par les rayonnements ionisants, avec une augmentation des niveaux de ROS et une modulation de l’expression de marqueurs redox (Nox2, Nox4, SOD1, SOD2, catalase, GPx et Nrf2). Cette potentialisation du stress oxydant s’accompagnait d’une amplification de l’expression et de la sécrétion de TNF-α, IL-1β, IL-6, CXCL8 et CCL5 en présence des nanoparticules et post-irradiation. Le stress oxydant et la réponse pro-inflammatoire étaient associés à une augmentation de l’apoptose et de la nécrose et une baisse de la prolifération. Nos résultats ont également démontré que les nanoparticules (100 µg/mL) internalisées dans les HpMSCs, n’induisaient pas de modulations de la viabilité cellulaire ou de l’apoptose et de la nécrose mais causaient une augmentation du stress oxydant via une surproduction de ROS et une baisse de la réponse inflammatoire. De manière importante, aucun des marqueurs pro-tumoraux n’était surexprimé en présence des nanoparticules et la sécrétion du facteur pro-angiogénique VEGF, était diminuée. Ce travail de thèse a mis en évidence la captation des nanoparticules Fe3O4@Au par les cellules A549 et les effets radiosensibilisants des nanoparticules. Ces dernières ont potentialisé les effets des rayonnements ionisants et ont favorisé une baisse de la prolifération et une augmentation de la mort des cellules tumorales. De manière intéressante, nous avons également observé que les HpMSCs internalisaient également les nanoparticules Fe3O4@Au et que cela n’induisait pas de modulations de la viabilité cellulaire ou de régulation de l’expression de marqueurs pro-tumoraux. Les HpMSCs pourraient donc véhiculer sur site tumoral, les nanoparticules Fe3O4@Au qui pourraient à leur tour, potentialiser les effets de l’irradiation au cœur de la tumeur.

La menace de la résistance aux antibiotiques est une menace mondiale et Maurice, un pays situé dans le sud-ouest de l'océan Indien, n'a pas été épargné. Afin de comprendre les facteurs contribuant au taux élevé de résistance dans le pays, cette thèse met en lumière la consommation, l'utilisation et la résistance aux antibiotiques en déterminant : 1) la répartition de la consommation d'antibiotiques dans les divers secteurs, 2) le schéma de consommation et d'utilisation des antibiotiques, 3) la prévalence des organismes multi-résistants (MR) et carbapénèmes résistants dans les établissements de santé de Maurice. La consommation d'antibiotiques en kilogrammes, les doses quotidiennes définies sont explorées ainsi que la sensibilité d'Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa. De plus, une étude de prévalence ponctuelle explore l'utilisation des antibiotiques dans les hôpitaux. Il est observé, contrairement à la tendance mondiale, que la consommation d'antibiotiques dans les établissements de santé humaine à Maurice (11 500 kg en 2017) joue un rôle plus significatif dans la pression de sélection, par opposition au secteur animal (700 kg en 2017). De plus, la dose quotidienne définie pour 1000 habitants par jour (DID) d'antibiotiques (21,7 DID en 2017), y compris les carbapénèmes (0,02 DID en 2017), n'est pas significativement élevée par rapport à d'autres pays africains et européens. Une autre découverte notable est la consommation substantielle d'antibiotiques du groupe WATCH dans le secteur privé. En ce qui concerne l'utilisation des antibiotiques dans les établissements hospitaliers, il est observé qu'une proportion significative (33-48 %) des patients recevaient des antibiotiques pour prophylaxie chirurgicale, et plus de 60 % d'entre eux ont reçu plusieurs doses d'antibiotiques sur plusieurs jours, contrairement aux directives recommandées par l'Organisation mondiale de la santé (OMS). De plus, environ 75 % de toutes les prescriptions d'antibiotiques étaient constituées de céphalosporines de troisième génération, amoxicilline, métronidazole et ciprofloxacine. Un autre point important est le faible pourcentage (16 %) de tests de sensibilité aux antimicrobiens réalisés avant la prescription d'antibiotiques. Il convient de noter que les données sur la consommation et l'utilisation des antibiotiques sont présentées pour la première fois à Maurice. Les données sur la résistance aux antibiotiques montrent une diminution de la sensibilité d'Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa aux antibiotiques WATCH et RESERVE de 2015 à 2023. La sensibilité de ces bactéries au méropénem a diminué de 2015 à 2023, passant respectivement de 98 % à 94 %, de 83 % à 53 %, de 45 % à 28 % et de 63 % à 47 %. De plus, la proportion de pathogènes multi-résistants (MDR) à Maurice est particulièrement préoccupante. En 2017, la proportion de Klebsiella MR était de 46 % à Maurice, contre 15,5 % en Europe, selon le rapport 2017 du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Au cours de la même année, la proportion de E. coli et de Pseudomonas aeruginosa MR était respectivement de 41 % et 27 % à Maurice, tandis que la proportion était de 7,3 % et 4 % respectivement en Europe. Cette thèse met en évidence des informations importantes et identifie les lacunes à combler dans les efforts du pays pour lutter contre la résistance aux antibiotiques. Ces résultats fournissent des informations sur le mésusage des antibiotiques et la diminution de la sensibilité aux antibiotiques, ce qui peut contribuer à l'élaboration d'un programme de gestion des antibiotiques. De plus, Maurice doit adopter une approche "One Health". Elle offre des perspectives significatives, spécifiques au contexte local de Maurice, qui devraient être intégrées dans le Plan d'action national sur la résistance aux antimicrobiens 2024-2029.

Cette thèse visait à entreprendre une exploration physiopathologique des variables musculaires cervicales interagissant avec la symptomatologie des cervicalgies chroniques non spécifiques, dans le but d'apporter des éclairages précieux sur les mécanismes physiopathologiques sous-jacents et la genèse des symptômes chez les patients concernés. L’objectif sous-jacent était de fournir des preuves substantielles pour mieux comprendre les mécanismes d’adaptation musculaire cervicale dans les cervicalgies chroniques non spécifiques, afin d'améliorer les protocoles de soins pour ces patients. Ainsi, cette thèse a entrepris quatre études clés chez des individus atteints de cervicalgie chronique non spécifique. Les résultats ont montré une corrélation modérée entre le score d'incapacité fonctionnelle des sujets souffrant de cervicalgie non spécifique et le pourcentage de volume de graisse dans le muscle multifidus, ainsi qu'avec le volume musculaire maigre de ce même muscle. De plus, la dégénérescence discale intervertébrale cervicale a été identifiée comme un facteur clé dans l'induction de l'infiltration graisseuse intramusculaire des muscles multifidus et longus colli. Dans une dernière étude, il a été démontré que des programmes de renforcement musculaire cervical spécifiques à basse et haute intensité se sont révélés efficaces sur la symptomatologie des individus, entraînant des adaptations différentes de la morphométrie et de la composition graisseuse intramusculaire des muscles profonds cervicaux. Il est apparu que la graisse intramusculaire dans les muscles cervicaux semi-épineux et multifides (combinés) semble être réversible chez les patients souffrant de cervicalgie chronique non spécifique après un entraînement en résistance cervicale à haute intensité. Les programmes d'exercices devraient initialement, à basse intensité, viser le recrutement spécifique des muscles profonds cervicaux tels que le multifidus, dans le but de restaurer l'activation musculaire et la trophicité musculaire. Ensuite, la transition vers un programme à plus haute intensité permettrait de réduire l'infiltration graisseuse intramusculaire cervicale du multifidus. Ces découvertes ouvrent la voie à une approche plus personnalisée et ciblée pour le traitement des patients souffrant de douleurs cervicales non spécifiques, offrant ainsi des perspectives prometteuses pour l'amélioration de leur qualité de vie.

La simplification des milieux par l’agriculture ou l’introduction d’espèces exotiques envahissantes dans de nouveaux environnements, modifient la composition et la dynamique des communautés végétales et par extension les phytovirus qu’elles hébergent. Ainsi, malgré la difficulté apparente d’analyser l’intégralité des facteurs influençant la richesse et la structure des communautés virales, nous avons choisi d’aborder ces questions par le prisme des hôtes à l’échelle de La Réunion. Tout d'abord nous avons élaboré et évalué une approche métagénomique basée sur le séquençage haut débit, dédiée à la détection de virus à ADN circulaire par l’utilisation combinée de la RCA et du séquençage long reads sur MinION. La comparaison des résultats à ceux obtenus par une méthode classique de clonage-séquençage Sanger a permis de valider la qualité des génomes viraux assemblés et l’utilisation de ce protocole pour l’exploration et la caractérisation des génomes de virus à ADN circulaire. L’utilisation du protocole RCA-MinION sur 273 pools de 61 espèces de Poales échantillonnés sur trois types d’écosystèmes différemment anthropisés (agro-écosystèmes, prairies littorales et altimontaines) a permis d’identifier 92 génomes de virus à ADNsb circulaire. Parmi eux, le génome d’un virus chimérique issu de la recombinaison entre un géminivirus et un alphasatellite s’est distingué. Au-delà de démontrer une nouvelle fois la grande variabilité et le fort potentiel d’évolution des virus du phylum Cressdnaviricota, la caractérisation du génome de ce virus et l’étude de sa biologie nous éclairent sur le rôle du multipartisme et de la synergie virale inter-espèces dans l’adaptation à l’hôte. Par ailleurs, douze espèces du genre Mastrevirus, nouvellement décrites ou non, un génome défectif et un alphasatellite ont été caractérisés moléculairement. Les mastrévirus ont été identifiés en majorité sur des Poaceae annuelles exotiques échantillonnées dans les agro-écosystèmes. L’analyse globale du réseau d’interactions plantes-virus a révélé une corrélation positive entre la richesse en hôtes et en mastrévirus, compatible avec un effet d’amplification. Avec l’absence d’une communauté virale résidente à La Réunion, nous avons mis en lumière une association entre les mastrévirus et les plantes exotiques inféodées aux milieux agricoles, suggérant que l’origine de ces virus sur l’île est intimement liée à l’introduction de matériel végétal infecté depuis le continent Africain. Enfin, nous avons étendu ces analyses à l'ensemble des phytovirus décrits sur des espèces herbacées non cultivées indigènes et exotiques pour la fraction des sites présentant les contrastes les plus forts dans leurs degrés d’invasion végétale. Grâce à la combinaison de deux approches métagénomiques généralistes, nous avons détecté 28 genres de 18 familles de phytovirus parmi lesquelles, 45% semblent appartenir à des espèces virales jamais décrites. Globalement, les plantes indigènes présentent une plus grande richesse virale que les exotiques, compatible avec l’hypothèse du relâchement de la pression parasitaire lors des évènements d’introduction. De plus, certains virus connus comme responsables de maladies d’importance économique ont été détectés sur des hôtes exotiques collectés dans les agro-écosystèmes. Comme pour les mastrévirus, ces descriptions semblent confirmer que les agro-écosystèmes représentent les portes d’entrée privilégiées de nombreux phytovirus à La Réunion. Enfin, la détection du barley yellow dwarf virus (BYDV ; famille des Tombusviridae) sur flouve odorante, Anthoxanthum odoratum (Famille Poaceae), dans les écosystèmes altimontains de La Réunion, et son absence dans les agro-écosystèmes, pourraient suggérer un phénomène de mutualisme hôte-virus et le rôle potentiel, voire essentiel, de ce virus dans le succès de l'invasion de cette plante exotique dans ces écosystèmes.

Face à une consommation fulgurante de l’énergie fossile des siècles précédents, l’ère du 21e siècle marque une prise de conscience des diverses entités scientifiques et étatiques du monde entier sur le devenir de la planète. La transition énergétique est aujourd’hui une nécessité, mais pour assurer sa réussite, les pays ne sont pas tous sur un même pied d’égalité. Les moyens pour mettre en œuvre la transition énergétique ne sont pas les mêmes pour ces sociétés et territoires, de même pour l’appropriation de l’énergie en soi. La ressource renouvelable, bien que « disponible » contrairement à la ressource fossile, ne positionne pas les territoires en situation d’égalité car leur potentiel et situations différentes génèrent une inégalité dans l’accessibilité à la ressource. Toutes ces raisons impliquent que certains territoires sont alors plus vulnérables énergétiquement que d’autres. Que ce soit au niveau de la communauté internationale, des grandes firmes industrielles, technologues, scientifiques et chercheurs, la maîtrise de la vulnérabilité énergétique suscite désormais une attention particulière et croissante. Cependant, la vulnérabilité énergétique ne trouve pas encore de définition unanime dans la littérature. C’est dans ce contexte que se positionne cette thèse en proposant une approche qui soit la plus complète possible, englobant l’ensemble des conditions d’existence du territoire en soi. Au terme de ce travail, nous disposons dorénavant de plusieurs approches pour caractériser la vulnérabilité énergétique d’un territoire. D’abord, une approche sémantique qui permet au chercheur de disposer d’un panel de théories permettant une première prise en main des termes liés à la vulnérabilité énergétique comme la vulnérabilité, la résilience, l’énergie, pour finalement rendre compte des nombreuses formes de la vulnérabilité énergétique du territoire, selon l’échelle d’application, l’enjeu et les facteurs mis en jeu. Ensuite, une approche multidimensionnelle qui se base sur la construction d’un indicateur à partir des variables qui décrivent l’état du territoire étudié, comme son taux d’accès à l’électricité, la part de l’énergie renouvelable dans son mix énergétique et bien d’autres, qui permet d’avoir une photographie du territoire à un instant t donné, et qui rend compte de son état en donnant la possibilité de faire une classification et comparaison avec d’autres territoires. Enfin, une approche qui emprunte des outils issus de la dynamique des systèmes, qui prend en compte le territoire ou l’ensemble des territoires étudiés comme un système et qui permet d’étudier la dynamique du territoire à travers l’évaluation de sa vulnérabilité énergétique. L’innovation de cette dernière approche est la méthode appliquée dans cette caractérisation dynamique qui est la mobilisation des méthodes de portrait de phase. Les résultats ont permis de démontrer que le monde actuel est en globalité dans une vulnérabilité énergétique. L’économie mondiale a fondé son équilibre autour de l’énergie fossile, la transition énergétique représente une bifurcation pour le système que forment les territoires du monde entier afin de retrouver un nouvel état d’équilibre, elle est une impérative à cause des dégradations observées liées au dérèglement climatique, mais devrait maintenant être primordiale, car c’est une réponse et un moyen pour renforcer la résilience du territoire face à la vulnérabilité énergétique. Ce travail a permis également de soulever que le comportement dynamique du territoire est définie comme étant quasi stationnaire, excluant l’hypothèse d’une dynamique chaotique : les changements observés à l’échelle d’un territoire sont très lents et ne sont palpables qu’au-delà d’une période plus grande, bien supérieur à 20 ans, la période maximale qui a été la base de ce travail.

Le virus Zika (ZIKV) et le virus de la Dengue (DENV) sont des arbovirus majeurs en termes de santé publique. Appartenant au genre flavivirus (famille Flaviviridae), ZIKV et DENV sont principalement transmis par les moustiques du genre Aedes. Au cours des 30 dernières années, l'émergence des flavivirus n’a fait que croître avec une augmentation de répartition géographique, en particulier dans les régions tropicales et subtropicales de la planète. ZIKV se distingue en deux lignées principales, asiatique et africaine, qui présentent une pathogenèse et des réponses moléculaires distinctes. La lignée asiatique contenant pratiquement toutes les souches ayant provoqué des émergences épidémiques. DENV est classé en plusieurs génotypes et en quatre sérotypes antigéniquement distincts : DENV-1, DENV-2, DENV-3 et DENV-4. Les épidémies récentes de dengue ayant lieu dans les régions tropicales étant principalement associées au sérotype DENV-2 et à la distribution géographique croissante du génotype Cosmopolitan. Au cours de la dernière décennie, les territoires du sud-ouest de l'océan Indien (SOOI) ont connu des épidémies fulgurantes de dengue, avec plusieurs dizaines de milliers de cas d’infection signalés à l'île de La Réunion entre 2018 et 2023. La présence de moustiques vecteurs et de conditions environnementales favorables serait propice à l’endémicité de DENV et une potentielle introduction de ZIKV sur l’île de La Réunion. Devant ce constat, l’UMR PIMIT a lancé plusieurs programmes de recherche portant sur l’étude des protéines virales connues pour leur rôle dans le pouvoir pathogène des flavivirus DENV et ZIKV. Dans le cadre de ma thèse, mes travaux se sont focalisés sur l’étude des protéines structurales de membrane (prM/M) et d’enveloppe (E) de ces virus, qui sont connues pour être essentielles d’une part dans la structuration de la particule virale et son infectiosité, et d’autre part dans les interactions hôte-pathogène et l’activation de la réponse immunitaire. L'analyse moléculaire des souches asiatiques et africaines de ZIKV, nous a permis d'identifier la substitution de trois résidus aux positions E-152, E-156 et E-158 dans la boucle de glycosylation (GL) de la protéine E. Mes travaux ont démontré le rôle majeur des résidus E-152/156/158 dans la réactivité antigénique de la GL de ZIKV, leur substitution entraînant une perte du motif de glycosylation et des changements conformationnels perturbant la reconnaissance de la protéine E par des anticorps neutralisants. La protéine prM/M des flavivirus qui sert de chaperon pour le bon repliement de la protéine E, semble être le support de déterminants viraux associés à la pathogénicité des flavivirus. L’ectodomaine de la protéine M contient un peptide pro-apoptotique que nous avons nommé ZAMP chez ZIKV, et D2AMP chez DENV-2. Nous avons démontré pour la première fois à notre connaissance qu’une activité pro-apoptotique était associée aux peptides, ZAMP et D2AMP, tout en démontrant le rôle important des résidus M-33/35/38 dans cette activité pro-apoptotique. Par ailleurs, une grande partie de mes travaux s’est concentrée sur la caractérisation des protéines prM et E des souches virales DENV-2 du génotype Cosmopolitan retrouvées dans la région SOOI. Nous avons démontré que la nature du résidu en position M-36 de la protéine M impact le comportement biologique des protéines prM/M et E. Nos résultats révèlent que la substitution d’un résidu Ile en Val à la position M-36 affecte l’expression et la cytotoxicité de la glycoprotéine E exprimée comme un complexe prME et la capacité de l’oligopeptide D2AMP à activer la voie apoptotique. L’ensemble de mes travaux de thèse apportent de nouvelles connaissances sur les caractéristiques biologiques des protéines structurales prM et E, qui permettront de mieux comprendre le pouvoir pathogène des flavivirus ZIKV et DENV.

La proprotéine convertase subtilisine/kexine type 9 (PCSK9), connue à l'origine sous le nom de neural apoptosis-regulated convertase 1 (NARC-1), a été identifiée pour la première fois dans les neurones cérébelleux en cours d'apoptose. PCSK9 est principalement synthétisée et sécrétée par les cellules hépatiques où son rôle est de promouvoir la dégradation du récepteur des lipoprotéines de faible densité (LDLR), augmentant ainsi les niveaux de LDL-cholestérol (LDL-C) circulant essentiel pour de nombreux processus cellulaires. Il existe également des preuves qui relient PCSK9 à la différenciation neuronale, l’apoptose et à l'inflammation neuronale dans le système nerveux central. Cependant, les connaissances sur son rôle potentiel dans le système nerveux périphérique (SNP) sont limitées. Compte tenu de l'importance de l'homéostasie lipidique dans les nerfs périphériques, du rôle significatif de PCSK9 dans le métabolisme lipidique et de l'expression de ses récepteurs cibles dans le SNP, notre objectif était d'étudier le rôle potentiel de la PCSK9 dans ce tissu. Nous avons observé, pour la première fois, que PCSK9 est exprimée dans les neurones sensoriels et les cellules de Schwann (SCs) chez la souris et que sa perte de fonction entraîne des déficits de la perception de la sensation de douleur associés à des changements structurels et physiologiques dans les nerfs périphériques. Sur le plan mécanistique, nous avons pu montrer que la déficience en PCSK9 entraîne une dérégulation de certains de ses récepteurs cibles, ainsi qu’à une augmentation de la concentration en lipides et des anomalies mitochondriales au niveau des nerfs. Nos résultats suggèrent que PCSK9 pourrait jouer un rôle critique dans la régulation du métabolisme des lipides dans le SNP et que son déficit pourrait conduire au développement d'une neuropathie périphérique. Les résultats de cette étude ont des implications significatives en termes de la compréhension du rôle physiopathologique de PCSK9 et de ses récepteurs cibles dans la fonction biologique des cellules nerveuses et gliales du SNP. Les résultats de ce projet contribueront à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires menant à une altération de la physiologie nerveuse au cours de la dyslipidémie, ainsi qu'à l'identification de nouveaux biomarqueurs pour la détection précoce de la neuropathie périphérique en clinique.

Ali Jaafar a participé à la finale régionale du concours Ma thèse en 180 secondes en 2020.

Retrouvez sa prestation lors de ce concours.

En condition physiologique, les cellules souches mésenchymateuses (CSM) synoviales assurent le maintien et l’intégrité de la membrane synoviale. De manière plus générale, les CSM participent à la régulation immune dans le tissu synovial. Dans le cadre de l’arthrite chronique, l’activation des CSM synoviales par des signaux de danger mène à une surproduction de molécules pro-inflammatoires, pro-angiogéniques, pro-ostéoclastiques et d’enzymes dégradant le cartilage. Les CSM synoviales sont donc des acteurs de l’inflammation et de la destruction articulaire. L’acquisition du phénotype pathogénique des CSM synoviales serait due à une reprogrammation épigénétique de ces cellules médiée, entre autres, par les mi-ARNs. Des récepteurs membranaires tels que CD248 seraient également impliqués dans ce processus. L’objectif de ces travaux de thèse était de déterminer la régulation épigénétique et immune des CSM synoviales dans l’arthrite chronique. Ces travaux de thèse ce sont axés autour de deux types d’arthrite chronique : la polyarthrite rhumatoïde (PR) et l’arthrite chronique post-alphavirus arthritogène. Au sein de l’articulation synoviale, il existe différentes sous-populations de CSM synoviales. Nous avons démontré que notre modèle cellulaire de CSM synoviales commerciales était proche des CSM synoviales périvasculaires CD90+CD248+PDPN+. Les mécanismes par lesquels les CSM synoviales acquièrent leur phénotype pathogénique sont encore mal déterminés. Par conséquent, nous avons étudié la régulation immune des CSM synoviales périvasculaires dans la PR. Notre détection d’une forme soluble de CD248, provenant certainement du clivage de sa forme membranaire, conforte de précédentes observations selon lesquelles la perte de la forme membranaire de CD248 confèrerait des fonctions invasives et pro-inflammatoires aux CSM synoviales. Concernant la régulation épigénétique des CSM synoviales périvasculaires, nos résultats ont révélé que miR-146a-5p et miR-221-3p sont exprimés par ces cellules et surexprimés dans le plasma de patients atteints de PR. Nos données ont permis également de souligner que ces deux mi-ARNs favorisent l’inflammation. Dans l’arthrite chronique post-alphavirus arthritogène, la persistance des alphavirus arthritogènes au sein de l’articulation induisent une inflammation chronique. Les mécanismes par lesquels ces alphavirus échappent au système immunitaire restent mal connus. Nous avons montré qu’en présence d’un environnement pro-inflammatoire, l’infection par le virus O’Nyong Nyong (alphavirus arthritogène) augmentait l’expression d’immunorégulateurs tels que IDO et TSG6, impliqués dans la tolérance immune et la résolution de l’inflammation. L’infection par le virus O’Nyong Nyong diminuait également l’expression de mi-ARNs pro-inflammatoires (miR-146a-5p et miR-221-3p). Ces résultats suggèrent que les alphavirus arthritogènes pourraient persister au sein des articulations en modulant la capacité immunorégulatrices CSM synoviales périvasculaires. L’ensemble de ces résultats indique que les CSM synoviales périvasculaires sont un acteur majeur de l’inflammation synoviale. L’étape suivante consistera à identifier de nouvelles voies de signalisations impliquées dans l’arthrite chronique (exemple KLF4, NGF). Mots-clés : cellules souches mésenchymateuses synoviales, arthrite chronique, inflammation, immunorégulateurs, mi-ARNs, persistance virale.

Les cellules stromales mésenchymateuses (MSC) sont des cellules pluripotentes, de localisation périvasculaire et périnerveuse, présentes dans la majorité des tissus à un stade quiescent à l’âge adulte. Les données scientifiques récentes ont montré un rôle clé de ces cellules au sein de la réaction inflammatoire grâce à leurs propriétés multiples. En effet, en réponse à une agression tissulaire, l’activation des MSC participe à la réparation tissulaire grâce aux fonctions immunomodulatrices, trophiques et de différenciation de ces cellules polyvalentes. En contexte pathologique, et notamment dans l’inflammation chronique, les MSC participent à la constitution de la fibrose et dans le cadre du cancer, à la progression tumorale, par leur capacité à se différencier en myofibroblastes et fibroblastes associés au cancer, respectivement. Ce travail doctoral a pour objectif d’étudier les mécanismes impliqués entre ces différents stades d’activation et de différenciation des MSC dans plusieurs contextes pathologiques. Il s’appuie notamment sur la caractérisation de l’expression de CD248, exprimé par les MSC, dans un contexte auto-immun (la polyarthrite rhumatoïde) et tumoral (le cancer colo-rectal). De plus, il évalue le rôle de l’anaphylatoxine C3a (et son récepteur, C3aR) du système du complément dans la communication des MSC avec les cellules du micro-environnement tumoral, et notamment dans le glioblastome. Aussi, ce travail discute la capacité des MSC à se transformer en cellules tumorales dans le contexte du glioblastome. Les résultats obtenus argumentent un rôle essentiel des MSC dans les maladies chroniques et décrivent des mécanismes complexes impliquant CD248 dans la régulation et l’activation des MSC et l’axe C3a/C3aR dans la communication avec le micro-environnement tumoral. Ainsi, ces résultats permettent une meilleure compréhension de la pathogénèse des maladies chroniques, y compris le cancer et ouvrent d’importantes perspectives de recherche fondamentale, clinique et thérapeutique dans ces maladies souvent considérées comme irréversibles.

L'ananas (Ananas comosus, cultivar 'Queen Victoria') est la première culture fruitière de La Réunion et son principal produit d’exportation. La maladie du dépérissement de l’ananas ou mealybug wilt disease of pineapple (MWD), communément appelée 'wilt', affecte les plantations réunionnaises depuis 2014. Elle est présente dans l’ensemble des zones de culture d’ananas dans le monde, et entraîne des baisses de rendement pouvant atteindre 80%. La maladie se manifeste notamment par des symptômes foliaires de rougissement, jaunissement, flétrissement, dessèchement et incurvation. Elle aurait une origine multifactorielle impliquant un complexe de différents virus dont des ampelovirus, les pineapple mealybug wilt-associated virus (PMWaV), et des badnavirus, les pineapple bacilliform virus (PBV). Le rôle précis de ces virus dans l’étiologie de la MWD reste néanmoins mal compris. Dans ce contexte, nous avons tout d’abord conduit une enquête de terrain à La Réunion, qui a permis une analyse détaillée des symptômes et de la prévalence des virus présumés être impliqués dans la MWD (PMWaV1, PMWaV2, PMWaV3 PBCOV et PBERV). Elle a montré que la majorité des plants (93%) étaient infectés par au moins un de ces cinq virus et que les co-infections par au moins deux de ces virus étaient fréquentes (76%). Les PMWaV1, PMWaV2 et PMWaV3 semblaient contribuer à l'aggravation des symptômes, notamment dans les cas de co-infection. L’intervention d’autres facteurs biotiques et abiotiques confirment que la MWD aurait une origine multifactorielle complexe permettant de la requalifier en syndrome. L’analyse comparative de parcelles d’ananas issues de rejets traditionnel ou de vitroplants (VP) pendant plusieurs cycles de production a montré que les ananas issus de VP présentent en moyenne un faible taux d'infection par le PMWaV1 et le PMWaV3 au cours du temps, et suggère que leur utilisation permet d’améliorer l’état sanitaire des cultures d’ananas et de limiter l’impact de la MWD à La Réunion. La deuxième partie de cette thèse a porté sur l’évaluation de cinq approches de séquençage haut débit (HTS) de deuxième et troisième génération pour le diagnostic des virus infectant l’ananas. Cette étude a montré que la combinaison d’une approche short reads (séquençage Illumina à partir d’ARN total ribodéplété) et d’une approche long reads (séquençage Nanopore MinION à partir d’ARN total) permettait la détection simultanée et l’assemblage de neuf génomes complets ou quasi complets de virus appartenant aux genres Ampelovirus (Closteroviridae), Badnavirus (Caulimoviridae), Sadwavirus (Secoviridae) et Vitivirus (Betaflexiviridae). Ces résultats soulignent l’intérêt des approches combinées de HTS pour la caractérisation de la diversité phytovirale et l’indexation virologique à des fins d’évaluation de l’état sanitaire des cultures d'ananas.

Les récifs coralliens sont des écosystèmes d'une complexité exceptionnelle, abritant une biodiversité élevée et fournissant des ressources essentielles à la population humaine. En raison de la pression croissante du changement climatique et des facteurs de stress locaux, ces écosystèmes font actuellement face à un déclin des coraux, ainsi qu'à une diminution de l'abondance et de la biodiversité des organismes qui y sont associés. L'augmentation de la fréquence et de l'intensité de ces facteurs de dégradation, laissant des délais de récupération de plus en plus courts, implique de mieux comprendre la résilience des récifs coralliens. Dans cette thèse, nous avons examiné les processus clés impliqués dans la structuration, la dynamique et la résilience des communautés de coraux dans la région de Toliara, au sud-ouest de Madagascar. Plus précisément, nous avons étudié les stratégies de reproduction, les caractéristiques du recrutement et les mécanismes de régulation des assemblages coralliens. Ces informations permettront de proposer des mesures de gestion et de conservation efficaces. Nos résultats montrent que les conditions climatiques et environnementales locales favorisent des événements de ponte synchronisée chez les Acropora de la région de Toliara. En revanche, ces événements de ponte n'ont pas pu être observés chez Galaxea fascicularis et Platygyra daedalea. Ces résultats sont cohérents avec le fort recrutement et la dominance des Acroporidae et des Pocilloporidae dans les assemblages de recrues, de juvéniles et d'adultes. Les communautés de coraux dans la région de Toliara présentent une forte variabilité entre les habitats, les stations et les années de suivi. Cette variabilité spatiale et interannuelle se manifeste dans le recouvrement benthique, la richesse spécifique, la densité des colonies (recrues, juvéniles et adultes) et la taille des colonies. Les analyses de corrélation entre les trois stades de vie indiquent une relation de type « stock-recrutement » pour les Acroporidae, tandis que les Poritidae sont plutôt régulés par une relation de type « limitation par le recrutement ». Chez les Pocilloporidae, les populations semblent régulées par les deux types de relations. Les différences de processus de régulation entre les taxons coralliens mises en évidence dans notre étude suggèrent la mise en œuvre d'actions de conservation qui bénéficient à tous les stades de vie. Par exemple, le maintien de la biomasse de poissons herbivores et d'invertébrés pour contrôler la biomasse d'algues peut favoriser le recrutement des coraux et diminuer la mortalité des juvéniles et des adultes. Nos résultats suggèrent également que les sites situés sur la pente externe et sur les massifs coralliens lagonaires, qui présentent des taux de recrutement élevés, et une forte richesse spécifique, abondance et couverture corallienne, constituent des sites de conservation à privilégier.

Les propriétés bénéfiques des lipoprotéines de haute densité (HDL) sont bien reconnues pour contrer les maladies cardiovasculaires. De nombreuses études cliniques montrent en effet qu’un faible taux plasmatique d’HDL est associé à un développement accru de l’athérosclérose et des complications vasculaires associées. Les HDL présentent de nombreuses fonctions protectrices comme le transport inverse du cholestérol depuis les tissus périphériques vers le foie et aussi des propriétés antioxydantes et anti-inflammatoires. Les fonctions protectrices multiples des HDL semblent portées par la protéine majeure, l'ApoA-I. Les HDL, via leur ApoA-I, constituent de véritables nanoparticules naturelles ayant la capacité à transporter et vectoriser les molécules endogènes comme l’alpha-1-antitrypsine (AAT), une enzyme exerçant une activité protectrice pouvant réduire les processus inflammatoires impliqués dans de nombreuses pathologies vasculaires ou respiratoires. L’AAT exerce une inhibition de l’activité de protéases comme l’élastase, réduisant ainsi l’inflammation. L’ensemble des fonctions protectrices des HDL, ainsi que leur rôle de transport font d’elles des nano vecteurs d’intérêt pour le développement de nouvelles thérapies. L’objectif de ma thèse est de produire des HDL enrichies en AAT, et de caractériser leurs propriétés structurales et fonctionnelles d’activités anti-inflammatoires protectrices sur un modèle cellulaire et in vivo chez la souris. Aussi, grâce aux nanoparticules (rHDL) produites, mon travail a visé l’exploration de voies d'administration originales comme l'inhalation, pour le traitement des pathologies vasculaire ou pulmonaire. Pour répondre à ces objectifs, l’ApoA-I recombinante (rApoA-I) fusionnée à un tag histidine clivable a été produite au sein de la bactérie Clear coli. Après clivage du tag et purification par chromatographie d’affinité, la caractérisation de rApoA-I a été réalisée par électrophorèse SDS-PAGE, spectrométrie de masse et résonnance magnétique nucléaire. Les rHDL ont été constituées suivant le protocole au sodium cholate en combinant l’ApoA-I purifiée et caractérisée, avec de la phosphatidylcholine selon un ratio molaire 1 : 75. Les techniques de diffusion dynamique de la lumière et de microscopie électronique ont permis de déterminer une taille des rHDL d’environ 7 mm et une morphologie similaire aux pre--HDL naturelles. La caractérisation fonctionnelle sur des cellules endothéliales (EA.hy926) et épithéliales (A549) montrent une capacité d’internalisation rapide des rHDL tout en préservant la viabilité cellulaire. De plus, une diminution de l’expression de la cytokine IL-6 et de la molécule d’adhésion ICAM-1 par les EA.hy926 incubées avec les rHDL atteste de leur capacité anti-inflammatoire et de protection endothéliale. In vivo, le test de biodisponibilité effectué chez la souris C57BL/6, révèle une bonne captation des rHDL par les poumons, 6 h après leur administration par aérosolisation. L’enrichissement des nanoparticules avec de l’AAT a pu montrer que même en présence d’un enrichissement modeste des rHDL, celles-ci présentent, in vitro, des activités anti-inflammatoires et de protection de l’endothélium significatives ainsi qu’une activité anti-élastase notable. En conclusion, mes résultats montrent que les rHDL produites à partir d’ApoA-I recombinante présentent des effets protecteurs. La répartition homogène des rHDL au sein des poumons et l’absence de cytotoxicité permettent d’envisager leur utilisation dans le traitement de maladies inflammatoires pulmonaires telles que l’emphysème pulmonaire. De plus, l’enrichissement des rHDL avec l’AAT a permis de montrer que l’activité anti-élastase de l’enzyme était préservée, nécessaire à son rôle anti-inflammatoire. Ainsi, les résultats de mon travail de thèse apportent des éléments de validation importants pour la préparation et utilisation des rHDL comme nano vecteurs de composés thérapeutiques administrables par voie pulmonaire.

L’évolution du contexte énergétique mondial et la recherche de solutions d’atténuation et d’adaptation pour compenser les effets des changements globaux stimulent le recours aux ressources renouvelables. Ces sources d’énergies sont caractérisées par une forte variabilité due à leur dépendance aux conditions météorologiques et climatiques. Pour atteindre les objectifs français, et plus particulièrement réunionnais, de réduction des émissions de gaz à effet de serre, ainsi que l’amélioration de l’efficacité énergétique et l’augmentation de la part des énergies renouvelables dans le mix énergétique, l’amélioration de la connaissance de cette variabilité représente un enjeu incontournable. Dans le cas de la conversion photovoltaïque (PV) à l’échelle de La Réunion, la maîtrise de la variabilité de la production passe par le développement et la mise en place de méthodes permettant de prévoir la production sur un horizon de planification et sur l’ensemble du territoire. Ces prévisions concourent à améliorer le niveau de pénétration de l’électricité PV grâce à une meilleure gestion des centrales PV, installées ou futures, permettant d’optimiser l’intégration de cette ressource dans le mix énergétique. L’objectif de ces travaux de recherche est de contribuer à améliorer la prévision à court et moyen terme de la production PV. L’étude est basée sur une analyse statistique et un modèle de prévision de la production PV, faisant intervenir des paramètres météorologiques. Étant donnée la topographie complexe et marquée de l’île de La Réunion, un nombre important de sites, accueillant des capteurs météorologiques, disposés judicieusement sur l’ile serait indispensable pour mener à bien ces recherches. Toutefois, le coût nécessaire à une telle installation étant trop élevé, l’approche adoptée est de générer ces données météorologiques sur toute l’île à une haute résolution, de l’ordre du km², et sur plusieurs années grâce au modèle régional climatique WRF (Weather Research Forecasting). Une stratégie de sélection des variables, utilisant la causalité au sens de Granger, est développée afin de sélectionner les variables météorologiques (prédicteurs) utiles et pertinentes à l’amélioration de la prévision de la production PV. Un modèle statistique de prévision, basé la méthode de cointégration de Johansen, est proposé utilisant la corrélation entre variables météorologiques explicatives précédemment sélectionnées et production PV. Ce modèle permet d’estimer ainsi la production PV sur tout le territoire réunionnais. Un modèle spatio-temporel utilisant des réseaux de neurones récurrents à mémoire court-terme persistante (LSTM) et LSTM bi-directionnel (Bi-LSTM) est développé afin de produire des prévisions performantes sur toute l’île à trois horizons temporels susceptibles d’intéresser un gestionnaire de réseau : M+1, j+1 et h+1. Les modèles neuronaux sont confrontés au modèle de persistance et au modèle statistique SARIMA. Les méthodologies développées pourraient offrir à terme une opportunité d’assurer des garanties supplémentaires au gestionnaire du réseau. Si d'avenir des solutions de prévision performantes se généralisaient, cette opportunité pourrait permettre d’ouvrir le marché au-delà du seuil réglementaire de 35% d’énergie renouvelable imposé actuellement.

Dans le contexte du changement global, la surveillance de la biodiversité est essentielle pour détecter les facteurs de perturbation et comprendre les réponses des communautés. Les récifs coralliens font partie des écosystèmes les plus riches et diversifiés de la planète, mais également des plus menacés. Pourtant, les organismes, souvent de petite taille, vivant cachés dans les anfractuosités du récif et constituant le cryptobiome, restent très peu étudiés alors qu’ils représentent la majeure partie de la diversité récifale et un maillon fondamental du réseau trophique. Si l’évaluation de la diversité est essentielle pour une gestion efficace des écosystèmes, les méthodes traditionnelles de taxonomie, basées sur la morphologie, sont peu adaptées au cryptobiome en étant chronophages, nécessitant des connaissances spécialisées et difficilement comparables entre sites. Ces petits taxons présentent des défis supplémentaires en étant plus difficiles à trouver et à identifier. Avec le métabarcoding d'ADN, les récents progrès des techniques de séquençage à haut-débit et de la bio-informatique offrent une alternative aux méthodes traditionnelles. Cette thèse porte sur la diversité et l’écologie du cryptobiome récifal des Mascareignes (La Réunion et Rodrigues), collecté à l'aide de structures d'échantillonnage standardisées, les ARMS, et étudié par l'approche métabarcoding. Dans un premier temps, un pipeline bio-informatique adapté aux analyses métabarcoding de métazoaires a été élaboré pour évaluer les communautés dans les ARMS. Les interprétations écologiques découlant de l'approche par métabarcoding sont très dépendantes des références moléculaires disponibles. C'est pourquoi, dans un second temps, ces travaux se sont attachés à initier un référentiel moléculaire pour documenter le cryptobiome des Mascareignes, en produisant des séquences pour trois marqueurs moléculaires, le 18S, le COI et le 16S, ainsi que le mitogénome complet pour l'ensemble des téléostéens échantillonnés. Dans un troisième temps, ces travaux ont évalué la diversité du cryptobiome et sa cinétique de colonisation à travers les saisons chaudes et fraîches à La Réunion. Les taxons retrouvés correspondent aux taxons du cryptobiome observé dans d'autres régions du monde et reflète la grande diversité taxonomique observée dans les récifs coralliens. Ces travaux sont les premiers à mettre en évidence des différences significatives dans la composition des communautés en fonction de la durée d'immersion des ARMS, de la saison de déploiement et de récolte. Ces facteurs influencent en particulier les taxons sessiles tels que les ascidies, les cnidaires, les porifères et les rhodophytes. Dès lors, ces travaux démontrent la nécessité de considérer ces variations dans l'analyse des résultats et leurs comparaisons avec d'autres études, ainsi que leurs implications dans l’utilisation des ARMS en tant qu’outil de suivi. Dans un dernier temps, la méthode des ARMS couplée aux méthodes d'identification moléculaire pour évaluer la diversité et la distribution des espèces a été examinée. Un regard particulier a été porté sur les patrons de distribution des téléostéens cryptobenthiques du genre Cirripectes trouvés dans les Mascareignes. En effet, de récentes études ont découvert l'endémisme de certaines espèces du genre à des zones géographiques restreintes, malgré la distribution généralement large des espèces de blennies tropicales et subtropicales. Parmi les trois espèces collectées, deux ont montré une distribution Indo-Pacifique et la troisième un endémisme aux Mascareignes. Les travaux de cette thèse posent une base indispensable aux connaissances sur la diversité du cryptobiome récifal des Mascareignes. Ils apportent une meilleure compréhension des processus de colonisation des communautés cryptobenthiques et permettront d'améliorer l'utilisation des ARMS dans les récifs coralliens et l'emploi de méthodes de taxonomie moléculaire dans le Sud-Ouest de l'océan Indien.

Les récifs coralliens de La Réunion comptent environ 40 espèces d'holothuries dont trois (Holothuria atra, Holothuria leucospilota et Stichopus chloronotus) sont dispersées, avec des densités très élevées (> 1 ind.m²) par endroits. L'objectif de l’étude était de comprendre les facteurs génétiques, alimentaires et environnementaux à l'origine de cette distribution hétérogène dans l'espace et le temps. Des échantillons ont été collectés sur les récifs de l’Hermitage/La Saline et de l’Etang-Salé, de l'hiver 2019 à l'hiver 2021. Les individus ont été génotypés à l'aide de marqueurs microsatellites. La richesse clonale de H. atra et H. leucospilota étaient maximale (R = 1), impliquant un mode de reproduction principal de type sexué. La structure génétique des populations de H. leucospilota était homogène, probablement en raison de flux larvaires réciproques. La richesse clonale de S. chloronotus était plus faible (R = 0,24), induisant un rôle prépondérant de la reproduction asexuée pour cette espèce. Une faible connectivité a été trouvée à l'échelle intra-récifale uniquement. L’évolution spatio-temporelle de la densité, de saisons en décennies, montre que les populations d'H. leucospilota semblent désormais stables, à densités élevées, alors que celles d'H. atra et de S. chloronotus ont diminué depuis deux ans. Les variations de longueur des individus correspondaient au principal mode de reproduction identifié pour chaque espèce. Peu de corrélations ont été trouvées entre caractéristiques sédimentaires et densité des holothuries. Le taux et la vitesse d'ingestion étaient les plus élevés chez S. chloronotus, suggérant qu’elle ingère plus de sable pour se nourrir, en couvrant une plus grande surface pour satisfaire ses besoins nutritifs. Cette espèce semble donc être spécialiste alors que les deux autres peuvent être considérées plutôt comme généralistes. Les analyses de métabarcoding ont permis d'identifier plus de 28 000 ASV dans le régime alimentaire des concombres de mer. La structure du bactériobenthos a montré des variations spatio-temporelles significatives, les phyla dominants étant Planctomycetota, Pseudomonadota et Cyanobacteria. Les fractions ingérées et assimilées étaient très variables selon les espèces, les saisons et les sites. Les Pirellulales ont été les plus assimilées par les trois espèces. Les Shingomonadales et les Spirochaetales principalement assimilées par H. atra, les Spirochaetales et les Chloroplastes par H. leucospilota, et les Shingomonadales et les Rhodobacterales par S. chloronotus. Deux nouveaux biomarqueurs liés aux dommages oxydatifs des protéines (l'activité du protéasome et le niveau des produits finaux oxydatifs avancés) ont été comparés au biomarqueur acétylcholinestérase dans les tissus. Ils ont révélé un stress physiologique le plus élevé chez H. leucospilota. Cependant, celui-ci pourrait être considéré comme relativement faible car les niveaux d'acétylcholinestérase étaient plus élevés qu'en 2005, signifiant une possible diminution de la pollution du récif par les pesticides depuis cette date. Une quantification directe des pesticides reste nécessaire. Holothuria leucospilota est à la fois sensible et résistante, capable de présenter une large gamme de valeurs pour un biomarqueur, mais possède des populations prospères. L’espèce H. leucospilota pourrait être considérées comme une indicatrice de la pollution par les pesticides. En conclusion, la distribution inégale de S. chloronotus pourrait s'expliquer par la reproduction asexuée plutôt que par la qualité de l'alimentation bactérienne. Les distributions de H. atra et H. leucospilota n'ont pu être liées à aucun patron particulier de communautés bactériennes, ni à aucun facteur environnemental évalué dans cette étude. De futures études devraient se concentrer sur le phénomène d'attraction conspécifique et sur d’autres fractions du régime alimentaire des holothuries, telles que les microalgues ou les bactéries de la colonne d'eau.

La productivité de la canne à sucre, culture dominante de La Réunion, est un critère essentiel de viabilité pour les exploitations agricoles autant que pour l’industrie sucrière. Levier majeur de cette productivité, la fertilisation azotée doit combler les besoins de la culture non couverts par le sol, sans carences ni excès, afin d’optimiser les rendements tout en minimisant les impacts environnementaux et sanitaires. Pour estimer des doses fertilisantes au plus juste des besoins de la plante, la quantification de la fourniture en azote par le sol et de l’efficience d’utilisation de l’azote du fertilisant se révèle fondamentale. Etant donnée la forte sensibilité de ces paramètres au contexte pédo-climatique, leur quantification doit nécessairement tenir compte de la pédogénèse volcanique et tropicale des sols de l’île. Ainsi, l’objectif général de cette thèse était de revisiter les fondements scientifiques du « module azote » de l’outil d’aide à la fertilisation réunionnais, Serdaf. Cette revisite s’est axée sur (i) la proposition d’une typologie des sols volcaniques tropicaux de la Réunion, basée sur leur minéralogie et d’intérêt agronomique ; (ii) la quantification et la prédiction du taux de minéralisation de l’azote organique des sols volcaniques et tropicaux ; et (iii) la quantification de l’efficience d’utilisation de l’azote issu de l’urée, en tenant compte de la variabilité culturale et pédo-climatique. Dans un premier temps, une base de données spectrale dans le domaine du visible et du proche infrarouge (VNIR) de 3014 échantillons de sols a permis la construction d’une typologie par clustering non supervisé. Celle-ci a mis évidence un gradient d’andosolisation grâce au continuum minéralogique des signatures spectrales de sols. Les 6 unités minéralogiques, constituées d’allophanes, halloysites, oxyhydroxydes de fer et d’aluminium, ont ensuite été affinées à partir des propriétés du sol pour aboutir à 7 unités. L’homogénéité de distribution de ces propriétés par unité de sol a permis de valider leur pertinence agronomique. Dans un deuxième temps, l’incubation en conditions contrôlées de 40 échantillons de sols a permis de mesurer le taux de minéralisation de l’azote. Ce taux a été prédit à partir de deux équations basées sur des fonctions de pédotransfert et d’une prédiction par spectroscopie VNIR. La minéralogie ainsi que les propriétés physico-chimiques des sols se sont révélées fondamentales dans l’explication des taux de minéralisation, probablement en modulant l’accessibilité de la matière organique aux micro-organismes. Dans un troisième temps, un réseau expérimental de 10 sites a permis de quantifier l’efficience d’utilisation de l’azote issu de l’urée, par l’utilisation d’un traceur isotopique 15N. Les résultats suggèrent que la réponse de la canne à sucre à la fertilisation s’explique par la fourniture en azote par le sol. L’efficience d’utilisation de l’azote par la plante, estimée à 38 %, semble être expliquée par les conditions climatiques et par le dynamisme de la culture. La diminution de la teneur en 15N au cours du cycle de croissance suggère une translocation d’une partie de l’azote vers le compartiment racinaire accompagné de pertes d’azote par turnover racinaire. Finalement, ces résultats ont été intégrés dans un modèle de bilan azoté, adapté pour la culture de la canne à sucre. Les résultats suggèrent que la fourniture en azote par le sol est mal définie dans l’outil d’aide à la fertilisation actuel, Serdaf, en particulier pour les andosols. Enfin, les doses fertilisantes proposées par le bilan azoté semblent beaucoup plus variables par type de sol que celles proposées par Serdaf et sur une gamme de valeurs quatre fois plus importante. Ces avancées ouvrent la voie à une revisite du pilotage de la fertilisation azotée de la canne à sucre à la Réunion.

Le laboratoire PIMENT a développé un outil de gestion de la consommation électrique d’un logement, un modèle à variables mixtes(MILP) dont la première approche fut de linéariser un modèle non linéaire définissant le mode d’utilisation des appareils électriques pour un îlot de maisons. Basé sur une plateforme de communication développée sous Androïd, l'outil d'aide à la décision enregistre les différentes demandes énergétiques des familles au sein d'un micro-réseau puis optimise un modèle mathématique pour la recherche du minimum de consommation électrique. Ce modèle est contraint par des critères physiques, financiers et les souhaits des utilisateurs. Dans un endroit isolé non connecté au réseau principal d’électricité, l’utilisation efficace des énergies renouvelables intermittentes nécessite une gestion optimale de la consommation électrique. L’étude concerne un micro-réseau électrique isolé constituant trois maisons voisines du village de Roche Plate du cirque de Mafate de l’île de La Réunion. L’objectif de la thèse est de trouver l’équilibre optimale du système micro-réseau afin de minimiser les pertes en énergie, optimiser le système de stockage sans dégrader les conforts des utilisateurs. Deux approches sont développées dans cette thèse, l’approche déterministe et l’approche stochastique. Si le modèle déterministe consiste à modéliser le système sans tenir compte des incertitudes de la production et de la demande, conduisant ainsi à une décision déterministe, la thèse cible la prise en compte de ces incertitudes qui pourraient impacter les grandeurs physiques du modèle. Ainsi l’objectif principal de la thèse est de modéliser, optimiser et simuler le fonctionnement stochastique du micro-réseau autonome en mutualisant des moyens de production et de stockage d’énergie. Cette réussite nécessite l'utilisation combinée des moyens de production électrique et du stockage, la prise en compte de l'intermittence de la ressource, et dans certains cas, les modifications des créneaux horaires d’utilisation des appareils électriques. Des méthodes non paramétriques d’estimation de densité de probabilité sont développées pour estimer les distributions de probabilité de la variation du rayonnement solaire, autant que celles de la variation de la durée et de l’heure de fin de souhaitée des services. Dans le cas stochastique, la propagation des incertitudes par la méthode de Monte Carlo permettra de propager dans le modèle MILP les distributions des paramètres d’entrée afin d’obtenir des distributions pour chaque variable de sortie. Cette méthode permet d’évaluer la performance du système face à des contraintes aléatoires. Chaque variable de sortie aura ainsi un échantillon permettant d’en estimer une fonction de répartition empirique donnant les probabilités des scenarios permettant de prendre des décisions sur l’utilisation des appareils électriques afin de donner des conseils aux consommateurs du micro-réseau. La complexité du système sous l'influence de l'incertitude de la source de production est aperçue lors de la prise des décisions. La modélisation stochastique à travers les méthodes non paramétriques d’estimation de fonction de densité de probabilité pour chaque intervalle horaire permet de quantifier l'évolution dans le temps de l'incertitude sur les paramètres du système. La disposition des données de mesure réelles du rayonnement solaire de la station météorologique installée sur le site d’expérimentation et des données de mesure des consommations des trois maisons nous a permis de faire une expérimentation avec des données de mesure réelles et prendre des décisions.

M. Jean CASTAING-LASVIGNOTTES 

Université de la Réunion 

Directeur de thèse 

M. Olivier MARC 

Université de la Réunion   

Co-encadrant de thèse 

M. Pierre NEVEU 

Université de Perpignan 

Rapporteur 

Mme Nolwenn LE PIERRES 

Université Savoie Mont Blanc 

Rapporteure 

M. Patrick SALAGNAC 

La Rochelle Université 

Examinateur 

Mme Béatrice MOREL 

Université de la Réunion 

Examinatrice 

M. Emmanuel QUILICHINI 

Invité

Mots-clés :

modélisation,simulation,efficacité énergétique,validation expérimentale,piscine,

Résumé :  

L’objectif de cette thèse est de mettre en place des outils permettant d’évaluer les économies financières et énergétiques réalisables en utilisant un contrôle-commande prédictif pour le chauffage des piscines collectives extérieures tout en respectant le confort des nageurs. Pour cela, un modèle numérique a été développé afin de prédire la consommation énergétique du chauffage et l’évolution de la température de l’eau au cours de la journée (la zone de confort déterminée par l’exploitant se situe entre 27°C et 29°C). Une attention particulière a été portée au phénomène d’évaporation, identifié comme la principale source de refroidissement du bassin. La fiabilité des résultats de simulation des bassins a été établie grâce à plusieurs campagnes de mesures expérimentales réalisées sur un bassin en environnement réel sur l’île de la Réunion. Le modèle a ensuite permis de simuler l’impact de différentes solutions visant à réduire le coût de fonctionnement de l’installation et/ou l’énergie consommée tout en assurant le confort des usagers. Dans notre cas d’application le chauffage est assuré par une pompe à chaleur. En plus de la simulation du fonctionnement actuel qui fait office de référence dans la suite, plusieurs scénarii sont étudiés : la mise en place nocturne d’une couverture isolante, une régulation du chauffage qui interdit d’allumer la pompe à chaleur durant les heures de pointe (qui permet une économie financière uniquement), une régulation prédictive du chauffage qui prend en compte les horaires d’ouverture mais aussi la météo et le prix de l’électricité. Des gains d’énergie de 46% à 51% et des réductions du coût de fonctionnement de 30% à 45% sont observés.

M. ALAIN BASTIDE 

Université de la Réunion 

Co-directeur de thèse

M. Denis MARTOUZET 

Université de Tours 

Rapporteur

Mme Agnès DEBOULET 

Université Paris 8 

Rapporteure

Mme Lise SERRA 

Université de la Réunion 

Co-encadrante de thèse

M. Laurent DEVISME 

Ecole Nationale d'Architecture de Nantes 

Co-directeur de thèse

Mme Armelle CHOPLIN 

Université de Genève 

Examinatrice

M. Michel WATIN 

Ecole Nationale Supérieure d'Architecture Montpellier (La Réunion) 

Examinateur

Mots-clés :

projet urbain,territorialisation,participation citoyenne,renouvellement urbain,fabriques ordinaires de la ville,La Réunion

Résumé :  

Les villes sont des systèmes complexes sur lesquels chacun agit à son échelle. À la croisée des approches institutionnelles de la fabrique de la ville (Béal et al., 2015; Epstein, 2005, 2015) et des fabriques ordinaires qui se déploient dans les quartiers (De Certeau, 1990; Gangneux, 2018; Rosa Bonheur, 2019), j’interroge l’implication frileuse des citoyens dans les démarches de co-construction appliquées au territoire. L’hypothèse principale de ce travail étant que des conceptions figées, ancrées culturellement et historiquement, de la ville et des quartiers (Choplin & Ghorra-Gobin, 2021; Estèbe, 2020), couplées aux impératifs posés par les cadres des projets urbains régis par l’action publique, contraignent la parole des acteurs locaux et des habitants, contribuant ainsi à l’échec du dialogue. À la Réunion, le rapport à la ville s’est construit entre urbanité et ruralité, entre modernisation accélérée à partir des années 1960 et rapport de domination lié à son histoire coloniale. L’espace urbain y est imprégné des mémoires et des attachements, d’habitants qui ont vu se transformer la ville sous leurs yeux (Colin & Gervais-Lambony, 2019; Martouzet, 2014; Guérin-Pace, 2007; Guinard & Tratnjek, 2016; Istasse, 2015), sans égard pour les liens sociaux qu’ils y avaient construits (Deboulet, 2016). Appuyés par une approche issue de la sociologie pragmatique et inscrite dans la mise en œuvre d’un projet de renouvellement urbain de l’ANRU, l’immersion au sein des réunions du projet et les entretiens menés avec les acteurs et habitants qui gravitent autour de ce dernier ont permis d’identifier des révélateurs (Houdart & Thiery, 2011; Latour, 2007, 2011) de la fabrique ordinaire de la ville réunionnaise. Ils témoignent d’une fabrique urbaine au sein de laquelle les cadres opérationnels et techniques de l’action publique ne parviennent pas à considérer la pluralité des remontées du territoire, notamment celles qui sont à la fois remplies d’attachements, d’anecdotes et du vécu de chacun. Pour faire avancer le projet, acteurs et habitants en appellent à leurs cadres de références. La diversité de ces derniers, et les silos institutionnels et émotionnels dans lesquels ils sont inscrits, complexifient les dialogues entre acteurs du projet aux multiples échelles décisionnelles et les habitants du territoire en transformation.

M. Bernard REYNAUD 

Université de la Réunion 

Directeur de thèse 

Mme Anne-Marie  CORTESERO 

Professeur Université de Rennes 1, UMR 1349 IGEPP, Rennes 

Rapporteure 

Mme Emmanuelle  JACQUIN-JOLY 

INRAE, UMR IEES, Versailles 

Rapporteure 

M. Vincent JACOB 

CIRAD, UMR PVBMT, La Réunion 

Co-encadrant de thèse 

M. Sébastien  LEBRETON 

IRSEA, département  

Examinateur 

Mme Anne BIALECKI 

Université de la Réunion 

Examinatrice 

Mots-clés :

attractif,Bactrocera dorsalis,composés volatils,GC-EAG,écologie chimique,GC-MS

Résumé :  

Les signaux olfactifs sont d’une importance cruciale pour la localisation d’hôte par les insectes, afin que ces derniers effectuent leurs besoins primaires nécessaires à leur survie et à celle de leurs progénitures. Les insectes s’orientent en détectant et discriminant les composés volatils émis par leurs hôtes via leurs organes olfactifs. La diversité d’information portée par les multiples composés volatils présents dans l’environnement contraint les insectes à utiliser des stratégies olfactives efficaces. Toutefois, ces stratégies demeurent peu connues pour les espèces à large gamme d’hôte comme les mouches des fruits Tephritidae. Cette famille d’insecte inclue des clades explorant diverses gammes d’hôtes, allant d’une gamme d’hôte plus large pour les espèces généralistes et une gamme d’hôte plus restreinte pour les espèces spécialistes. Ainsi cette thèse a comme objectif d’étudier comment les systèmes olfactifs des mouches des fruits se sont adaptés à la perception des fruits hôtes. Le travail effectué n’apporte pas seulement une connaissance fondamentale sur l’aspect évolutif de l’olfaction des insectes, mais sert également de guide pour la recherche d’attractifs pour plusieurs espèces d’insectes ravageurs. De plus, des développements de nouvelles méthodes en écologie chimique ont été réalisés au cours de cette thèse afin de mener à bien cette investigation. Cette thèse se concentre sur Bactrocera dorsalis, une espèce très compétitive et polyphage, et sur sept autres espèces de Tephritidae qui engendrent des impacts économiques importants sur les cultures fruitières et légumières dans les îles du sud-ouest de l’océan Indien. Les analyses des émissions volatiles de 28 espèces de fruits hôtes de mouches des fruits a permis d’identifier les contraintes évolutives associées à chaque composé des fruits. Nous avons mis en évidence l’existence de composés communs à plusieurs fruits et des composés spécifiques à une ou quelques espèces de fruits. Les analyses en électroantennographie triple (EAG3) et en chromatographie en phase gazeuse couplée à un détecteur d’électroanteannographie triple (GC-EAD3) effectué sur les différentes espèces de mouches des fruits mettent en exergue une corrélation négative entre les activités antennaires et la diversité des fruits émetteurs. Les tests comportementaux ont montré que Bactrocera dorsalis préfère les composés spécifiquement émis par quelques espèces de fruits aux composés communs entre les fruits lorsque ceux-ci sont présentés à faible concentration. L'hypothèse d’une adaptation à la polyphagie pour les espèces généralistes pourrait expliquer ces observations. Une perspective à cette étude est donc de tester le potentiel de piégeage d’un leurre combinant des composés communs de fruits avec quelques composés spécifiques afin d’augmenter la sensibilité olfactive et l’attractivité des mouches.

M. David OBURA 

CORDIO East Africa 

Rapporteur 

M. Tarik MEZIANE 

Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN) 

Rapporteur 

Mme Pascale CHABANET 

Institut de Recherche pour le Développement 

Examinatrice 

Mme Karine POTHIN 

Réserve Naturelle Marine de La Réunion 

Examinatrice 

M. Thierry LAVITRA 

Institut Halieutique et des Sciences Marines 

Examinateur 

Mme Lucie PENIN 

Université de La Réunion 

Co-encadrante de thèse 

M. Gildas TODINANAHARY 

Institut Halieutique et des Sciences Marines 

Co-encadrant de thèse 

M. Mehdi ADJEROUD 

Institut de Recherche pour le Développement 

Directeur de thèse 

Mots-clés :

Récifs coralliens,Coraux scléractiniaires,Structure des communautés,Régulation des populations,Potentiel de récupération,AMP - Madagascar

Résumé :  

Les récifs coralliens de Madagascar ont été impactés par de nombreuses perturbations, et des Aires Marines Protégées (AMPs) ont été mises en place pour limiter ce déclin. L’étude de ces récifs a débuté dans les années 1960, mais la plupart des travaux ont concerné l’échelle locale et ont été réalisées avec des méthodologies différentes. Par ailleurs, les capacités de résilience restent peu documentées à Madagascar. Si l’effet positif des AMPs sur les pêcheries côtières a pu être mis en évidence, celui sur les coraux n’a pas été abordé. Dans ce contexte, cette thèse a eu pour objectif d’examiner l’effet des AMPs sur la structure spatiale, les processus de régulation et le potentiel de récupération des assemblages coralliens de Madagascar. Au total, 18 stations d’étude ont été réparties dans 3 régions : Masoala au nord-est, Nosy-Be au nord-ouest et Salary Nord au sud-ouest. A chaque région, 3 stations ont été mises en place dans des zones pêchées et 3 dans des zones non pêchées. Trois transect-couloirs de 10 m2 ont été prospectés à chaque station entre mars et octobre 2020, pour déterminer la composition taxonomique, la richesse générique, l’indice de diversité de Shannon, et l’abondance des colonies adultes et juvéniles. Le recouvrement en corail, en macroalgues, turf et algues calcaires encroûtantes, a été estimé à l’aide de 3 transects de 10 m de long. Le recouvrement en algues, la biomasse des poissons herbivores (quantifiée dans des transect-couloirs de 250 m²), la rugosité du substrat (estimée visuellement en 5 catégories), le niveau de protection (zones pêchées vs. AMPs), et la localisation géographique ont été retenus comme variables explicatives de la structure des assemblages coralliens. Un Indice de Récupération (RI) a été calculé avec la méthode TOPSIS (Technique for Order Preference by Similarity to an Ideal Solution), avec les données sur les coraux, algues et herbivores, et les stress thermiques. Une forte hétérogénéité des descripteurs coralliens a été mise en évidence aux échelles locale et/ou régionale. A Masoala, des abondances élevées, notamment des taxa tolérants aux stress et compétitifs, comme Acropora et Pocillopora, ont été enregistrées. Salary Nord est caractérisée par des abondances plus faibles, notamment des taxa compétitifs. A Nosy-Be, une forte diversité, abondance et couverture corallienne a été enregistrée. Des modèles linéaires généralisés ont montré que la structure spatiale était influencée par les herbivores, la rugosité, et la couverture en algues calcaires encroûtantes. Les résultats montrent un effet positif des AMPs sur tous les descripteurs à l’exception de la composition taxonomique. Pour la plupart des genres dominants, la variation spatiale de la densité des juvéniles et adultes est positivement corrélée, ce qui suggère la prépondérance d’un modèle de type « limitation par le recrutement ». A l’exception de Porites, la variation spatiale des juvéniles n’est pas influencée par les AMPs, alors qu’un tel effet a été mis en évidence pour les adultes d’Acropora, Montipora, Seriatopora et Porites. Une forte variation du RI a été observée, avec un potentiel de récupération plus élevé à Masoala, probablement en lien avec des anomalies de températures moins fréquentes dans cette région. L’effet positif des AMPs sur le RI n’a été observé qu’à Nosy-Be, où la mise en réserve est la plus ancienne (1966) et les mesures de contrôle plus efficaces qu’aux autres AMPs. Ces résultats plaident pour un renforcement des mesures de conservation, avec des actions focalisées sur le recrutement et les capacités de récupération des assemblages coralliens. Le contrôle de l’application des mesures est un aspect important, et la mise en place d’Aires Marines Gérées Localement paraît être une solution bien adaptée. Ce travail représente une base de référence solide pour suivre l’évolution des récifs de Madagascar, et pour aider les gestionnaires dans leur prise de décision pour leur conservation.

La fermentation lactique est une méthode qui améliore la conservation des fruits et à un effet sur leurs propriétés sensorielles et nutritionnelles. La littérature indique une augmentation ou un maintien de l'activité antioxydante pendant la fermentation, contrairement à d’autres procédés de conservation. Cette observation peut s’expliquer par la libération de composés phénoliques, mais aussi par la production d’exopolysaccharides (EPS). Cette thèse visait à caractériser les modifications de composition des fruits résultant de la fermentation lactique et à identifier les effets fonctionnels d’une alimentation enrichie en fruits tropicaux fermentés. Ananas, mangue et papaye, sous forme de jus ou de purée, ont été fermentés avec différentes souches de Lactiplantibacillus plantarum, Weissella cibaria ou Leuconostoc pseudomesenteroides, puis conservés plusieurs semaines. Ces trois fruits diffèrent dans leur composition en mono et disaccharides, acides organiques, vitamine C, composés phénoliques et caroténoïdes. La mangue, peu acide (pH 4,2), voit son pH diminuer significativement pendant la fermentation puis la conservation, du fait de la consommation de glucose et fructose au profit d’une production majoritaire d’acide acétique. La papaye voit son pH diminuer significativement de 4,9 à 3,4 pendant la fermentation, sans que des changements notables de composition en sucres simples ni acides organiques soient observés. En revanche, le glucose et le fructose de l’ananas, dont le pH est de 3,4, sont nettement consommés pendant la fermentation. Selon les souches, la production est orientée vers le lactate ou l’acétate. Ltp. plantarum 17a et W. cibaria 21 sont favorables à une meilleure préservation de la vitamine C. L’activité antioxydante mesurée par le test du DPPH est plus élevée pour l’ananas et la papaye par comparaison à la mangue. Sa dégradation évolue de la même façon pour la purée de papaye non fermentée et fermentée au cours de la conservation. L’activité antioxydante de l’ananas est significativement augmentée pour les souches testées par rapport au jus non fermenté sur une période de 28 jours. La formation d’EPS est fortement dépendante du fruit fermenté et de la souche utilisée. Les EPS ne peuvent être séparés des fibres des fruits en milieu liquide, ce qui limite leur quantification. Pour pouvoir disposer de données quantitatives, une méthode a été mise au point en milieu solide. Une différence de production d’un facteur 5 selon la souche a été montrée. Sur ananas, la production d’EPS est stimulée par l’ajout de saccharose, alors que sur mangue, elle est augmentée à un pH de 6. Toutefois, d’autres facteurs interviennent puisque la production d’EPS reste difficile à induire lors de la fermentation de papaye. La fonctionnalité du jus d’ananas lactofermenté a été évaluée in vivo chez la souris (modèle « high-fat diet », HFD). La prise de poids en six semaines a été plus élevée lorsque de l’eau sucrée était proposée, en lien avec une augmentation du volume ingéré, par rapport à un jus fermenté ou non. La glycémie et la cholestérolémie étaient négativement impactées chez les souris HFD ayant pris de l’eau sucrée enrichie en bactéries ou du jus non fermenté, comparativement au témoin (eau), et contrairement au jus fermenté. Si la perméabilité intestinale ne semblait pas affectée, l’équilibre des flores lactiques du microbiote intestinal était modulé par l’ingestion de jus fermenté par rapport à de l’eau. Au plan métabolique, les souris HFD ayant pris du jus d’ananas fermenté montrent très peu de différences avec les individus témoins ayant consommé de l’eau. L’ingestion de jus d’ananas fermenté permet de limiter les effets métaboliques délétères du régime HFD, contrairement à de l’eau sucrée, avec ou sans bactéries ajoutées. Ces travaux montrent que la production d’EPS au cours de la fermentation ne peut expliquer les effets fonctionnels, mais ouvrent des perspectives pour optimiser la production des EPS à partir de fruits.

Pr. Philippe JEAN-PIERRE

Université de La Réunion

Rapporteur

Pr. Ulrike MAYRHOFER

Université Côte d’Azur

Rapporteure

Pr. Gilles PACHE

Aix-Marseille Université

Rapporteur

Pr. Pierre-Xavier MESCHI

IAE Aix-Marseille

Examinateur

Pr. Alain CUCCHI

Université de La Réunion

Examinateur