Contrats doctoraux

Préambule sur le nombre de contrats doctoraux attribués à l’ED STS

Le nombre de Contrats Doctoraux (CD) attribués à l’ED STS n’est pas encore fixé. Il sera probablement au minimum de 3 CD auxquels pourront être ajoutés des CD supplémentaires éventuellement accordés par l’Université. Le nombre d’unité de recherche rattaché à l’ED STS est actuellement de 16.

Mode d’attribution des Contrats Doctoraux

Afin de garantir la qualité de la recherche doctorale et d’optimiser l’insertion professionnelle des futurs docteurs, le Conseil de l’Ecole Doctorale Sciences Technologie Santé a adopté lors de sa séance plénière du jeudi 25 février 2016 une méthode d’attribution des Contrats Doctoraux basée sur l’excellence, dont les modalités sont décrites ci-dessous.

 

1°) Appel à projet de thèse à destination des Unités de Recherches de l’ED STS

Cet appel d’offre concerne les laboratoires et Unités de recherche de l’ED STS. Les unités de recherche de l’ED STS proposent un seul projet de thèse par unité de recherche (soit un total maximum de 16 projets). Cet appel d’offre sera lancé le vendredi 13 mars 2020.

Les laboratoires ont jusqu’au mercredi 22 avril 2020 pour soumettre un projet de thèse pour un contrat doctoral.

Expérimentation concernant des demandes des demi-contrats (conseil du 20 février 2019)

Afin de pouvoir augmenter le nombre de doctorants, une expérimentation est proposée visant à vérifier la faisabilité d’inclure des demi contrats dans le processus de sélection des contrats doctoraux tout en préservant les chances des différents laboratoires. Le nombre de support de contrat doctoraux obtenu par laboratoire ne pourra pas être de plus d’un.

Une analyse des résultats de cette expérimentation sera proposée avant le prochain appel à projet pour les contrats doctoraux.

Selon que le laboratoire souhaite proposer un contrat plein ou un ou deux demi-contrats les 3 possibilités au choix sont :

  • proposer 1 sujet de thèse pour 1 contrat, le candidat rentre dans le processus de sélection (Schéma utilisé jusqu’à Présent)
  • proposer 2 sujets de thèse pour 2 demi contrats, les candidats rentrent dans le processus de sélection
  • proposer 2 sujets de thèse dont 1 contrat plein et 1 demi-contrat. Les 2 candidats rentrent dans le processus de sélection mais 1 seul candidat par laboratoire pourra être retenu (le mieux classé).

 

2°) Appel à candidature à destination des étudiants de M2

Les sujets sont proposés aux M2 via le site internet du pole recherche à partir du vendredi 24 avril 2020 et pourront être diffusés le plus largement possible.

 

3°) Sélection des candidats par Les laboratoires et Unités de recherche

Les laboratoires et Unités de recherche de l’ED STS opèrent une sélection d’un seul candidat par sujet.

Le choix des laboratoires devra parvenir à l’Ecole Doctorale au plus tard le vendredi 12 juin 2020.

 

4°) audition des candidats

Les candidats (un candidat par sujet) seront auditionnés le jeudi 25 juin 2020. Ils seront évalués sur l’excellence de leur parcours universitaire, l’adéquation de leur formation au projet de thèse, leur motivation et leur maîtrise du sujet.

Un classement sera établi et diffusé le vendredi 26 juin 2020.

Les candidats classés en position d’obtenir un CD auront jusqu’au vendredi 14 août 2020 pour confirmer ou non leur candidature. En l’absence de confirmation ou en cas de désistement, le candidat suivant sur la liste sera alors contacté et ainsi de suite.

Le concours sera clos le jeudi 31 décembre 2020.

propositions de sujets de thèse 2020

Etude des lipoprotéines de haute densité (HDL) au cours de l'inflammation aiguë et chronique. Biomarqueurs et outils thérapeutiques.

Laboratoire : DéTROI

Directeur de thèse : Philippe RONDEAU

Résumé : Parmi les facteurs de risque des maladies cardiovasculaires et métaboliques (diabète, obésité), l'exposition à des agents infectieux représente une voie d'investigation importante. Les liens entre les maladies parodontales impliquant certaines bactéries anaérobies et les complications vasculaires sont bien établis. Les relations entre infections virales et maladies cardiométaboliques sont par contre moins claires. Ces infections peuvent entraîner une réponse inflammatoire exacerbée qui se traduit souvent par une baisse drastique des taux circulant de lipoprotéines de haute densité (HDL). Les HDL présentent des propriétés athéroprotectrices grâce à leurs propriétés de transport inverse du cholestérol des tissus périphériques vers le foie mais aussi par leurs activités anti‐oxydantes, anti‐inflammatoires et possiblement anti‐infectieuses. Ainsi, l’identification des modifications tant quantitatives que qualitatives des HDL en situation d’inflammation aiguë et chronique constitue un des axes majeurs d'étude de l’UMR DéTROI. Par ailleurs, l’utilisation de HDL thérapeutiques permettrait de limiter les conséquences d'une inflammation mal contrôlée. L’objectif du projet de thèse est d’identifier les modifications des HDL en situation inflammatoire aiguë ou chronique et de préciser leur rôle comme acteur thérapeutique d'intérêt pour la captation et l’élimination des pathogènes viraux comme la Dengue et le SARS‐CoV2.

Etude de l’influence des îles océaniques sur les écosystèmes hauturiers: Contribution à la production océanique et anthropisation du milieu marin

Laboratoire : ENTROPIE

Directeur de thèse : Sébastien JAQUEMET

Résumé : 

L’objectif est d’étudier le rôle des îles océaniques tropicales dans les transferts de matière et de nutriments, qu’ils soient d’origine côtière ou terrestre, et naturelle ou liée aux activités humaines, vers le milieu hauturier. Des profils hydrologiques et des prélèvements d’eau de mer seront réalisés entre la côte et le large, en amont et aval des îles étudiées. L’analyse de l’activité photosynthétique renseignera sur la production primaire. L’analyse isotopique en carbone et azote de la matière organique particulaire en suspension tracera les exportations de nutriments côtiers vers le large.L’ADN environnemental présent dans l’eau révèlera la présence de matériel génétique d’organismes côtiers et terrestres et mettra en évidence le transfert de matériel biologique de la côte vers le large. Cette approche couplant deux outils contribuera à comprendre les

échange naturels entre écosystèmes côtiers insulaires et océaniques et l’anthropisation dans le milieu hauturier.

Etudes du miRNome et du méthylome pour identifier des marqueurs précoces des lésions tissulaires

Laboratoire : EPI

Directeur de thèse : Bérénice DORAY

Résumé : Le SARS-CoV-2 et l’exposition prénatale à l’alcool (EPA) sont des facteurs environnementaux à l’origine de lésions tissulaires. Le premier d’importance mondiale avec la pandémie en cours. L’autre, d’importance locale voire nationale, les Troubles du Spectre de l’Alcoolisation Fœtale (TSAS) étant la cause la plus fréquente de troubles neurocognitifs et d’inadaptation sociale et la Réunion ayant la plus forte prévalence régionale. L’épigénétique est connue pour être impactée de manière prématurée en cas de lésions tissulaires. De ce fait, elle pourrait être employée comme marqueur précoce de ces lésions. Inscrit dans cet objectif, le projet de thèse proposé ici va concerner l’étude du miRNome et du méthylome de patients affectés par le COVID-19 (infection à SARS-CoV-2) et par les TSAF, afin de déterminer des marqueurs biologiques diagnostiques voire pronostiques de ces pathologies. Cette étude sera complétée par la mise en place de modèles cellulaires, pour tenter de déchiffrer l’impact que peuvent avoir ces facteurs environnementaux d’un point de vue épigénétique, sur la mise en place des mécanismes physiopathologiques.

Variabilité climatique du réservoir stratosphérique tropical

Laboratoire : LACy

Directeur de thèse : Thierry Portafaix

Résumé : 

La stratosphère tropicale (16-50 km) joue un rôle fondamental dans la compréhension globale du

système atmosphérique. Principale source de constituants chimiques pour toute la stratosphère, elle est limitée en altitude et de façon méridienne, par des barrières dynamiques contrôlant les échanges avec les autres compartiments atmosphériques. Les modifications climatiques de l’étendue de cette région (aussi appelée Réservoir Stratosphérique Tropical) devraient induire des changements dans la composition chimique de l’atmosphère dans son ensemble, et in fine des conséquences sur les remontées attendues d’ozone ou sur les rayonnements UV aux tropiques. L’objectif général du travail proposé pour cette thèse est d’étudier la variabilité climatique du réservoir stratosphérique tropical grâce à divers outils numériques et de modélisation développés au LACy, et d’estimer comment ces changements impactent le bilan de l’ozone stratosphérique tropical, mesuré depuis près de 15 ans à La Réunion.

Caractérisation de la dynamique des glissements de terrain du cirque de Salazie (à La Réunion)

Laboratoire : Géosiences Réunion

Directeur de thèse : Fabrice R. Fontaine

Résumé : 

Les glissements de Grand Ilet et de Mare à Poule d’Eau à Salazie à La Réunion sont des glissements de terrain de grande ampleur : leur volume représente chacun plus de 350 Mm3 et plus de 1 000 personnes vivent à la surface du glissement de Grand Ilet (Belle et al., 2014). Le glissement de Mare à Poule d’Eau se déplace vers le nord avec une vitesse moyenne des déplacements variant entre 0.8 et 1.3 m/an entre 2005 et 2011 (Belle et al., 2014). Ces glissements de terrain causent des dommages sur certaines habitations et représentent une menace pour d’autres habitations. Leur suivi est donc essentiel pour la gestion opérationnelle du risque associé au glissement à Salazie. En outre, ces glissements alimentent aussi en sédiments la Rivière du Mât et participent donc à l’érosion du relief. L’objectif de cette thèse est de développer et d’effectuer le suivi sismologique des glissements de terrain à Salazie afin de bénéficier d’une approche innovante de la dynamique de ces mouvements gravitaires.

Fonctions neuro-musculaires et capacités de coordination motrice après un déconditionnement physique : étude des mécanismes et mise en place d’un protocole d’évaluation

Laboratoire : IRISSE

Directeur de thèse : Georges DALLEAU

Résumé : 

La sédentarité ou la diminution du niveau d’activité physique peuvent être choisies ou induites par un emploi qui l’impose, par des mesures de confinement, par un alitement prolongé à l’hôpital ou par la présence de maladies chroniques par exemple. Il s’ensuit un déconditionnement physique, une désadaptation à l’effort qui aura des conséquences délétères sur l’état physique et la santé (perte de masse musculaire et de densité osseuse, essoufflement à l’effort, mal de dos). S’ajoute au déconditionnement musculaire, une fatigabilité accrue et plus précoce lors des activités quotidiennes qui vont altérer les capacités motrices et l’équilibre, pouvant majorer les risques de chutes chez les personnes fragiles (e.g., les personnes âgées). Cependant, les évaluations physiques chez les personnes en état de déconditionnement sont très difficiles à effectuer du fait même de leur incapacité à les réaliser. Ainsi, les données à ce sujet demeurent très imprécises et ne permettent pas de mettre en place une prise en charge qui soit adaptée. ll est donc impératif que des protocoles adaptés soient mis en place. Ce projet de thèse aura pour objectif de mettre en place des évaluations adaptées aux personnes déconditionnées et d’estimer les effets à court terme (<3 mois) du déconditionnement sur les fonctions neuro-musculaires et les capacités de coordination motrice.

Modélisation uplift à base de règles : applications aux données de périnatalité Rule-based uplift modeling : applications to perinatality data

Laboratoire : LIM

Directeur de thèse : Jean DIATTA

Résumé : La modélisation uplift est un outil issu de l’apprentissage automatique qui permet d’estimer l’impact d’un traitement sur le changement de comportement d’un individu. Ses applications sont principalement dans le domaine du marketing ou de la médecine personnalisée. Dans la littérature, plusieurs modèles classiques ont été étendus pour la modélisation uplift, e.g., les arbres de décision, les machines à vecteurs support, la régression linéaire, etc. Dans ce projet de thèse, nous proposons d’étendre les modèles à base de règles pour la modélisation uplift, puis, de l’appliquer dans le domaine de la médecine personnalisée, sur des données locales de périnatalité.

Caractérisation et optimisation d’écoulements de fluides confinés par actionneur plasma en convection naturelle

Laboratoire : PIMENT

Directeur de thèse : Alain BASTIDE

Résumé : Le présent sujet de thèse concerne le domaine de l’architecture bioclimatique et plus particulièrement de la thermorégulation passive des bâtiments utilisant le principe du « mur Trombe ». Un mur Trombe est composé d’un vitrage extérieur placé devant un mur sombre pour provoquer un effet de serre qui chauffe la lame d'air située entre les deux éléments. Des ouvertures en parties basses et hautes du mur assurent ensuite, à la demande, une circulation d'air par thermosiphon entre la lame d'air et l'intérieur des locaux à chauffer. En régulant le système, l’énergie est stockée dans le mur et restituée de façon déphasée dans le bâtiment. Nous proposons ici une approche très novatrice utilisant un plasma froid généré par un actionneur plasma à décharge asymétrique à barrière diélectrique (DBD) pour accroître les transferts à l’interface fluide-solide. L’objectif de cette thèse est de modéliser et d’optimiser numériquement ce système en vue de l’intégrer dans un dispositif expérimental.

Identification du gène de résistance EBWR9 chez l’aubergine et étude des mécanismes moléculaires de reconnaissance de l’effecteur RipAX2 du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum

Laboratoire : PVBMT

Directeur de thèse : Stéphane POUSSIER

Résumé : Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum comprend des souches présentes sur tous les continents et responsables du flétrissement bactérien chez de nombreuses plantes à intérêt agronomique. Chez l’aubergine, le locus EBWR9 confère une résistance majeure reposant sur la reconnaissance spécifique de RipAX2, un effecteur de type III de la bactérie. EBWR9 contrôle de nombreuses souches du complexe d’espèces dont les plus prévalentes à La Réunion qui sont très agressives sur Solanacées. Néanmoins, l’existence dans l’environnement de souches virulentes sur EBWR9 constitue un risque de contournement de résistance à moyen terme. Les objectifs de cette thèse sont i) d’identifier le gène EBWR9 par une approche de génomique fonctionnelle et de caractériser sa diversité génétique chez les Solanacées ; ii) d’étudier la diversité et l’évolution moléculaire de RipAX2 par génomique comparative et phylogénie moléculaire ; iii) et de caractériser l’interaction moléculaire EBWR9/RipAX2 en prenant en compte leur diversité afin d’anticiper les risques de contournement mais également de comprendre les mécanismes de coévolution plante/pathogène.

Laboratoire : PIMIT

Directeur de thèse : Patrick MAVINGUI

Résumé : 

Malgré l’importance des chauves-souris dans l’émergence de maladies, les facteurs écologiques qui influencent la circulation de leurs agents infectieux restent mal connus. Ce projet de thèse vise à analyser l’écologie du Petit Molosse de La Réunion, et son influence sur la transmission et la diversité génétique de différents agents infectieux d’intérêt médical (bactéries leptospires,paramyxovirus, herpes et lyssavirus). Ce projet rassemble des suivis sur le terrain à une échelle spatio-temporelle fine, de la biologie moléculaire au laboratoire, et des analyses de dynamiques et génétique des populations, de phylodynamique bayésienne et de biostatistiques. Les résultats permettront d’identifier les facteurs individuels qui, au sein d’une population de chauves-souris, participent à la dispersion et la maintenance de l’infection, ainsi qu’à l’apparition de pics d’infection, éléments clés dans la compréhension des risques d’émergence de maladies.

Laboratoire : ENERGY-LAB

Directeur de thèse : Jean-Jacques KADJO

Résumé : 

La pile à combustible quasi-réversible est un dispositif permettant simultanément les deux transformations physicochimiques d’électrolyse et d’hydrolyse dans des processus de conversion d’énergie. Son développement est proposé dans un souci de minimiser l’usage de métaux rares et de contribuer au développement d’une économie circulaire.

Dans ce contexte, l’amélioration des performances et de la fiabilité, ainsi que l’augmentation de la durabilité des cellules d’Électrolyseurs PEM (E-PEM) des PàC réversibles unifiées (URFC) constituent des verrous technologiques pour une utilisation étendue du vecteur H2, en sites isolés notamment. Le diagnostic des défauts entravant un fonctionnement nominal, durable, devient un véritable enjeu.

L’identification de pistes innovantes d’amélioration des performances et le développement de tests en ligne de stratégies de diagnostic appliquées aux E-PEM permettent de lever ces verrous.