Cette thèse de doctorat vise à répondre à la question de l’origine de la différence de développement entre Petites Economies Insulaires (PEI) restées affiliées à une métropole et celles devenues indépendantes. L’enjeu est de comprendre si l’indépendance politique des PEI est à l’origine de leur sous-développement. L’approche sera donc comparatiste à l’échelle mondiale. Dans le premier chapitre, nous proposons l’idée novatrice de l’utilisation des importations par tête historiques comme indications des trajectoires de développement historiques des îles. A cet effet, nous construisons une base de données collectant les données de commerce extérieur de 80 PEI entre 1900 et 2021 et de PIB pour 86 territoires entre 1960 et 2021. En première analyse, il semble que la période de divergence remonte à la période précédent les indépendances, probablement pendant les années 1930. Dans le second chapitre, nous étudions les évolutions comparées des importations par tête et du PIB par tête pour la période 1970-2019. L’objectif est de vérifier si les importations par tête peuvent être un proxy historique acceptable du PIB par tête. Nous employons la méthode de la causalité au sens de Granger pour montrer la causalité bidirectionnelle de ces variables. Nous vérifions nos résultats avec la méthode P-ARDL et montrons, qu’en contexte insulaire, les importations par tête sont une bonne manière d’approximer les revenus par tête historiques des populations insulaires. Nous nous intéressons, dans le troisième chapitre, aux trajectoires comparées d’importations historiques. Nous déployons un outil novateur, les mélanges de distribution, pour dégager des régimes historiques de niveau d’importations par tête. Nous montrons qu’un régime continu existe entre les années 1940 et aujourd’hui, nous indiquant qu’il n’y a pas de ruptures structurelles introduites par les indépendances. Ces dernières ne semblent donc pas avoir causé les performances inférieures des PEI indépendantes. Enfin, dans le dernier chapitre, nous dépassons la binarité affiliation/indépendance afin d’étudier les performances particulières des dépendances autonomes. Nous montrons qu’elles ont de meilleurs résultats que les PEI pleinement affiliées et les PEI indépendantes. De même, en introduisant un grand nombre de variables de contrôle, le degré de souveraineté reste un facteur explicatif des différences de développement. Nous montrons que si les indépendances ne sont pas à l’origine des divergences historiques, le statut de dépendance autonome semble conférer un avantage de performances important. Mots-clés : Statut Politique, Souveraineté, Convergence, DROM, Développement historique

Cette recherche doctorale interroge le rôle, le discours et les pratiques de fūndi comoréunionnais face à la pandémie de Covid-19 à l’île de La Réunion. Le vocable de fūndi désigne ici un tradipraticien originaire de l’archipel des Comores qui mobilise des pratiques magico-islamiques pour construire un discours sur la pandémie et protéger de celle-ci. Comme pour d’autres épidémies telle que celle du chikungunya à La Réunion en 2006, ces tradipraticiens sont sollicités par une partie de la population réunionnaise pour se protéger du coronavirus. Ces sollicitations montrent l'intérêt de l'analyse anthropologique dans la réponse aux épidémies (Epelboin, 2009). L'approche méthodologique est celle de l'enquête socio-anthropologique de terrain de type qualitative (Olivier de Sardan, 2008). Notre terrain s'est étalé de mars 2020 à janvier 2022 auprès d'une population de sept fūndi recrutés grâce un échantillonnage par réseaux. Nos données empiriques proviennent d'entretiens semi-directifs (n=23) et d'observations directes et participantes de rituels collectifs et individuels (n=107). Nous avons abordé ce terrain selon une démarche compréhensive du discours et des pratiques au niveau émique (Geertz, 1990). Les résultats montrent que la majorité des fūndi de notre échantillon fait la promotion auprès de leurs usagers des recommandations sanitaires comme les gestes barrière, le port du masque et la vaccination en les transposant à une histoire sacrée. Certains fūndi s'adaptent à la situation sanitaire en proposant des « téléconsultations rituelles », des modèles explicatifs pluriels (biomédicaux et sacrés) et la fabrication d'objets talismaniques nommés hirizi intégrés à des masques de protection (Horri & al., 2024 ; Horri & al., 2022). La seconde partie des résultats montre quant à elle des fūndi s'opposant à la vaccination en renforçant et légitimant l’hésitation vaccinale de leurs usagers. Ces fūndi s’opposent également à d’autres recommandations des pouvoirs publics tel que le Pass sanitaire. Ces discours d'opposition des fūndi prennent forme et se construisent à partir de corpus islamiques orthodoxes, d’une littérature et de médias proches du mouvement des djawūla (mouvement religieux radical aux Comores). Les thèses de ce mouvement contribuent à relayer et à renforcer des rumeurs et l’infodemie par l’intermédiaires de ces fūndi auprès de leurs usagers. L’analyse de notre corpus nous amène à penser notre population de fūndi en deux groupes qui s’opposent. Dans le premier groupe, les fūndi apparaissent comme des éléments de reliance (Morin, 2000) et des passeurs culturels (Benoist, 1996) qui accompagnent les usagers vers l'adhésion aux recommandations biomédicales pour se protéger du coronavirus. Ils permettent de traduire et d’éclairer leurs usagers sur la complexité du discours biomédical à travers une production de sens et de signification (Gaboriau & Ghasarian, 2020) qui comble ce que Zempleni (1985) nomme « la part manquante de la maladie ». Dans le deuxième groupe, ils apparaissent comme des obstacles aux recommandations sanitaires de lutte contre la propagation de la pandémie de Covid-19. À ce niveau, ils produisent également pour leurs usagers un ensemble de sens et de signification mais qui éloignent ces derniers des différentes recommandations sanitaires.

Le patient de la téléconsultation est absent de l’espace médical du soignant. Ce nouveau paradigme modifie l’appréhension de l’objet de la médecine, à savoir le corps humain fait de chair et de sang qui se dédouble en téléconsultation pour les nécessités de la prise en charge du patient, de son reflet immatériel. Composé de données de santé, le corps numérique qui se révèle en téléconsultation n’est pourtant pas reconnu par le Droit. Cependant l’ignorer est tant une menace pour la protection des données qui le composent, que pour la qualité et la sécurité de la prise des patients en distanciel comme en témoignent les récents contentieux de la télémédecine. L’établir engage à définir une cohérence inédite en vue de qualifier ce nouvel objet de droit et lui attribuer incidemment un régime de protection le plus adapté au regard du lien intime que ce corps spécifique entretient avec le patient. Différentes pistes seront explorées afin de poser la qualification du corps numérique au plus près de la personne humaine et partant lui faire bénéficier du régime de protection le plus efficace en considération de la primauté de la personne humaine.

À La Réunion durant l’entre-deux-guerres, le lycée Leconte de Lisle forme au cœur des pratiques d'enseignement-apprentissage une élite locale conforme à l'idéologie coloniale. L'étude didactique d'un corpus d'archives de compositions annotées (Archives Départementales ; N = 1156 ; 1927-1946 ; classe de 9e, 8e et 7e) postule l'existence d'un « dialogisme en échos » qui met en abyme les curricula formel/réel/caché. Le programme de recherche porte sur : 1) l'analyse quantitative du corpus ; 2) la micro-analyse sémio-didactique d’éclats de corpus (orthographe et géographie) ; 3) l’identification des processus de marginalisation au regard de l'idéal-type de copie attendue ; et 4) l'analyse des stratégies discursives d'élèves issus de l’immigration indienne. Les résultats montrent qu'au cœur du dialogue engagé dans la composition écrite, l’éducation coloniale impose un curriculum décontextualisé fortement indexé sur les attentes enseignantes. Récursivement, de subtiles traces d'agentivité des élèves sont constatées, générant un « arrangement » curriculaire comme une « accommodation » autorisant l'expression de pouvoirs d'agir. Des perspectives sont ouvertes pour comprendre les dynamiques éducatives en contexte (post-)colonial.

Portée par la migration engagiste des coolies à La Réunion (Wong-Hee-Kam, 1996), la Danse du Lion se situe à la croisée de l’art sacré, de l’art martial (Wu Shu) et de l’art du spectacle. Cette pratique a pour double projet la médiation intergénérationnelle et l’ouverture interculturelle (Abdallah-Pretceille, 2020) : elle se transforme sur la trajectoire migratoire depuis la Chine sous l'impulsion des Grands Maîtres. La question est de savoir comment les familles sino-réunionnaises s'emparent de cette pratique patrimoniale immatérielle vivante pour opérer la médiation culturelle en contexte. Quels liens avec la Chine font-elles perdurer pour la jeunesse réunionnaise et quelles formes d'expression culturelle sont déployées en contexte, à la croisée des traditions ancestrales et des mutations sociétales (Hobsbawm et Ranger, 2012)? Une frise chronologique du mouvement migratoire engagiste chinois réunionnais est élaborée en préalable. Le programme doctoral s’articule dans une phase exploratoire autour de la cartographie des Danses du lion réunionnaises (N = 555, 8 ans) qui montre que les lieux de pratique, partitionnés selon les Hakka et les Namsun, sont essentiellement attachés aux commerces, aux institutions républicaines et à la représentation étatique chinoise, assurant ainsi le lien culturel fort entre spiritualité, socialité et pouvoir. En faisant circuler la jeunesse sur toute l'Ile, la Danse du Lion l'amène à se rencontrer lors des moments festifs et à nouer une socialité juvénile motivée par le partage de cette pratique cultu(r)elle. L'étude 1 porte sur le récit de vie des trajectoires migratoires et sociales des récits de vie (Delory-Momberger, 2019) de personnalités marquantes de la communauté. Elle permet de mieux comprendre les conditions de vie, d'insertion sociale puis de médiation cultu(r)elle des familles migrantes issues de l'engagisme. Puis la pratique patrimoniale du lion, emmenée dans les bagages culturels du périple migratoire familial, est questionnée en qualité d'emblème de la transmission. L'étude 2 propose de remonter la trajectoire migratoire de la danse du lion selon trois aires culturelles indianocéaniques (Maurice, Kuala Lumpur, Taïwan) en référence à la pratique originelle (Chine). Un triple croisement externaliste/internaliste (Maître, chercheur, pratiquant) permet d'accéder au statut épistémologique et épistémique de cet objet patrimonial. L’étude en observation participante (14 mois) recueille le discours de Grands Maîtres en contexte (N=3 entretiens; 180') et montre que la pratique est réinterprétée de façon délibérée selon le contexte culturel d'inclusion. Enfin l'étude 3 propose un test projectif invitant les Maîtres à analyser une modalité de danse compétitive (chorégraphie du crabe, T=9’). En interprétant la pratique finement selon le style martial d'appartenance, l'inspiration chorégraphique ou le projet de spectacularisation, chaque Grand Maître tente de "transmettre la tradition et faire fleurir son art" en contextes. Cette procédure de créolisation de la pratique dénote une conception ouverte du partage de l'objet patrimonial : en questionnant leur rapport à l’altérité, ils procèdent à une réinvention de la tradition, quitte à casser les codes pour les déplacer tout en innovant pour performer. Ainsi la Danse du lion constitue un emblème de l'identité sino-réunionnaise dans sa dimension interculturelle et créolisée. En promouvant le partage culturel festif, elle autorise une médiation de savoirs et de valeurs tout en réinventant la tradition à l'adresse d'une jeunesse destinée à s'ouvrir aux mondes. Assumant la tension entre "transmettre et/ou innover", le dilemme des Grands Maîtres de Danse du lion questionne toute modalité de transmission patrimoniale dans un contexte culturel de prise en charge sociétale et communautaire. Mots-clefs : Danse du lion, patrimoine immatériel vivant, intervention éducative, médiation interculturelle, communauté sino-réunionnaise

Cette recherche focalise sur les lois de protection de la vie privée et l’évolution des technologies. Elle propose d’analyser les changements sociétaux qui les ont accompagnées. Notre étude revisite tout d’abord les ères de la vie privée de Westin (2003) et propose de les poursuivre en créant « l’ère du Tekhnétocène », qui depuis 2002 est synonyme de ruptures profondes. Afin de démontrer l’existence de cette nouvelle ère, nous avons mené une analyse bibliométrique par datamining notamment sur la base de données OpenAlex. Elle nous a permis de structurer notre revue de littérature. Cette étude a été complétée par vingt entretiens semi-directifs et semi-structurés avec des Délégués à la Protection des Données, des Responsables de la Sécurité des Systèmes d’Information et des militants de la vie privée. Ces entretiens font ressortir un rejet du data tracking, générateur de stress, un besoin de confiance et de transparence en les institutions publiques et les entreprises, ainsi que la nécessité d’une conduite éthique de leur part. Un privacy compliance gap a été identifié et avec lui, l’importance d’être formés et informés sur le sort des données personnelles, et l’envie de sanctionner les contrevenants. Le rôle de la CNIL a été discuté. Une étude quantitative sur un panel final de 1412 individus représentatifs de la population française âgée de vingt ans et plus a été réalisée. Notre étude de 68 questions revisite le modèle APCO de Smith et al. (2011), et plus particulièrement celui de Miltgen et Smith (2015). La connaissance des régulations et la perception de protection qu’elles offrent sont des domaines sous-étudiés par la recherche. Ces notions sont remises à jour sous le prisme du RGPD et de l’IA par le biais des préoccupations liées à la vie privée (privacy concerns). Les comportements qui en découlent sont étudiés, notamment la protection des données personnelles par les individus, ainsi que les récompenses utilitaires et hédoniques offertes par le dévoilement de la vie privée. Les préférences réglementaires en termes d’information des citoyens sur leur vie privée, ainsi que celles liées au contrôle et aux sanctions en cas de non respect du RGPD révèlent un souhait de fermeté. L’instauration d’un score de vie privée est plébiscitée. Les violations de vie privée génèrent du stress. Nous testons la perception éthique de l’entreprise au travers de la privacy. Le respect de celle-ci génère de la loyauté/fidélité. Les implications managériales sont multiples et soulignent l’importance de la RSE, et de la formation des usagers à la protection des données.

Ce travail s’inscrit dans une démarche de recherche appliquée liée aux enjeux actuels de l’aménagement durable. Il vise à définir l’écoquartier et plus particulièrement à déterminer comment celui-ci se met en place à La Réunion, département français situé dans le sud-ouest de l’océan Indien. Nous étudierons de façon exhaustive l’écoquartier Cœur de Ville dans commune de La Possession. Cet aménagement de 30 hectares se développe depuis 2012 et a pour but de créer un nouveau centre-ville durable pour la ville de La Possession. La grille de notation et le référentiel pour la conception de ces aménagements sont des outils de référence pour les acteurs de la création des villes, notamment face aux exigences de la durabilité urbaine a fortiori au sein d’un petit territoire insulaire tropical. La finalité de ce travail est de proposer un guide de l’aménagement durable avec un système de notation qui prendrait en compte les contraintes et exigences du monde tropical. Ce travail ambitionne de mener une analyse de l’aménagement urbain, d’identifier les contraintes et les adaptations nécessaires à l’application du référentiel écoquartier et d’apporter un modèle de notation approprié au milieu tropical. Il se propose également de pouvoir orienter et guider tout programme d’aménagement vers plus de durabilité. La première partie établit les enjeux de l’aménagement à La Réunion et ceux de la mise en place du label écoquartier. Elle permet de mettre en évidence et de croiser les écrits inhérents aux défis de l’aménagement à La Réunion, ainsi que de comprendre l’utilisation et la mise en application du label écoquartier sur l’île. La deuxième partie propose une présentation et une analyse des différents projets ayant une réelle pertinence et se rapprochant le plus de l’ambition d’écoquartier. Une étude de ces projets est faite afin de montrer les méthodes de conception adoptées et les objectifs finaux. Cette partie invite également à une analyse du fonctionnement du label et convoque le point de vue des habitants de ces quartiers. La troisième partie s’appuie sur des enquêtes qui prennent en compte le témoignage des habitants. Elle se clôture par la réalisation et la présentation d’un nouveau guide, ayant pour objectif d’orienter vers plus de durabilité dans les programmes d’aménagement urbain. Afin de vérifier son efficacité nous l’avons testé sur des programmes d’aménagement existants sur le terrain d’étude. L’aménagement local, l’urbanisme et l’environnement sont autant de notions utilisées pour appréhender l’évolution des modèles d’écoquartier. Le but en filigrane est de pouvoir proposer un outil qui permettra d’adapter les futurs projets et d’aider les acteurs de l’aménagement à respecter les ambitions du label écoquartier.

La Constitution française ouvre une faculté d’adaptation aux collectivités de l’article 73. Pour sa mise en œuvre, le texte constitutionnel prévoit deux mécanismes normatifs qui sont conditionnés à l’existence de caractéristiques et contraintes particulières de ces territoires. Le premier mécanisme d’adaptation des normes permet aux collectivités d’aménager les lois et réglements existants. Le second mécanisme d’adaptation des compétences leur permet d’édicter des normes dans les champs de compétence qui ne sont traditionnellement pas les leurs. Chaque mécanisme offre ainsi un degré variable d’autonomie normative aux collectivités. Cette constitutionnalisation de la faculté d’adaptation permet alors aux départements et régions d’outre-mer, dans la mesure où elles le souhaitent, d’acquérir un pouvoir normatif plus étendu, au-delà d’une différenciation décidée par les autorités centrales. Alors même que ces collectivités restent une composante de l’État unitaire français, la faculté d’adaptation leur permet d’exprimer un certain degré d’autonomie normative. À ce titre, l’approche par les ordres juridiques justifie que l’État unitaire puisse autoriser cette forme d’autonomie normative en son sein. Les rapports de fédéralisation qui sous-tendent la faculté d’adaptation ne transforment pas la nature unitaire de l’État, dès lors que la domination de l’ordre juridique étatique sur les ordres juridiques ultramarins est maintenue.

Cette thèse propose pour la première fois une étude comparative de deux créoles indianocéaniques avec une langue centrafricaine, à partir des marqueurs préverbaux. Elle s’appuie sur une constatation empirique : il existe un marqueur préverbal a en sango (langue nationale de République centrafricaine) dont la fonction syntaxique peut être comparée à celle du i en créole réunionnais et du créole seychellois. Ce parallélisme forme le point de départ d’une interrogation qui s’est exprimée ainsi : peut-on définir une règle expliquant la restructuration du pronom personnel de la 3e personne en différents morphèmes, quelles que soient les langues d’origine ? Pour répondre à cette question, j’ai comparé les pronoms personnels d’une trentaine de langues de contact présentées dans The Atlas of Pidgin & Creole Language Structures, et j’ai cherché à comprendre les logiques de restructuration qui ont abouti à la formation d’autres morphèmes, notamment des copules et des marqueurs préverbaux. Je constate des logiques parallèles entre quelques langues oubanguiennes et deux créoles indianocéaniques à base française, notamment dans la « fabrication » d’un marqueur préverbal, lui-même issu de la restructuration d’un pronom personnel de la langue-cible. En revanche, la proximité phonologique du préfixe pluralisateur a- avec le marqueur préverbal a du sango ne se retrouve pas dans les créoles indianocéaniques, qui ont chacun un pluralisateur très différent du marqueur préverbal i. à l’instar du a du sango, le marqueur préverbal i est réservé à la 3e personne en seychellois, alors qu’il s’est étendu à toutes les personnes du réunionnais. Ces spécificités ne s’expliquent pas par un présumé « substrat » africain des créoles, car l’étude de divers morphèmes des langues africaines (et du malgache) contributrices des créoles ne montre pas de traces syntaxiques de ces langues. Seule la présence d’un pronom a dans les créoles du golfe de Guinée, issu de l’edo, constitue une exception qui s’explique par l’histoire du peuplement de cette région. Cette particularité n’a pas été reproduite dans les créoles indianocéaniques. Cette thèse montre le caractère « normal » (au sens des règles d’évolution des langues) des créoles réunionnais et seychellois, tout en insistant sur leurs singularités. Réunionnais et seychellois sont les seuls créoles à base française à posséder un marqueur prédicatif, en l’occurrence de forme i, et celui-ci n’obéit pas aux mêmes règles en réunionnais et en seychellois. Cette thèse montre que ces singularités s’expliquent plus par des logiques internes que par des contacts de langues. Elle appelle d’autres comparaisons avec d’autres langues, pour tenter notamment de préciser les descriptions morphosyntaxiques des différents i seychellois.

L’université de La Réunion a été soumise à un choc épidémique lors de la crise COVID-19. Cette crise a provoqué un véritable basculement de son mode fonctionnement habituel. Le numérique, existant depuis de nombreuses années à l’université de La Réunion, était globalement perçu avant cette crise comme un outil support à la pédagogie présentielle . Cette étude a été menée sur la base d’une enquête proposée à la communauté Universitaire de l’Université de La Réunion en juin 2020, pour disposer d’un instantané des ressentis de la crise à l’issue du confinement qui s’est terminé le 11 mai 2020 à La Réunion. Ce travail de recherche a eu comme objectif de comprendre les dynamiques mises en œuvre entre les traits de personnalités des individus, la Maturité de l’Expérience Individuelle des Usages du Numérique et les réponses individuelles pour faire face à la crise en prenant en compte les perceptions, le vécu de la crise, les représentations des acteurs. Il ressort de cette étude que La Maturité de l’Expérience Individuelle des Usages du Numérique (MEIUN) des personnels de l’université de La Réunion a joué un rôle important dans le vécu de la crise. Par ailleurs, cette recherche a mis en évidence l’importance particulière du trait de personnalité relatif à l’Ouverture, le BFI_O pour le vécu de la crise, et l’influence des autres traits de personnalité issus du Big Five Inventory sur les dynamiques en œuvre pour faire face à la crise. Enfin, l’étude des représentations émanant des réponses aux questions ouvertes a permis d’apporter des éléments de compréhension révélant les systèmes centraux construisant la vision de ce que pourrait être à l’avenir l’université de La Réunion : Une université inclusive phygitale collaborative. L’ensemble de ces résultats ont permis de formuler des préconisations managériales en vue d’adapter l’université de La Réunion aux évolutions futures envisageables par les apports du numérique.

Notre étude porte sur deux institutions traditionnelles malgaches, le devoir de respect aux aînés et le rejet d’enfant, qui semblent ne pas connaître le même destin. En effet, si le rejet a été réformé et reconduit par le législateur dans le droit positif, le devoir de respect aux aînés prétend être dégénéré, désagrégé, perdant son statut d’obligation légale ou civile dépourvue de toutes sanctions étatiques et se retrouve à première vue, appartenir au devoir moral. Nous avons opté pour la méthode comparative historique et contemporaine pour traiter ces deux objets du droit malgache par la règle des 3 C : connaissance, compréhension, comparaison, en appelant notamment le droit français et le cas échéant le droit romain ou différentes autres dispositions d’ordres juridiques par le recours au tertium comparationis. La place du respect dans le droit, un sujet quotidiennement abordé en tout lieu, dans la plus haute autorité de l’État comme dans la sphère familiale en passant par les relations entre des personnes privées qui se côtoient. Dans une société traditionnelle malgache coïncidant avec la genèse du droit, les auteurs constatent notamment une société fortement hiérarchisée pour organiser la place de chacun, l’ordre social, dans une seule et unique finalité : la paix sociale. Compte tenu de l’ampleur de la question de respect, qui ne semble pas anodine du tout, et de sa place en droit public comme en droit privé, en droit national comme en droit international  : les juristes, après quelques recherches en amont que nous avons faites, ne s’intéressent pas forcément à cette notion de respect contrairement à celle de l’honneur par exemple. Or, le droit positif intègre le respect dans les obligations découlant du mariage, il est également omniprésent dans les principes des libertés et droits fondamentaux, notre recherche va aborder le respect dans les relations familiales intergénérationnelles. Nous excluons la protection de l’intérêt de l’enfant mineur, qui a été traitée par plusieurs auteurs, voire des spécialistes, nous portons notre regard sur le respect des aînés, des parents et ascendants devenus vulnérables. Et c’est à cette phase précise de protection du respect, de l’honneur et des obligations familiales envers ces derniers que le rejet malgache intervient dans sa nouvelle version pour sanctionner toute volonté de les nuire de la part d’un enfant majeur. Le rejet malgache, considéré par les auteurs comme atypique, n’a rien de comparable dans tous autres systèmes juridiques, ne répond pas aux exigences « des termes à comparer », sera comparé suivant sa qualification juridique de sanction civile des manquements graves aux obligations familiales envers les parents, aînés, ascendants, voire même aux institutions sociales et juridiques. Des questions se posent : quelle est la vraie nature du rejet malgache ? Quelle est son origine ? Quel est son objet ? Quel est son rôle exact ? Quels sont ses effets, ses limites ? Bref, une étude approfondie s’impose.

Les récifs coralliens, environnements emblématiques de la biodiversité mondiale, font face aux défis posés par le changement climatique, l’élévation du niveau de la mer et l'anthropisation côtière croissante. Les plages adossées à ces récifs, en particulier les plages d’arrière-récifs frangeants, restent relativement peu étudiées malgré leur importance écologique et économique. Ce manuscrit relate les travaux de thèse visant à améliorer notre compréhension de l’hydro-morphodynamique de ces plages à différentes échelles temporelles, en utilisant une caméra vidéo (Video Monitoring System, VMS) couplée à une sonde de pression. Le site d'étude, la plage de l'Hermitage, située dans une zone microtidale sur la côte ouest de l'île de La Réunion dans l'océan Indien, est fréquemment exposée aux houles australes et aux événements cycloniques. Cette plage est suivie par DGPS et drone dans le cadre du Système National d'Observation Dynalit (SNO Dynalit) depuis 2014. Les constats depuis 1950 et les observations actuelles montrent une plage fortement érodée, conséquence de plusieurs facteurs anthropiques. Les résultats de ce travail de thèse montrent la pertinence et les limites de la mobilisation d’une telle instrumentation (caméra vidéo et sonde de pression) pour l’étude des plages d’arrière-récif. Une cyclicité saisonnière de la position de la ligne d’eau (ou ligne de rivage), avec un recul de 1,4 m en hiver et une avancée de 0,9 m en été, est observée. En moyenne, le récif atténue 97% des houles incidentes et agit comme un filtre passe-bas. Par ailleurs, une analyse du runup sur l’estran révèle que les ondes de basses fréquences contribuent à 50% à ce phénomène, et le setup à 40%. Notre étude montre le rôle des ondes longues (infragravitaires (IG) et Very Low Frequency (VLF)) dans les phénomènes de submersion mais aussi d’érosion. Ce travail ouvre des perspectives importantes pour la recherche dans ce type d’environnement dans un contexte de changement climatique et d’élévation du niveau de la mer.

Nous étudions les liens entre l’Eglise catholique – institution religieuse présente depuis le début de la colonisation de l’île Bourbon –, et les prisonniers. Durant la période étudiée, la période coloniale à la période départementale, nous observons que les prêtres catholiques, à travers leurs actions dans les prisons bourbonnaises et réunionnaises, apportent un soutien moral aux prisonniers esclaves et libres durant la période de l’esclavage et aux engagés (Indien, Chinois etc…) après l’abolition de l’esclavage. Ces religieux accompagnent aussi les condamnés à mort durant leurs derniers instants de vie et leur donnent les derniers sacrements. Durant le Second Empire, les spiritains assurent la surveillance des jeunes détenus au sein du pénitencier de la Providence et de l’Ilette à Guillaume dans les hauts de Saint-Denis. Mots-clés : Église catholique - aumôniers – prêtres- prisonniers – assistance.

L'île de La Réunion constitue un environnement tropical idéal pour la prolifération des moustiques du genre Aedes qui sont les principaux vecteurs des arbovirus tels que les virus de la Dengue, du Chikungunya et du Zika. Malgré les mesures de lutte contre les vecteurs, les épidémies d'arbovirus pathogènes demeurent une préoccupation majeure de santé publique, en absence de traitements et de vaccins éprouvés. Une épidémie de dengue, débutée en 2018, a entraîné environ 72 000 cas et 52 décès à ce jour et révélé des formes graves ophtalmiques jusqu’ici peu documentées. Les infections par les virus de la Dengue et du Zika, tous deux membres de la famille des Flaviviridae, sont souvent asymptomatiques. Lorsque des symptômes apparaissent, ils varient de formes pseudo-grippales à des formes sévères telles que la fièvre hémorragique pour la Dengue et des troubles neurologiques et syndromes congénitaux pour Zika. Les deux virus ont été décrits comme étant capables de causer des dommages de la rétine en affectant la barrière hémato-rétinienne. Au cours de ma thèse, j'ai étudié les mécanismes cellulaires de défense de l'hôte qui pourraient contribuer à la physiopathologie lors des infections par les virus de la Dengue et du Zika. Je me suis focalisée sur les voies telles que le stress du réticulum endoplasmique (ER), la réponse aux protéines mal repliées (UPR), l'apoptose, la reprogrammation métabolique et la communication intercellulaire médiée par les vésicules extracellulaires (EVs). Mes recherches ont mis en évidence le contrôle par le virus Zika de l'axe UPR-apoptose via l’inhibition de la protéine CHOP, ainsi que l'exploitation par ces virus des EVs pour vectoriser leur protéine non-structurale NS1. J'ai également exploré le potentiel antiviral de l'adipoRon, un agoniste de récepteurs AdipoR qui active la voie AMPK/PPARa/CPT1 associée au métabolisme mitochondrial et ainsi participé à montrer l’impact du métabolisme sur l’infection. J’ai enfin caractérisé l’infection par les deux virus des cellules épithéliales pigmentaires de la rétine (RPE), composantes clés de la barrière hémato-rétinienne. L’ensemble de mes travaux mettent en évidence les interactions clés entre l'hôte et le virus, ouvrant ainsi la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques prometteuses pour combattre les infections à flavivirus.

Le virus responsable du « Severe Acute Respiratory Syndrome-CoronaVirus 2 » ou SARS-CoV-2, et de la maladie nommée COVID-19 est caractérisé, sur le plan clinique, par une atteinte des voies respiratoires. Cette atteinte semble représenter un des déterminants essentiels de la sévérité et de l’évolution clinique des patients infectés. Elle peut s’accompagner d’un tableau d’hypoxémie profonde nécessitant parfois le recours à la ventilation mécanique et pouvant mener au décès. Si cette atteinte respiratoire demeure la préoccupation principale des cliniciens, elle n’est pour autant pas la seule cible du SARS-CoV-2 qui semble capable de toucher invariablement tous les organes. Les complications neurologiques sont ainsi très fréquentes au cours de la COVID-19 et sont d’ailleurs étroitement associées à la sévérité de la maladie. Cette dysfonction du système nerveux s’accompagne d’une dysfonction du système immunitaire et plus particulièrement de sa composante « innée ». Il a ainsi été décrit et ce, de façon croissante à mesure que la pandémie s’étendait à travers le monde, des anomalies biologiques spécifiques à la COVID-19, touchant notamment la population cellulaire des polymorphonucléaires neutrophiles (PMN). Si les concepts d’interactions neuro-immunitaires et de réflexe neuro-immun sont connus et identifiés depuis de nombreuses années maintenant, le rôle du dialogue étroit existant entre le système nerveux et les effecteurs de l’immunité n’a jamais eu autant d’intérêt que dans le cadre de la dernière pandémie. La cellule stromale mésenchymateuse ou MSC pour « mesenchymal stromal cell », de plus en plus étudiée à la fois in vitro et in vivo, représente une plaque tournante s’articulant entre ces deux systèmes et pourrait rendre compte, au moins pour partie, de la physiopathologie singulière des infections sévères à SARS-CoV-2. L’objectif de ce travail de thèse était, dans un premier temps, d’identifier les interactions existantes entre le système immunitaire, le système nerveux et les cellules stromales mésenchymateuses au cours des états septiques, au cours des infections virales puis de façon plus précise au cours de la COVID-19. Nous avons ensuite cherché à mettre en évidence les signes cliniques, directs ou indirects, témoignant de l’atteinte du système nerveux autonome, étroitement impliqué dans les interactions neuro-immunitaires, chez les patients atteints d’infections graves à SARS-CoV-2. Enfin, nous nous sommes intéressés au dialogue existant entre le système nerveux, les MSC et l’immunité innée, représentée par le PMN ainsi qu’aux médiateurs permettant l’interaction entre ces deux populations à savoir les chimiokines, les cytokines et les miRNA. Ces résultats permettent une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques impliqués dans l’infection à SARS-CoV-2 et ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude des interactions neuro-immunitaires dans les infections à coronavirus et des infections virales au sens large. Ils permettent également d’apporter des arguments en faveur de l’étude de nouvelles thérapeutiques centrées sur la communication entre le système immunitaire inné et le système nerveux pour la COVID-19 et les éventuelles futures infections virales émergentes.

Cette thèse explore l'interdépendance entre la transition vers des mobilités durables et la ségrégation socio-spatiale à La Réunion, une île marquée par d'importantes inégalités socio-économiques. L'objectif principal est de déterminer comment les politiques de mobilité durable affectent la répartition spatiale des inégalités et de proposer des stratégies pour une transition énergétique socialement équitable. Pour cela, la recherche s'appuie sur une combinaison d'indices de ségrégation, d'analyse factorielle multiple (AFM) et de la méthode DEA (Data Envelopment Analysis) afin de prédire l'efficacité des politiques de mobilité urbaine en termes d'accessibilité et de justice sociale. L'analyse met en évidence les disparités socio-spatiales entre les zones côtières et les régions intérieures, exacerbées par la géographie insulaire. Elle identifie également les facteurs socio-économiques et géographiques qui renforcent la ségrégation. Les scénarios prospectifs basés sur la méthode DEA permettent de simuler l'efficience des communes dans la mise en œuvre de politiques de mobilité durable, révélant les territoires susceptibles de bénéficier ou de souffrir de ces politiques. Les résultats montrent que pour éviter une aggravation de la ségrégation, les politiques de mobilité doivent être adaptées aux spécificités locales et aux disparités existantes. Cette thèse contribue à l'élaboration de recommandations pour une transition énergétique durable et socialement juste à La Réunion.

Les écosystèmes coralliens mésophotiques (ECMs, 30-150 m de profondeur) apparaissent comme un espoir pour la résilience des récifs euphotiques. Selon l’Hypothèse de Refuge des Récifs Profonds (HRRP), les ECMs sont supposés pouvoir agir en tant que source de recolonisation. Toutefois, cette hypothèse repose sur deux présupposés majeurs qui nécessitent d’être testés : (1) la présence des mêmes espèces aux profondeurs eu- et mésophotiques, (2) un certain degré de connectivité verticale entre leurs populations. Les tests déjà existants de cette hypothèse montrent que sa validation n’est pas universelle, pourtant ces derniers sont seulement réalisés dans certaines régions et uniquement sur quelques espèces de coraux scléractiniaires. Cette thèse a pour objectif de tester l’HRRP pour les ECMs du Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI). En raison de leur abondance dans les ECMs, les hydraires (Cnidaria, Hydrozoa) apparaissent comme un modèle d’étude adapté pour tester cette hypothèse. Cet objectif principal a été réalisé à travers deux objectifs spécifiques en lien avec les présupposés. Premièrement, la validation du présupposé n°1 a été effectuée par l’étude de la diversité spécifique et génétique des ECMs de Mayotte (Nord du Canal du Mozambique) et de La Réunion (Mascareignes). Ces diversités ont été étudiées par une approche de taxonomie intégrative couplant identification morphologique et analyses génétiques. Deuxièmement, la validation du présupposé n°2 a été faite par l’estimation de la structure et de la connectivité verticale entre les populations eu- et mésophotiques. Une approche multi-espèces de génétique des populations a été réalisée en utilisant des marqueurs microsatellites spécialement développés pour cette thèse. Ces derniers ont été utilisés pour estimer les indices de différenciations génétiques entre les populations eu- et mésophotiques, complémentés par des analyses bayésiennes de la structure des populations et des flux de gènes entre ces populations. Les résultats révèlent la présence de potentiels nouveaux genres et espèces d’hydraires pour la science à ces profondeurs. Également, plusieurs espèces cryptiques mésophotiques sont mises en évidence par les différentes approches utilisées, montrant que les connaissances sur les ECMs et sur les hydraires sont encore lacunaires. La diversité spécifique et génétique des hydraires varie entre les îles, étant plus importante à Mayotte qu’à La Réunion, ce qui soutient l’idée que le Nord du Canal du Mozambique est le cœur du point chaud de la biodiversité du SOOI. La structure et la connectivité génétiques des ECMs se révèlent variables à plusieurs échelles : horizontalement au sein du SOOI entre les îles, au sein d’une île entre ses différentes aires, ainsi que verticalement au sein d’une aire entre les différents ECMs. La connectivité génétique varie également en fonction des espèces, chacune présentant des connectivités horizontales et verticales singulières, allant d’une population quasi-panmictique à une métapopulation constituée de plusieurs populations réparties dans les ECMs autour de l’île. Finalement, plusieurs espèces soutiennent l’HRRP à La Réunion, mettant en évidence l’importance des écosystèmes mésophotiques pour la résilience des récifs coralliens. L’ensemble des résultats obtenus confirme la non-universalité de l’HRRP, toutes les espèces ne pourront pas profiter de cet effet refuge. Les ECMs présentent de la variabilité à tous les niveaux, que ce soit par la présence d’une biodiversité mésophotique unique, ou par les interactions entre eux et les écosystèmes euphotiques. Ces résultats suggèrent que les ECMs forment en réalité une métacommunauté constituée d’une mosaïque de patchs (habitats et communautés) uniques qui doivent être protégés, aussi bien pour leur biodiversité singulière que pour leur potentiel de réensemencement des récifs euphotiques.

Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum est l’agent responsable de la maladie du flétrissement bactérien. Cet agent pathogène constitue une contrainte biotique majeure sur les systèmes de cultures maraîchères, fruitières, ornementales et forestières dans toute la ceinture tropicale, subtropicale, de plaine et d’altitude. Il est structuré phylogénétiquement en quatre phylotypes (I, II, III et IV). Les diverses prospections faites dans la zone du sud-ouest de l’océan Indien aux travers divers travaux de recherche suggèrent que ces quatre phylotypes sont installés dans la zone du sud-ouest de l’océan indien. Néanmoins, leur prévalence diffère considérablement. Le phylotype I prédomine. La lignée du sequevar 18 a une forte prévalence Madascar, tandis que la lignée du sequevar 31 est plus prévalente dans les petites îles du sud-ouest de l’océan Indien. La thèse s’est intéressée à la compréhension des facteurs génétiques et moléculaires liés au succès épidémiologique de ces lignées. L’objectif principal est de comprendre pourquoi les souches du sequevar 18, largement répandues à Madagascar connaissent un succès épidémiologique notable seulement à Madagascar. Cette thèse explore les mécanismes d’adaptation des souches à leurs hôtes, en particulier dans le cadre d’une interaction hôte/pathogène à travers les effecteurs de type III, qui jouent un rôle clé dans la virulence des souches. Le premier chapitre a consisté en la production de génomes de souches de Madagascar, des autres petites îles du sud-ouest de l’océan Indien et d’autres régions du monde. Le deuxième chapitre a établi un lien entre la présence ou l’absence d’un effecteur RipAX2 et l’origine géographique des souches, permettant ainsi de mieux comprendre leur adaptation locale. Le troisième chapitre a étudié les avantages adaptatifs des souches du sequevar 18 et du sequevar 31 à travers des tests de compétition in vitro et in planta. Les résultats obtenus orientent vers l’identification, en perspectives, des traits génétiques et moléculaires qui favorisent le succès épidémiologique des souches. Le quatrième chapitre a exploré la résistance de certaines accessions de tomates et d’aubergines face aux souches malgaches du sequevar 18. Ce volet nous a permis d’identifier des accessions de plantes pouvant résister à au moins une souche prévalente, responsable de la maladie du flétrissement bactérien. Cette recherche contribue à une meilleure compréhension des dynamiques épidémiologiques des souches du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum dans le sud-ouest de l’océan Indien et ouvre des perspectives pour le développement de stratégies de contrôle et de gestion de la maladie.

Le déconditionnement physique altère les grandes fonctions de l’organisme, en agissant comme un cercle vicieux, dans lequel les altérations de la fonction neuromusculaire jouent un rôle significatif, en constituant un frein à la pratique d’activités physiques. L’évaluation de la fonction neuromusculaire pourrait permettre de rompre ce cercle vicieux. Ce travail de thèse avait pour objectif global d’optimiser l’évaluation de la fonction neuromusculaire, chez la personne déconditionnée, à des fins d’individualisation des programmes de réhabilitation physique. La résistance des caractéristiques musculaires et neuronales du muscle face à la fatigue est une mesure quantitative et qualitative de la fonction neuromusculaire, offrant cette perspective d’individualisation des programmes de réhabilitation. La première étude de ce travail a démontré la nécessité de standardiser les protocoles permettant d’étudier la résistance des capacités neuromusculaires face à la fatigue, chez la personne diabétique, et chez la personne diabétique souffrante de neuropathies périphériques. Il a récemment été démontré, dans la littérature en physiologie neuromusculaire, que le all-out avait un intérêt fort dans l’évaluation de la fatigue neuromusculaire chez la personne déconditionnée. Ce protocole permet l’estimation de la force critique (FC), une mesure pertinente pour identifier l’intensité de contraction à partir de laquelle le muscle se fatigue considérablement. Une deuxième étude, menée chez des personnes pratiquant moins de 2 heures d’activités physiques hebdomadaires, a montré que la différence entre les deux méthodes de référence (la moyenne de la fin du test versus l’asymptote d’une relation exponentielle) permettant l’estimation de la FC était d’autant plus grande que le niveau d’activation volontaire des participants était faible (r²=0.37 ; p<0.001), confirmant l’intérêt d’adapter les méthodes d’estimation de référence de la FC chez ces participants. Ainsi, une troisième étude a comparé les deux méthodes de référence d’estimation de la FC à l’issue du all-out, à deux autres méthodes développées dans le présent travail, dont l’une d’entre-elles permettant de minimiser l’influence de l’activation volontaire et estimant la FC via une méthode de régression entre la perte de force pendant le all-out et l’amplitude de la réponse musculaire potentiée pendant le test. Globalement, les résultats de cette troisième étude ont reporté qu’aucune des quatre méthodes ne permettait d’obtenir des estimations similaires de la FC, chez la personne inactive. Pris ensemble, ces deux études ont démontré l’intérêt d’adapter le protocole all-out et les méthodes d’estimation de la FC chez la personne déconditionné, de telle manière à minimiser l’influence du niveau d’activation volontaire du muscle. Enfin, une quatrième étude a été menée dans cet objectif, et plus précisément, afin d’examiner la répétabilité (test – retest) et la fiabilité (par rapport aux méthodes de référence) des estimations de la FC, obtenue à l’issue d’un protocole incrémental sous-maximal, chez la personne saine, sur la base physiologique du passage de l’effet de potentiation à celui de fatigue. Cette dernière méthode d’estimation proposé dans le présent travail a montré des niveaux similaires de répétabilité (ICC= 0.83), de variabilité (CV < 6 %) et de fiabilité (r^2=0.53) des estimations de la FC à l’issue du test sous-maximal, comparativement au test de référence (le all-out). Dans l’ensemble, le présent travail de thèse démontre l’intérêt de minimiser l’intensité des protocoles de fatigabilité neuromusculaire, couramment utilisé pour étudier la fonction neuromusculaire, chez les personnes déconditionnées. De plus, le présent travail offre également une perspective de test sous-maximal standardisé, fiable, et permettant l’estimation de la FC chez la personne saine, qu’il reste à valider chez la personne déconditionnée.

Le système nerveux périphérique (SNP) joue un rôle important dans la transmission des informations entre les organes effecteurs et le système nerveux central. Des dysfonctionnements au niveau du SNP peuvent amener au développement de neuropathies, souvent associées à des maladies métaboliques et les dyslipidémies ont été montré comme jouant un rôle dans l’apparition de la neuropathie. La proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9), enzyme clé du métabolisme lipidique et généralement étudiée pour son rôle dans la régulation du récepteur aux LDL (LDLR), est principalement exprimée et sécrétée par le foie. Elle est également exprimée localement dans certains types cellulaires du système nerveux, et pourrait donc jouer un rôle à ce niveau. Le premier objectif de cette thèse était de déterminer le profil d’expression de PCSK9 dans le SNP, puis d’examiner l’impact de sa délétion, à travers l’utilisation de souris knockout pour PCSK9. Enfin, nous voulions étudier le rôle de sa forme circulante et le comparé à celui de sa forme exprimée localement par les neurones sensoriels, sur le fonctionnement des nerfs périphériques. Les résultats soulignent le développement d’une neuropathie caractérisée par une perte de sensibilité à la douleur, associée à des altérations morphologiques des fibres amyéliniques et des mitochondries, chez les souris déficientes pour PCSK9. Parallèlement, une augmentation significative du récepteur CD36 et une accumulation lipidique au sein des nerfs sciatiques ont pu être observées. Par la suite, l’utilisation de modèles murins génétiquement modifiés pour supprimer spécifiquement la forme circulante de PCSK9 provenant du foie et sa forme localement exprimée par les neurones sensoriels, ont permis de mettre en évidence que les principaux phénotypes observés chez la souris KO étaient dus à l’absence de la forme circulante de PCSK9. En conclusion, ces travaux contribuent à une meilleure compréhension des interactions entre le métabolisme lipidique, PCSK9 et la mise en place de neuropathies et ouvre de nouvelles perspectives pour la prévention et prise en charge de cette pathologie.

Le vecteur énergétique hydrogène est reconnu comme une voie prometteuse dans le but de réduire les émissions de carbone et de faciliter la transition vers un système énergétique plus durable. Cependant, l’hydrogène utilisé doit avoir été produite de manière durable, c’est le cas de l’hydrogène vert où l’électrolyseur d’eau est utilisé avec une source d’énergie renouvelable. Néanmoins, certaines sources d’énergie renouvelables sont dites intermittentes et engendrent des fluctuations du courant en sortie. L’électrolyseur de type membrane échangeuse de proton (PEM) est la plus adaptée face à cette contrainte. Les électrolyseurs PEM possèdent cependant des verrous à surmonter afin de faciliter leur déploiement. Parmi ces verrous, la gestion optimale des bulles d’oxygène présentes dans les canaux de distribution anodique permettrait d’améliorer leur rendement. En effet, la mauvaise évacuation des bulles d’oxygène peut sous certaines conditions empêcher le réactif eau de parvenir à la couche de réaction ce qui diminue les performances de l’électrolyseur. Les travaux présents dans la littérature, montrent bien la nécessité de travailler sur le régime biphasique anodique afin d’avoir une meilleure compréhension pour de meilleures performances. A ce titre, le type de bulle peut impacter négativement les performances du système. Des recherches ont été menées sur les topologies des canaux, leurs influences sur la chute de pression entrée-sortie, l’uniformité de la distribution des réactifs, le type de bulle y circulant et enfin les conditions opératoires favorisant l’apparition et l’évacuation des bulles. Deux principaux types de bulles existent : les bulles classiques “bubbly” et les bulles remplissant les canaux “slug”. Ce sont ces dernières qui doivent être atténuées pour limiter les obturations gazeuses. Pour la détection automatique de ces bulles, l’apprentissage profond est une approche récente qui surpasse les méthodes classiques. Dans ces travaux, une acquisition haute fréquence et haute densité a été réalisée grâce à un électrolyseur PEM semi-transparent. Une méthodologie basée sur un algorithme d’apprentissage profond et des analyses post-détections ont été mises en place afin de comprendre en détail le comportement biphasique interne au système. Ces travaux ont permis dans un premier temps de tracer des courbes telles que le taux de recouvrement bulleux, le nombre de bulles apparaissant sur la partie anodique ainsi que l’évolution de la taille moyenne des bulles pour les différentes catégories de bulles. Une topologie grille a été étudiée, et les résultats obtenus nous ont permis d’établir plusieurs constats et préconisations. Sur l’aspect temporel, il a été démontré que l’augmentation de la densité de courant augmente la production des bulles de type bubbly et slug, et contribue à diminuer les bulles stagnantes. A partir des résultats recueillis, des cartes de chaleur spatiales ont été obtenues pour chaque classe de bulles. Nous avons observé qu’un fort débit en entrée est très bénéfique pour la circulation des bulles à condition qu’il soit uniformément distribué au sein des canaux. Cependant, une attention particulière doit aussi être portée à la conception et au positionnement des canaux à défaut de voir apparaître des bulles semi-stagnantes au sein même des canaux.

La striure brune du manioc (CBSD) est une maladie virale la plus dévastatrice de manioc dans les pays d'Afrique de l'Est et du Centre. Elle est propagée par des membres du complexe d'espèces cryptiques d'aleurodes Bemisia tabaci sensu lato et/ou par la propagation de boutures de tiges infectées. Dans cette thèse, nous avons cherché à i) identifier les espèces de B. tabaci s.l. colonisant le manioc et cultures associées en République démocratique du Congo (RDC), ii) analyser leur diversité génétique, iii) examiner comment cette diversité est structurée géographiquement ou influencée par des invasions provenant de pays voisins (Est) ayant une forte prévalence de CBSD et iv) déterminer le statut actuel de résistance des espèces de B. tabaci présentes en RDC vis-à-vis des deux familles d’insecticides les plus utilisées au monde : les pyréthrinoïdes et les organophoshates. Nous sommes partis d’une vaste campagne d'échantillonnage réalisée sur 60 sites de l'Est à l'ouest de la RDC, couvrant 12 provinces du pays, et plusieurs sites en Ouganda et en Tanzanie. Des marqueurs nucléaires et mitochondriaux ont été utilisés pour identifier les espèces et étudier la diversité génétique des espèces présentes ainsi que la structuration de leurs populations. Six espèces de B. tabaci s.l. ont été trouvées : B. tabaci SSA1 SG1 U SG2 ; B. tabaci SSA1-SG3, B. tabaci MED ASL, Bemisia Ug 1 ; B. tabaci SSA 10 ; B. tabaci SSA2 U SSA3. L’espèce SSA1 SG1 U SG2 est dominante au Nord sur le manioc et structurée en quatre clusters génétiques. L’espèce B. tabaci SSA2 U SSA3 domine sur le manioc dans les provinces de l’Ouest et est structurée en deux clusters génétiques. Les analyses de simulations bayésiennes utilisant les marqueurs nucléaires sur des populations de l’espèce SSA1-SG1USG2 de trois pays (Tanzanie, Ouganda et RDC) ont permis de mettre en évidence l’invasion récente de la RDC par des populations provenant de l’Ouganda. De même, nous avons détecté de l’hybridation entre les populations invasives et résidentes. Le mouvement récent des populations de l’espèce SSA1-SG1 USG2 détecté vers l'Ouest de la RDC augmente le risque de propagation de la CBSD vers l'Afrique de l'Ouest. Quant au statut actuel de résistance aux insecticides testés pour l’espèce SSA1 SG1 U SG2, nous avons montré que moins de 1% des individus avaient une mutation cible conférant la résistance aux pyréthrinoïdes (95/1308) et/ou aux organophoshates (1/1236). La majorité des profils de résistance aux pyréthrinoïdes ont été retrouvés aux abords de la zone cotonnière au Nord-Est, mettant en avant l’impact du recours massif des insecticides dans la sélection des gènes de résistance au sein des populations non ciblées. Ainsi, les stratégies de gestion des populations d’aleurodes doivent prendre en compte ces résultats pour éviter de sélectionner des génotypes résistants au sein des populations présentes.

L’émergence du SARS-CoV-2 en décembre 2019 a déclenché une pandémie mondiale causant plus de 7 millions de décès et des perturbations socio-économiques majeures. Bien que le SARS-CoV-2 affecte principalement les voies respiratoires, il entraîne également des symptômes gastro-intestinaux, comme la diarrhée, les nausées et les douleurs abdominales, affectant jusqu'à 60 % des patients atteints de COVID-19. Les causes du dommage pourraient être multifactorielles, mais demeurent peu connues. L’utilisation de modèles animaux est donc essentielle pour décortiquer la complexité des phénomènes sous-jacents. Pour étudier la pathologie intestinale induite par le SARS-CoV-2, nous avons choisi Drosophila melanogaster comme modèle, en raison des similarités anatomiques et structurelles entre son intestin avec celui de l’humain. De plus, l’intestin de la drosophile présente une forte expression génique de Ance, un orthologue de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), le récepteur clé pour l’entrée virale. Nos résultats montrent que l’intestin de la drosophile est permissif à l’infection orale par le SARS-CoV-2, comme en témoignent les analyses par RT-qPCR, PFU et immunofluorescence. Leur susceptibilité à l’infection est démontrée par la diminution du taux de survie. Par ailleurs, l'infection virale induit une perturbation de la structure intestinale caractérisée par une réduction de la taille de l’intestin, une contraction des muscules viscéraux et d’autres troubles physiologiques. A l’aide d’outils et de marqueurs génétiques, nous avons pu montrer que le virus est capable de modifier la composition cellulaire de l’épithélium intestinal. L’infection par le SARS-CoV-2 induit une mort des entérocytes (cellules digestives et absorptives), une diminution du nombre des cellules enteroendocrines (cellules sécrétrices d’hormones), et une augmentation des cellules souches intestinales (ISC) et de leur progénitrice, tout en bloquant leur différenciation totale. De manière intéressante, la prolifération des ISC est maintenue jusqu’à la mort des drosophiles. L’analyse du transcriptome intestinal révèle une réponse biphasée face à l’infection, avec une phase d'activation initiale marquée par la désorganisation des voies métaboliques, en particulier du métabolisme lipidique, suivie d'une phase répressive touchant la différenciation cellulaire et la reproduction. Nos données révèlent une altération compartimentée de l’homéostasie lipidique, marquée par une accumulation de gouttelettes lipidiques dans la partie postérieure et une déplétion dans les segments antérieurs de l’intestin, suggérant une stratégie virale exploitant les réserves lipidiques de l’hôte de manière région-dépendante pour favoriser sa réplication. Enfin, nous avons évalué l’efficacité de la plitidepsine, un antiviral actuellement en phase II/III des essais cliniques, dans la modulation de l’infection intestinale par le SARS-CoV-2 chez la drosophile. L’administration orale de la plitidepsine aux drosophiles infectées a démontré un potentiel significatif en atténuant les effets pathologiques, préservant ainsi l'intégrité de l'épithélium intestinal et stabilisant l'homéostasie lipidique. Cette thèse établit l’intestin de la drosophile comme un modèle pertinent pour explorer la pathogénicité intestinale associée au SARS-CoV-2, ouvrant des perspectives prometteuses pour l'identification de nouvelles stratégies thérapeutiques. En examinant les effets du SARS-CoV-2 sur l’architecture intestinale, la dynamique de division des cellules souches et le métabolisme lipidique, notre modèle offre une plateforme robuste pour explorer les mécanismes d’infections gastro-intestinales liés à la COVID-19 et pour orienter le développement de traitements ciblés.

Introduction À l’Île de La Réunion, les indicateurs de santé sexuelle et reproductive, tels que les taux élevés de grossesses précoces et d'interruption volontaire de grossesses (IVG), le faible recours à la contraception et les représentations négatives sur celle-ci, sont préoccupants, en particulier chez les jeunes de 15 à 19 ans. Dans cette région porteuse d’inégalités géographiques et sociales, et d'accès aux soins pourtant comparable à ceux en métropole, ces données mettent en évidence la nécessité de développer des dispositifs innovants pour prévenir les grossesses non désirées. Cette thèse avait pour objectif 1) mettre en œuvre et évaluer la faisabilité d’une plateforme de téléconsultation, 2) explorer l’expérience des jeunes réunionnais vis à vis des services de santé sexuelle et reproductive et 3) Identifier les formations destinées aux pairs éducateurs en vue de développer des programmes d’éducation contraceptive par ces derniers via les réseaux sociaux. Méthodologie Une approche en trois volets a été adoptée : - Une évaluation de la plateforme d’information sur la santé sexuelle et la contraception et de téléconsultation Sextuoze® - Une étude phénoménologique sur l’expérience des jeunes concernant les services de santé sexuelle - Une revue de portée sur les formations en santé sexuelle et reproductive des pairs éducateurs Résultats Concernant la plateforme Sextuoze®, 22 téléconsultations ont été réalisées pendant les 10 premiers mois de fonctionnement et 4 731 connexions. Les motifs relevés étaient de rechercher des conseils (55 %), demander une première contraception (36 %), et obtenir des informations sur les préservatifs (9 %). L'étude qualitative montre que la santé sexuelle des jeunes est vécue comme une quête difficile d'informations et d’accès aux services. L’expérience d’un comportement à risque révèle une capacité à trouver les ressources principalement près de leurs pairs, ou des réseaux sociaux. La revue de portée souligne l'importance d'une formation structurée des pairs éducateurs pour réussir les programmes éducatifs en santé sexuelle et reproductive, visant à accroître les connaissances et l'utilisation des contraceptifs chez les jeunes. Discussion Au-delà de la faisabilité d’un dispositif de téléconsultation en santé sexuelle, ce travail montre qu’il reste sous utilisé par les jeunes. Les données de la littérature et l’expérience des jeunes vis-à-vis de leur santé sexuelle, mettent en avant la nécessité d’appuyer les programmes de santé publique sur l’intervention de pairs pour favoriser le recours des jeunes aux services. Cette perspective de recherche traduit aussi l’importance de co-construire les dispositifs avec des usagers. En matière de santé sexuelle, la participation de jeunes pairs formés pourraient contribuer à la réduction des grossesses non désirées dans cette population.

En milieu insulaire tropical, l'étude des circulations thermiques de pente et des nuages associés reste complexe du fait des interactions multiples entre les processus dynamiques, thermodynamiques et microphysiques. Malgré les avancées récentes en modélisation numérique et en instrumentation, la compréhension des interactions entre les circulations locales et le développement des nuages orographiques reste peu documentée. L'objectif de cette thèse est de caractériser les processus physiques qui pilotent les circulations thermiques et la formation des nuages de pente, en se concentrant sur leurs interactions locales et régionales sur l'île de La Réunion (21°07'S, 55°32'E). La campagne BIOMAIDO s'est déroulée sur l'île de La Réunion du 13 mars au 4 avril 2019, avec un dispositif instrumental, déployé sur cinq sites le long de la pente du Maïdo. Ce dispositif combine des mesures in situ au sol (analyseurs de gaz et d'aérosols) et sous ballon captif (sonde de turbulence et microphysique). Cette étude se focalise sur deux journées représentatives de la campagne, combinant les observations avec des simulations numériques du modèle Méso NH. Ces simulations ont été réalisées avec une résolution horizontale de 100 m et une grille verticale étirée atteignant 1 m de résolution près du sol. L'analyse des résultats révèle deux régimes de circulation thermique distincts. L'écoulement catabatique nocturne, confiné dans une couche de 30 m d'épaisseur, se stabilise en 35 minutes, tandis que le flux anabatique diurne, s'étendant sur 150-200 m, nécessite 110 minutes pour atteindre l'équilibre. L'analyse des bilans de quantité de mouvement montre que l'accélération de flottabilité, modulée par le chauffage différentiel des pentes, constitue le terme dominant dans l'établissement de ces circulations. Ces régimes sont également influencés par l'intensité des alizés, qui, lorsqu'ils dépassent 7 m s⁻¹, créent une zone de convergence avec les écoulements locaux. Cette interaction influence directement la formation et le développement vertical des nuages. La caractérisation microphysique des nuages de pente révèle des propriétés spécifiques à cet environnement tropical insulaire. La distribution des gouttelettes présente un caractère quasi-symétrique avec un mode principal de diamètre compris entre 5 et 10 µm et un diamètre effectif moyen de 10 µm. Ces nuages à faible contenue d’eau liquide (de 0.3 à 2 g m⁻³) ne produisent pas de précipitations en raison de la prédominance de gouttelettes de petite taille. Les mesures montrent une forte variabilité diurne des concentrations en aérosols (CCN), évoluant de 100-200 cm⁻³ en période nocturne à 3000-4000 cm⁻³ lors du développement nuageux maximal (11h-14h UTC). Le schéma microphysique LIMA (Liquid Ice Multiple Aerosol), initialisé avec une distribution d’aérosols quadrimodale actualisée toutes les 30 minutes, reproduit correctement l’évolution du cycle de vie des nuages de pente. Les simulations mettent en évidence deux régimes : sous alizés modérés (28 mars), la formation nuageuse locale est caractérisée par une forte activation en basses couches (3 × 10−4 g kg−1 s −1), mais un cisaillement vertical marqué à 800 m (passage de NE à SE) associé à la subsidence des alizés entraîne une forte dissipation par évaporation (-3 × 10−4 g kg−1 s−1). Sous alizés faibles (30 mars), deux mécanismes complémentaires opèrent : une formation locale intense en basse couche avec une forte production de gouttelettes nuageuses (8 × 10−4 g kg−1 s−1) et un développement vertical facilité par une évaporation moins marquée (-4×10−4 g kg−1 s−1), permettant une meilleure préservation de la structure nuageuse.

L'absence d'une approche intégrant la biodiversité terrestre et marine compromet la gestion des écosystèmes, bien que les interactions terre-mer soient cruciales pour évaluer l'impact des pressions humaines et des changements globaux. Aujourd'hui, la biodiversité est étudiée principalement via des méthodes classiques (inventaires biologiques) qui limitent les analyses intégratives. Toutefois, les nouvelles technologies basées sur le séquençage à haut débit de l'ADN environnemental (ADNe) offrent une vision plus précise de la biodiversité, permettant d'identifier des bioindicateurs de l'état des écosystèmes. Cette approche est essentielle dans les milieux insulaires tropicaux où la biodiversité terrestre, riche en espèces endémiques, est vulnérable. A La Réunion, ces écosystèmes isolés subissent des pressions humaines intenses, surtout le long des continuums terre-mer, et l’intégration de leur dynamique dans la gestion écologique reste insuffisante malgré les menaces croissantes. Cette thèse évalue l'efficacité de l'ADNe pour la gestion et la conservation des écosystèmes réunionnais, en se concentrant sur le suivi de la macrofaune et du microbiome dans le continuum terre-mer. Des bassins versants représentatifs de diverses conditions hydrologiques et d'occupation des sols (agriculture, urbanisation, milieux naturels) ont été étudiés. L'ADNe a permis de détecter macrofaune (poissons, invertébrés), microfaune (diatomées) et microbiome bactérien de l'eau, des sédiments et des intestins de poissons. Des analyses de corrélations entre les communautés biologiques et les paramètres environnementaux et anthropiques ont été effectuées pour révéler des bioindicateurs reflétant l'état des écosystèmes. L'étude a confirmé l'efficacité de l'ADNe par rapport aux méthodes traditionnelles comme la pêche électrique, révélant deux fois plus d'espèces de poissons, incluant des espèces endémiques (Cotyloppus acutipinnis), exotiques (Oreochromis niloticus), cryptiques (Eleotris spp.) ou difficiles à capturer (Anguilla spp.). En parallèle, l'analyse des microbiomes a montré une variabilité interbassins sans différence saisonnière notable. Certaines rivières, comme la rivière du Mât et la rivière Saint-Etienne, présentent des taxons indicateurs de signes de pollution organique et d'eutrophisation (présence de Flavobacterium et Pleurocapsa) alors que d'autres comme la rivière des Marsouins et la ravine Saint-Gilles présente une dominance de taxons associés à une bonne qualité d'eau (genres Pseudarcicella et Sediminibacterium). Les corrélations entre données ADNe et paramètres physico-chimiques de l'eau (e.g. conductivité, oxygène) ou facteurs anthropiques (e.g. atrazine) montrent que la macrofaune est un bioindicateur à l’échelle des bassins versants, tandis que la microfaune est plus sensible aux conditions locales. Cette étude, la première dans l'océan Indien à examiner plusieurs groupes taxonomiques provenant de différents habitats aquatiques sur le continuum terre-mer, montre la pertinence de l'ADNe pour caractériser la biodiversité et proposer de nouveaux bioindicateurs. Cet outil, plus performant que les méthodes traditionnelles, éclaire la gestion des écosystèmes en révélant une biodiversité plus riche. L'intégration de l'ADNe dans les programmes de gestion écologique se révèle pertinente pour préserver les écosystèmes insulaires fragiles comme ceux de La Réunion. Cette approche permet de détecter précocement les signes de dégradation et de protéger les espèces les plus vulnérables aux pressions anthropiques. Enfin, un réseau de suivi régional concerté renforcerait la compréhension des dynamiques écologiques dans des contextes contrastés, améliorant ainsi la gestion des taxons à enjeux de conservation. Un tel réseau favoriserait des stratégies de conservation plus efficaces, adaptées aux spécificités locales, et une gestion durable à travers les îles de l'océan Indien.

La famille des Orchidaceae comprend des espèces présentant un phénomène unique chez les plantes appelé endoréplication partielle (PE). Au cours de la PE, les cellules ne répliquent qu’une partie de leur ADN nucléaire. Le génome peut donc être virtuellement divisé en deux fractions. Une fraction P, répliquée à chaque cycle d’endoréplication, et une fraction F qui reste à l’état diploïde. La proportion de génome endorépliquée est fixe pour une espèce donnée, suggérant une régulation fine de ce phénomène. Toutefois, les proportions relatives des cellules présentant des endoploïdies partielles différentes varient en fonction de l’organe ou du tissu étudié. Au sein des Vanilloidae, l’ensemble des espèces du genre Vanilla Plumier ex Miller ayant été étudiées présentent ce phénomène. Parmi elles, le vanillier cultivé, Vanilla planifolia G. Jackson, présente une fraction de génome endorépliqué intermédiaire par rapport aux autres espèces du genre (fraction P = 28,4%), et représente un candidat idéal pour la caractérisation des régions chromosomiques impactées par la PE. Dans l’objectif de cette étude, nous avons opté pour une approche génomique basée sur l’assemblage du génome de V. planifolia. L’émergence et le développement de technologies de séquençage haut-débit facilitent grandement l’assemblage et la caractérisation de génomes complexes. Au démarrage de cette thèse, un premier assemblage phasé de V. planifolia (cultivar Daphna) avait été publié à partir d’un séquençage d’ADN de feuilles. Cependant, la taille de celui-ci (1,48 Gb) était très en deçà de celle estimée par cytométrie en flux (2C = 4,18 pg ~ 4,1 Gb) et il ne comprenait par ailleurs que 14 paires de chromosomes sur les 16 paires attendues pour cette espèce. L’application d’une combinaison d’approches complémentaires, englobant notamment la cytométrie en flux, l’utilisation de technologies récentes de séquençage haut-débit en lectures longues et de scaffolding ainsi que les données de cartographie génétique récemment publiées, a confirmé notre hypothèse selon laquelle la proportion de cellules fortement endorépliquées dans un tissu impacterait fortement le séquençage et l’assemblage de génome du fait de la faible représentation des régions non endorépliquées, ce qui expliquerait les incongruences entre les métriques d’assemblage de Daphna et les mesures en cytométrie. L’utilisation de tissus (noeuds, puis bourgeons) présentant des proportions plus élevées de cellules diploïdes a conduit à l’obtention, en deux étapes, d’un assemblage du génome du cultivar réunionnais CR-VA-0040 phasé en seize paires de chromosomes. Cet assemblage est plus complet (3,65 Gb) et présente une meilleure contiguïté, avec environ 86% la séquence ancrée sur les chromosomes. Sur la base de cet assemblage, nous avons notamment pu caractériser 63 872 gènes codants ainsi que les éléments transposables et microsatellites présents chez V. planifolia. Cet assemblage de qualité du génome de V. planifolia, et l’annotation de son catalogue moléculaire ont permis de positionner les régions non endorépliquées (F) et endorépliquées (P) sur les chromosomes de l’espèce par l’analyse des profondeurs de séquençages, et de préciser leur composition en gènes et en séquences répétées (éléments transposables et microsatellites). En particulier, la fraction F est caractérisée par une faible profondeur de couverture, une forte densité de séquences microsatellites et par une faible densité de gènes et de TEs, l’inverse étant observé pour la fraction P. Enfin, ces travaux appuient également les programmes d’amélioration variétale, notamment en facilitant l’identification de gènes d’intérêts pour la filière vanille, les données génomiques étant mises à disposition publique sur la plateforme interopérable en ligne Vanilla Genome Hub.

Depuis ces vingt dernières années, l’île de La Réunion a connu une évolution alimentaire marquée par un recul de la consommation de féculents et de produits d’origine végétale, au profit d’aliments riches en protéines animales, en sucre raffiné et en produits ultra-transformés. Cette transition alimentaire est alarmante, avec une hausse préoccupante de la prévalence de la surcharge pondérale et de l’obésité. Une des réponses envisagées à cette évolution est la diversification des habitudes alimentaires locales vers des produits plus sains. La patate douce est une racine particulièrement riche en fibres et en micronutriments tels que les composés phénoliques, les caroténoïdes dans les variétés à chair orange et les anthocyanes dans les variétés à chair violette. L’amidon, composé majeur, en fait un aliment d’intérêt pour un apport en glucides lents. La patate douce constitue une option prometteuse pour réintroduire des aliments d'origine végétale dans les régimes alimentaires des Réunionnais. Elle possède, en outre, des avantages liés à sa culture adaptée à des conditions climatiques variées, y compris la sécheresse, et à ses rendements élevés. Cette thèse s'inscrit dans une démarche de valorisation de la patate douce réunionnaise avec un double objectif. Premièrement, elle visait à caractériser la diversité des différentes variétés de patate douce présentes à La Réunion, au plan de leur morphotype et de la composition des racines. En second lieu, elle cherchait à explorer l’impact de procédés couplant la fermentation lactique et différents modes de cuissons (ébullition, vapeur, four), sur la concentration et la biodisponibilité de composés bioactifs d'intérêt nutritionnel. La fermentation lactique est un procédé ancestral et durable qui permet d’accroitre la conservation, tout en modulant la composition et les propriétés sensorielles des aliments. La cuisson est une étape nécessaire pour obtenir la gélatinisation de l’amidon et une texture agréable. Ainsi, la présente étude avait pour but d’identifier quels procédés parmi ceux appliqués à la patate douce, garantissent les meilleures qualités nutritionnelles en tenant compte de la diversité inter-cultivar. Cette approche a permis d’une part d’identifier parmi les variétés disponibles en collection celles qui présentent le plus de bénéfices nutritionnels, et d’autre part d’obtenir un profil détaillé de la stabilité et de la bioaccessibilité des composés d’intérêt nutritionnel en lien avec chaque opération unitaire et leur séquence. La cuisson vapeur, suivie d’une étape de fermentation lactique, est la méthode qui permet de conserver le mieux l’ensemble des composés bioactifs, que sont les composés phénoliques, les caroténoïdes et les anthocyanes. A l’inverse, l’application de la fermentation lactique avant la cuisson conduit de façon presque systématique à une diminution de la teneur en composés bioactifs. Cette thèse a fourni des recommandations en termes de choix des variétés et de méthodes de transformation pour la filière agroalimentaire régionale. Elle contribue ainsi à réhabiliter la patate douce dans l'alimentation réunionnaise, en mettant en lumière ses bénéfices nutritionnels par un choix raisonné du procédé de transformation.

Les lésions cérébrales représentent une cause importante de mortalité ainsi que la deuxième cause de handicap acquis. Cependant, aucun traitement efficace n'a encore été identifié. Après une lésion cérébrale, la mort des cellules neuronales active la microglie et les processus de régénération, y compris l'angiogenèse et la neurogenèse. Il est intéressant de noter que les maladies métaboliques telles que le diabète de type II et l'obésité entravent la réparation du cerveau et exacerbent les conséquences négatives d'une lésion cérébrale, par des mécanismes qui restent encore mal compris. Une meilleure compréhension de ces mécanismes pourrait permettre de découvrir de nouvelles approches thérapeutiques pour favoriser la réparation du cerveau et limiter l'impact des maladies métaboliques sur celui-ci. Les objectifs de cette thèse sont tout d'abord (1) de déterminer les liens entre la neurogenèse régénérative et l'angiogenèse à la suite d’une lésion cérébrale, ensuite (2) d'évaluer la modulation de ces processus dans le cadre de maladies métaboliques, et enfin (3) de trouver des thérapies pouvant favoriser la réparation cérébrale, en utilisant des plantes médicinales réunionnaises. Pour atteindre ces différents objectifs, nous avons utilisé un modèle intéressant pour étudier la régénération du cerveau : le poisson zèbre ayant subi une lésion au niveau du télencéphale. Nous avons utilisé les lignées de poisson Tg(fli1a:EGFPxmpeg1.1:mCherry) et Tg(GFAP::GFP) qui permettent la visualisation des vaisseaux sanguins, de la microglie et des cellules souches neurales, respectivement. Ces expériences ont été réalisées dans des conditions homéostatiques ainsi que sur des poissons zèbres en état d’obésité induite par l'alimentation (DIO) et en état d'hyperglycémie. Enfin, nous avons caractérisé le potentiel thérapeutique de différentes plantes médicinales de l'île de La Réunion sur des poissons zèbres aux stades eleuthéroembryons et adultes pour à termes tester leur potentiel sur la régénération cérébrale. Nos résultats démontrent que les processus d'angiogenèse et de neurogenèse induits par les lésions se produisent de manière concomitante au cours de la régénération. L'étude du facteur endothélial Vegf, connu pour être pro-angiogénique, montre clairement son expression dans tous les types cellulaires étudiés. De plus, le rôle de la signalisation Vegf dans la promotion de la neurogenèse régénérative et de l'angiogenèse a été caractérisé dans notre modèle. Nous avons également identifié que la microglie et la neuroinflammation favorisent à la fois l'angiogenèse et la neurogenèse pendant la réparation du cerveau. Pour mieux comprendre le rôle des facteurs sécrétés par l'endothélium sur l'activité neurogénique en cas d'hyperglycémie, nous avons utilisé une lignée de cellules souches neurales murines (NE-4C) et des cellules endothéliales cérébrales (bEnd.3). Enfin, nous avons également caractérisé des propriétés antioxydantes, anti-inflammatoires, anti-lipémiques/obésité et pro-régénératives de certaines plantes médicinales de l'île de La Réunion. Ces plantes apparaissent intéressantes pour favoriser la régénération du cerveau et combattre l'effet délétère des maladies métaboliques sur l'homéostasie cérébrale. En conclusion, notre recherche fournit des preuves de l'interaction entre l'angiogenèse et la neurogenèse après une lésion cérébrale et sur l'impact des troubles métaboliques dans ces processus. La modulation de la signalisation Vegf et l'utilisation de plantes médicinales pourraient être des pistes intéressantes à explorer pour améliorer la réparation du cerveau et contrecarrer l'impact des troubles métaboliques sur le cerveau.

La dengue est l’arbovirose la plus répandue chez l'homme dans le monde, retrouvée dans plus de 100 pays tropicaux et subtropicaux. En 2019, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) déclare que la dengue est l’une des dix principales menaces pour la santé mondiale, avec environ 57 millions de cas signalés et plus de 36000 décès dans le monde. En 2021, son fardeau est estimé à 27,8 années de vie corrigées de l'incapacité pour 100 000 habitants, avec un impact sanitaire, économique et social majeur. La dengue se caractérise par des symptômes tels que fièvre, arthralgie, myalgie, anorexie, rash et douleur rétro-orbitaire. Peu spécifiques, ces symptômes se chevauchent avec d'autres infections, en particulier dans les zones tropicales. Un diagnostic de confirmation en laboratoire est donc nécessaire. Lors de la défervescence, une fraction des patients développe une forme sévère caractérisée par une fuite plasmatique, des hémorragies ou des défaillances d’organes pouvant entraîner la mort. La Réunion est un département français d'outre-mer situé dans le sud-ouest de l'océan Indien (hémisphère sud). Son climat est subtropical avec des hivers doux et des étés chauds et pluvieux. Ce climat est propice au développement des moustiques Aedes dont Ae. Albopictus qui est considéré comme le principal vecteur à La Réunion. Après une longue période de faible circulation virale stable dans les années 2000, l'île est confrontée à des épidémies annuelles depuis 2018, principalement pendant l'été austral. Notre travail s’inscrit dans ce contexte de réémergence. Nous avons ainsi constitué une cohorte rétrospective EPIDENGUE regroupant tous les cas suspects de dengue admis aux urgences du CHU de La Réunion entre le 1er janvier et le 30 juin 2019. Nos travaux rapportent les performances insuffisantes du test rapide d’orientation diagnostique de dengue utilisé en 2019 et des définitions OMS de dengue probable, signes d’alerte et dengue sévère dans notre contexte de population encore largement naïve pour l’infection par la dengue. Nous proposons des adaptations aux définitions de l’OMS issues de nos données qui restent donc à valider dans d’autres contextes et en prospectif ; même si le caractère épidémique de la dengue a tendance à limiter les capacités de recrutements, les services de santé étant fortement sollicités dans la prise en charge et les soins d’un afflux massif de patients. Nos données confirment le poids des comorbidités sur le pronostic de la dengue, dont le diabète, particulièrement prévalent à La Réunion. La présentation clinique de la dengue étant peu spécifique, nous avons pu confirmer la protéine C-réactive comme facteur pouvant discriminer la dengue de la leptospirose, endémique et potentiellement grave à La Réunion. Nous avons aussi étudié plus particulièrement les signes cutanéo-muqueux pour identifier des facteurs associés et leur lien avec la dengue sévère. Si le lien avec la dengue sévère n'a pas été retrouvé, ces signes devraient être davantage recherchés en clinique car les saignements muqueux font aussi partie des signes d’alerte. Nous avons aussi pu identifier des facteurs de dengue sévère supplémentaires qui pourraient être ajoutés aux signes d’alerte de l'OMS pour optimiser le triage des patients en population naïve adulte ; car les études et définitions OMS sont principalement issues de données recueillies chez des enfants qui sont les plus touchés par les formes symptomatiques et sévères en zone endémique. Enfin, nous avons étudié les facteurs d’hospitalisation. La réhydratation reste le message systématique à adresser aux patients et aux professionnels de santé en libéral et pour la prise en charge hospitalière. En conclusion, ces résultats pourraient permettre de formuler des recommandations à la population, aux professionnels de santé et aux décideurs en santé pour la prévention, le triage des patients et la prise en charge de la maladie notamment en population naïve.

Le virus Zika (ZIKV), historiquement limité à l'Afrique et à l'Asie, est devenu une préoccupation mondiale majeure, surtout après les épidémies récentes dans les Amériques associées à des malformations congénitales graves et des troubles neurologiques. Bien que la recherche se soit principalement concentrée sur le génotype asiatique/américain, des preuves croissantes montrent que les souches africaines du ZIKV pourraient également représenter une menace sévère, notamment en termes de pathogénicité fœtale. Cette thèse vise à améliorer notre compréhension des mécanismes moléculaires de la pathogénicité des souches contemporaines de ZIKV d'Afrique de l'Ouest, en mettant l'accent sur les protéines non structurales dans la réplication virale, l'évasion immunitaire et la réponse au stress des cellules hôtes. Pour cela, nous avons généré un clone moléculaire infectieux, GUINEA-18, à partir d'une souche de ZIKV (ZIKV-15555) isolée en Guinée en 2018, représentant une souche contemporaine de la lignée africaine. Nous avons comparé ce clone avec le clone bien caractérisé de la souche historique MR766 (MR766MC). Les propriétés de réplication des deux clones ont été examinées dans les lignées cellulaires VeroE6, A549 et HCM3. GUINEA-18 a montré un taux de réplication plus lent, une cytotoxicité réduite et une moindre capacité à activer le système immunitaire inné comparé à MR766MC, suggérant une interaction différente avec les cellules hôtes. Pour explorer ces différences, nous avons construit des virus chimériques en échangeant les régions codantes des protéines non structurales entre GUINEA-18 et MR766MC. Nos résultats ont souligné les rôles critiques des protéines NS1 à NS4B dans la réplication et la pathogénicité, avec NS4B étant clé pour GUINEA-18. Nous avons également découvert que GUINEA-18 inhibe efficacement l'assemblage des granules de stress cytoplasmiques (SGs) dans les cellules A549, un mécanisme de défense cellulaire. Cette inhibition dépend des protéines NS1 à NS4B, soulignant leur rôle dans l'évasion des défenses de l'hôte. La thèse examine aussi le rôle de NS1 dans la pathogénicité des souches contemporaines. L'alignement des séquences protéiques a révélé sept substitutions dans la protéine NS1 de GUINEA-18 par rapport à celle de MR766. Ces mutations montrent que NS1CWA est sécrétée plus efficacement et présente une localisation subcellulaire différente de NS1MR766, augmentant la réplication virale et la cytotoxicité tout en réduisant l'activation des réponses immunitaires. Un virus chimérique MR766 avec NS1CWA a montré ces traits pathogéniques renforcés, soulignant l'importance de NS1 dans la virulence des souches contemporaines du ZIKV d'Afrique de l'Ouest. En conclusion, cette thèse analyse les déterminants moléculaires de la réplication et de la pathogénicité des souches contemporaines du ZIKV d'Afrique de l'Ouest. Les recherches mettent en évidence les rôles critiques des protéines NS1 à NS4B, en particulier NS1 et NS4B. Les résultats soulèvent des questions sur les risques associés aux souches actuelles du ZIKV en Afrique subsaharienne et soulignent la nécessité de surveillance continue pour comprendre les implications pour la santé publique. Ce travail offre des perspectives pour les stratégies de gestion et de prévention des maladies associées au ZIKV, surtout dans les régions où la lignée africaine est prévalente.

L’olfaction joue un rôle crucial dans la modulation des comportements des insectes, notamment dans des activités essentielles telles que la recherche d’hôtes, l’accouplement et l’oviposition. Les insectes détectent et discriminent parmi une large gamme de composés volatils présents dans leur environnement, grâce à leurs gènes olfactifs, dont l’importance dans l’adaptation écologique des insectes est de plus en plus reconnue, comme au sein du genre Drosophila (Diptera). En raison de leur remarquable diversité écologique, à la fois en termes de spécialisation à l’hôte et de comportements d’attraction des mâles spécifiques à ces espèces, les mouches des fruits de la famille des Tephritidae (Diptera) représentent de bons modèles pour les analyses comparatives de la diversité et de l’évolution de leurs gènes olfactifs. Les mâles sont en effet attirés par et consomment certains composés dérivés de plantes, qui ont un rôle de précurseurs phéromonaux facultatifs orientant la préférence sexuelle des femelles, rôle dont l’origine évolutive reste incertaine. Les Tephritidae comptent parmi les principaux ravageurs des productions horticoles fruitières et légumières à l’échelle mondiale. Certaines espèces comme la mouche orientale des fruits Bactrocera dorsalis sont très invasives, déjà présentes à la Réunion et aujourd’hui aux portes de l’Europe. La manipulation olfactive est une stratégie clé pour le contrôle de leurs populations, notamment par l’utilisation des attractifs de mâles. Cependant, la limitation règlementaire de l’utilisation du méthyl eugénol (un puissant attractif pour les mâles Bactrocera dorsalis) en Europe, en raison de son caractère mutagène et cancérigène, souligne la nécessité urgente de trouver des sémiochimiques alternatifs pour surveiller et/ou contrôler les populations. Ainsi mon travail de thèse s’est inscrit dans un double contexte évolutif et appliqué, avec pour objectifs : (1) de déchiffrer les bases moléculaires nécessaires pour rechercher des attractifs de mâles substitutifs au méthyl eugénol et (2) de mettre en évidence des corrélations entre les dynamiques évolutives des gènes et les comportements olfactifs chez les Tephritidae. Tout d’abord, une étude transcriptomique a permis d’identifier de nouveaux acteurs moléculaires de la détection olfactive chez 13 espèces de Tephritidae et d’apporter des informations sur la contribution des gènes chimiosensoriels à leur adaptation écologique. Les analyses en électroantennographie triple (EAG3) et en électropalpographie (EPG) effectuées sur les mâles de plusieurs espèces ont montré une conservation dans la détection des attractifs de mâles Tephritidae et les tests comportementaux ont révélé des préférences distinctes des mâles de chaque espèce pour des attractifs spécifiques. Enfin, nous avons étudié la fonction de récepteurs olfactifs potentiellement impliqués dans les comportements d’attraction des mâles, aboutissant à l’identification d’un nouveau récepteur phéromonal. L’objectif à long terme de cette approche pluridisciplinaire, combinant transcriptomique, électrophysiologie et comportement, est non seulement de comprendre la contribution de l’olfaction aux adaptations écologiques des espèces, mais également d’identifier de nouveaux sémiochimiques utilisables en biocontrôle pour mieux protéger les cultures fruitières et maraîchères de leurs ravageurs.

CONTEXTE Les troubles du spectre de l’alcoolisation fœtale (TSAF) sont la première cause évitable de déficience intellectuelle d’origine non génétique. Le médecin généraliste (MG) est en première ligne de la prévention et du repérage des TSAF. Alors que la prévalence des TSAF y serait la plus élevée en France, des insuffisances dans le repérage des consommations d’alcool notamment chez les femmes enceintes, une faible adhésion des MG aux formations proposées sur les TSAF ont été soulevés par l’Agence régionale de santé. OBJECTIF L’objectif était de comprendre les leviers et les barrières des MG à la prévention et au repérage des TSAF et de mettre en place des actions pour renforcer ces pratiques. METHODE Une recherche action a été construite. Pour sa 1ère étape d’état des lieux, une revue narrative de la littérature a été réalisée, complétée par deux études qualitatives adoptant une approche par théorisation ancrée auprès des MG de La Réunion. La modélisation issue de ces études a permis de passer à la 2ème étape, l’élaboration des actions par une méthode de consensus par ronde Delphi. La mise en place des actions est en cours et leurs évaluations seront la prochaine étape. RESULTATS L’état des lieux a permis d’identifier 23 actions ayant bénéficié d’une évaluation fondée sur les preuves portant sur la prévention, le repérage, le dépistage, le diagnostic d’un TSAF. Le malaise des MG face à l’abord de l'alcool, en particulier chez la femme, était un frein à prévenir et à repérer les TSAF. Ils se sentaient par contre aptes à repérer les troubles du neurodéveloppement. Ces éléments ont permis l’élaboration des actions de prévention et de repérage par consensus à partir de 24 actions potentielles aboutissant à 11 actions consensuelles. Quatre actions ont pu être mises en place. Le retour vers les participants, dernière étape de la recherche action a commencé par une communication auprès des experts du panel de la ronde Delphi. DISCUSSION Cette recherche action a un rôle de modèle de recherche ancrée dans le terrain visant à répondre à une problématique locale prioritaire de santé publique. Cette méthode est transférable aux problématiques de repérage et de prévention d’autres problématiques de santé publique à la médecine générale. D’autres recherches actions similaires devraient être menées en soins primaires en lien avec les problématiques locales de santé. Elles seraient complémentaires à un essai randomisé en grappe autour de la formation des médecins généralistes à la prévention et le repérage.

Cette thèse est consacrée à l’étude de l’évolution et le transport des polluants issus des feux de biomasse dans la région de l’Afrique Australe et du bassin sud-ouest de l’océan Indien en utilisant des observations sols et satellites, ainsi que des outils numériques. Le bilan des propriétés optiques des aérosols sur la région d’étude révèle une mauvaise coordination des observations réalisées en Afrique australe et à La Réunion. Cela est particulièrement visible dans les études actuelles sur l’influence des feux de biomasse. Pour y remédier, la campagne BiBAC (Biomass Burning Aerosol Campaign) a été mise en œuvre dans le cadre du projet IRP-ARSAIO (International Research Project Atmospheric Research in Southern Africa and Indian Ocean), qui a mené une phase d’observation intensive (IOP) entre août et octobre 2022. Au cours de l’IOP, deux mécanismes de transport ont été identifiés : un cas de rivière de fumée et une recirculation des masses d’air avec la formation de point de col. Ces schémas de transport avaient déjà été observés lors de la campagne SAFARI-2000. Cependant, la rivière de fumée observée diffère des cas précédents en raison de conditions synoptiques spécifiques et de l’absence d’un « cut-off low ». Ces travaux de thèse constitue la première étude documentant les mécanismes de transport des aérosols et du CO vers le bassin sud-ouest de l’océan Indien. Les simulations du modèle FLEXPART, couplées aux inventaires d’émissions anthropiques et des feux, ont été utilisées pour identifier l’origine des masses d’air pendant l’IOP et pour quantifier la contributions des sources africaines et sud-américaines sur le bilan du CO. Les résultats ont confirmé le transport régional et intercontinental des masses d’air et mis en évidence la prédominance des sources africaines, tandis que les contributions des feux d’Amérique du Sud étaient plus variables et pouvaient être supérieures ou égales à celles de l’Afrique australe.

Les récifs coralliens sont les écosystèmes hébergeant la plus forte biodiversité de la planète et sont essentiels pour des millions de personnes à travers le monde. Cependant, sous l’action des effets du changement climatique et de diverses perturbations et stress d’origine anthropique, ces écosystèmes se dégradent inexorablement. Bien que peu étudiée, les écosystèmes coralliens mésophotiques (ECMs), qui s’étendent de 30 à 150 m de profondeur environ, présentent une distribution géographique étendue à travers le globe et sont d’une importance écologique cruciale pour le fonctionnement des écosystèmes coralliens. L’intérêt récent pour ces écosystèmes est notamment dû au potentiel refuge des ECMs qui pourraient constituer une source de propagules pour repeupler les récifs dégradés. Dans ce contexte, il apparait primordial de caractériser les ECMs encore inexplorés et d’évaluer leur rôle potentiel de refuges. Ce travail de thèse a donc examiné la variation des communautés macro-benthiques et notamment des coraux scléractiniaires sur un large gradient de profondeur (15–95 m) sur dix sites répartis sur quatre zones (i.e. le récif corallien, le plateau insulaire étendu, la zone portuaire et les coulées de lave volcanique) autour de La Réunion. Les résultats révèlent une forte hétérogénéité spatiale des communautés benthiques et coralliennes des ECMs, ainsi qu’une zonation verticale marquée sur les quatre zones de l’île. Une transition des communautés dépendantes de la lumière vers des organismes hétérotrophes se produit entre les zones peu profondes et mésophotiques supérieures (30–45 m), et un changement significatif se manifeste dans la zone mésophotique inférieure (60–75 m), constituant des habitats diversifiés et uniques. Le recrutement corallien, processus démographique essentiel pour le maintien des communautés coralliennes, a également été étudié. Les résultats montrent une diminution marquée du taux de recrutement dans les ECMs, avec une composition des recrues variable selon la profondeur. La zone supérieure des ECMs (45 m) constitue des refuges substantiels pour les coraux de la famille des Pocilloporidae qui dominent en zone peu profonde (15 m), tandis que la zone inférieure des ECMs (75 m) est importante pour d’autres familles de coraux. La connectivité génétique de deux espèces coralliennes a été évaluée à différentes profondeurs et sites. Les coraux Pocillopora verrucosa, généraliste de profondeur et dominant sur les sites peu profonds, et Pachyseris speciosa, plus inféodé aux ECMs avec des recouvrements parfois importants, présentent une faible différenciation génétique verticale et horizontale et par conséquent une connectivité substantielle à ces échelles. Les résultats suggèrent que les populations peu profondes de P. verrucosa et de P. speciosa pourraient bénéficier des larves des ECMs, confirmant leur rôle de refuge reproductif et le potentiel de recolonisation des récifs dégradés. Au port de La Réunion, des communautés macro-benthiques variées associées à une forte biodiversité ont été observées. Les suivis dans la zone mésophotique (45–95 m) mettent en lumière des communautés diversifiées de cnidaires à haute complexité structurelle formant spécifiquement des forêts animales marines et soulignant le potentiel refuge de ces zones pour des espèces menacées. Dans l’ensemble, cette thèse enrichit les connaissances sur les ECMs à La Réunion, démontre le potentiel de cette région pour développer les études sur ces écosystèmes, et constitue une base quantitative robuste pour des études futures. Ce travail de thèse montre également que les ECMs doivent être intégrés dans les plans de gestion et de conservation des écosystèmes coralliens et habitats non récifaux à l’échelle de l’île. Face à l’avenir incertain des récifs coralliens en raison du changement climatique et autres perturbations d’origine anthropique, les ECMs pourraient jouer un rôle écologique crucial dans la résilience de l’écosystème corallien.

L’accident vasculaire cérébral ischémique (AVCi) est une des pathologies les plus mortelles au monde. Le diabète de type II et l’obésité, qui représentent les deux maladies métaboliques les plus fréquentes, sont des facteurs de risque importants de la survenue d’un AVCi, et leur prévalence est augmentée à La Réunion. Par conséquent, le nombre d’AVCi à La Réunion par habitant est plus élevé que la moyenne nationale. Le diabète et l’obésité aggravent aussi les conséquences de l’ischémie cérébrale, via des mécanismes moléculaires et cellulaires qui ne sont pas encore élucidés. Au cours d’un AVCi, la souffrance et la mort cellulaire entraînent l’activation des microglies (microgliose) et des astrocytes (astrogliose). Cette gliose réactionnelle permet la formation d’une cicatrice gliale et fibrotique neuroprotectrice, isolant la région ischémiée du tissu cérébral intact. Cette fibrose devient délétère à moyen/long terme en entravant les processus de plasticité cérébrale. Notre hypothèse d’étude implique que les perturbations métaboliques altèrent la formation de la cicatrice gliale, accentuant les atteintes cérébrales post-AVC. L’objectif de cette présente thèse est donc d’étudier, dans le cadre de l’AVCi, les effets de perturbations métaboliques sur les dommages cérébraux, les processus de gliose réactionnelle, la fibrose ainsi que sur la récupération fonctionnelle. Pour ce faire, nous avons réalisé une ischémie cérébrale (technique MCAO) chez des souris diabétiques et obèses (modèle db/db). Nous avons ensuite décrit l’impact de cette condition métabolique sur la gliose réactionnelle. Nos résultats ont montré que les souris db/db présentaient un volume lésionnel, un œdème cérébral, une transformation hémorragique ainsi qu’une dysfonction de la barrière hématoencéphalique plus importants, en adéquation avec les données cliniques humaines. La gliose réactionnelle et la fibrose associée ont été exacerbées et persistent davantage chez les souris db/db. Forts de ces résultats, nous avons alors voulu explorer les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans l’astrogliose au cours d’une lésion ischémique dans une situation mimant un contexte de perturbation métabolique. Pour cela, nous avons mis en place plusieurs modèles afin de reproduire les conditions de l’AVCi in vitro : lésion mécanique du tapis cellulaire, déprivation en dioxygène et en glucose (OGD), et traitement avec des agents mimant les perturbations métaboliques. Des astrocytes de la lignée CLTT ont ainsi été traités au méthyglyoxal (MGO), un précurseur des produits avancés de glycation, reproduisant un des aspects des perturbations métaboliques au cours d’une situation d’hyperglycémie. Nos résultats ont révélé que le traitement au MGO altère le processus de « cicatrisation » à la suite d’une lésion mécanique. Malheureusement, des difficultés techniques ne nous ont pas permis de conclure quant à l’impact du MGO sur la réactivité/cicatrisation astrocytaire en situation d’OGD. Dans une dernière étude in vivo, nous avons étudié les possibles effets thérapeutiques de la modulation d’une voie de signalisation (voie adiponectine) à la suite d’une ischémie cérébrale chez la souris, sans pouvoir montrer d’effets probants. En conclusion, le travail réalisé au cours de cette thèse permet, pour la première fois à notre connaissance, de démontrer que les perturbations métaboliques accentuent la gliose réactionnelle et favorisent la persistance de la cicatrice gliale fibrotique au niveau de l’hémisphère ischémié. La modulation de la cicatrice gliale et de la fibrose permettrait de favoriser les mécanismes de réparation cérébrale et de récupération fonctionnelle des patients dans un contexte aussi bien normoglycémique qu’hyperglycémique.

Les nutriments jouent un rôle primordial dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes. En facilitant leurs échanges entre écosystèmes, les animaux mobiles sont essentiels dans dynamique des nutriments et les cycles biogéochimiques. Globalement, les oiseaux marins jouent un rôle important dans le transfert de nutriments des zones d'alimentation en mer vers des colonies de reproduction à terre, sur des îles océaniques. Néanmoins, leur rôle dans le cycle des nutriments sur les îles océaniques tropicales reste moins étudié par rapport aux zones tempérées et polaires. Cette thèse à évalué les impacts des apports en nutriments des oiseaux marins sur les îles océaniques tropicales en examinant les différentes composantes de ce processus (le vecteur, les apports, le transfert, les impacts). Pour atteindre cet objectif, nous sommes focalisés sur les oiseaux marins de l'océan Indien occidental et les îles aux Seychelles comme sites d'études. (i) Vecteur de nutriments : nous avons mesuré les valeurs isotopiques en azote et en carbone des tissus des oiseaux marins dans l'océan Indien occidental. Pour l’azote du sang, les valeurs étaient plus élevées pour les colonies situant à basses latitudes et pour les individus se reproduisant pendant la mousson d'hiver austral. Cela suggère le potentiel d’utiliser les isotopes de l’azote du sang des oiseaux marins en tant qu'indicateurs écologiques des environnements marins dans cette région. (ii) Apport en nutriments : nous avons déterminé les concentrations isotopiques et en nutriments du guano des oiseaux marins nichant sur les atolls de Farquhar et d'Aldabra, et estimé les taux annuels de dépôt en nutriments. Les colonies d'oiseaux marins déposent annuellement au moins 86,6 tonnes d’azote et 67,2 tonnes de phosphate sur Farquhar, et 41,9 tonnes d’azote et 40,9 tonnes phosphate sur Aldabra. Cela confirme que les oiseaux marins sont des fournisseurs clés de nutriments sur leurs îles de reproduction. (iii) Transfert de nutriments : nous avons tracé le transfert de nutriments des oiseaux marins à l'interface terre-mer sur Farquhar et dans les mangroves d'Aldabra. Le transfert de nutriments des colonies vers les habitats insulaires et les herbiers marins sur Farquhar a lieu toute l’année. Dans les mangroves d'Aldabra, les nutriments ont été transférés dans la chaine trophique des macro-invertébrées, et de la mangrove vers les habitats côtiers adjacents par la marée. Ces résultats démontrent l'échelle spatiale de la connectivité maintenue par des oiseaux marins. (iv) Impacts des nutriments : nous avons comparé des sites avec et sans oiseaux marins pour évaluer les impacts des nutriments des oiseaux marins sur les habitats insulaires et côtiers et les communautés associées. Sur Farquhar, les nutriments des oiseaux marins ont maintenu des niveaux élevés d'azote dans les plantes côtières toute l'année, ce qui indique un enrichissement persistant des habitats insulaires par les colonies d'oiseaux marins. À Aldabra, les nutriments des oiseaux marins ont enrichi les mangroves et réduit leurs limitations en nutriments, et ont enrichi le réseau trophique des macro-invertébrés de la mangrove. Ces résultats confirment que les oiseaux marins sont des moteurs de la productivité des habitats et communautés des atolls. L'enrichissement en nutriments des oiseaux marins a conduit à des tailles plus grandes de crabes de mangrove, ce qui pourrait être bénéfiques pour les pêcheries de mangrove. Cette thèse permet de mieux comprendre l'importance écologique et socio-économique des oiseaux marins sur les îles océaniques tropicales. Elle souligne l'importance d'incorporer la connectivité biologique dans la gestion des îles avec des colonies oiseaux marins pour maintenir des systèmes socio-écologiques en bon état et renforcer la résilience des îles tropicales face au changement climatique.

Les Troubles du Spectre de l’Alcoolisation Fœtale (TSAF), reconnus comme problème majeur de Santé Publique, représentent la première cause évitable de handicap neurocognitif et d’inadaptation sociale. De nos jours, malgré la présence de lignes directrices, le diagnostic de ces troubles reste difficile, notamment pour les formes non syndromiques, sans signe physique évocateur, tels que les Troubles Neuro-Développementaux Liés à l’Alcool (TNDLA). Les raisons pouvant expliquer cette errance diagnostique sont multiples : 1 - la confirmation de l’exposition prénatale et/ou préconceptionnelle à l’alcool (EPA) repose sur une démarche déclarative, souvent difficile pour les parents et compliquée en cas de placement ou d’adoption ; 2 - les TSAF, encore peu connus ou sous-évalués par certains professionnels de santé peuvent être confondus avec d’autres syndromes et volontiers considérés comme un diagnostic différentiel ; 3 – le diagnostic est uniquement clinique, en l’absence de tests biologiques fiables. Ce retard voire cette absence diagnostique limite la prise en soins et l’accompagnement, pourtant déterminants pour améliorer la trajectoire de vie. La recherche de nouveaux biomarqueurs diagnostiques est devenue un enjeu considérable au cours de ces dernières années. Pour répondre à cet enjeu, nous proposons de décrire une série de 147 enfants et adolescents suivis au CHU de La Réunion, tant sur le plan clinique (anamnestique et phénotypique), que biologique (génétique et épigénétique) afin de proposer des éléments diagnostiques utiles pour un repérage précoce de ces patients et de leurs familles. Sur le plan clinique, notre étude vient conforter les critères diagnostiques classiquement proposés dans la littérature, en décrire de nouveaux, telle la camptodactylie des extrémités, et met en lumière l’état de vulnérabilités associées chez ces enfants porteurs de TSAF (exposition préconceptionnelle paternelle, exposition à de multiples toxiques, prématurité, situation socio-familiale complexe, anomalie génétique associée dont l’origine questionne sur la possibilité d’une fragilité chromosomique sous-tendue par des mécanismes épigénétiques). Cette description clinique, la première réalisée sur une large série de patients Réunionnais, vient renforcer la nécessité d’un dépistage précoce afin d’améliorer le pronostic, limiter les handicaps surajoutés et les handicaps secondaires, afin d’optimiser la qualité de vie, d’une part des enfants atteints, mais aussi de la fratrie potentiellement atteinte et d’impliquer, d’accompagner et au besoin de prendre en soin les parents. Au niveau épigénétique, nous avons identifié chez des enfants atteints de TSAF âgés de 0 à 18 ans, une expression différentielle et persistante de microARN. Les sous-profils d’expression diffèrent selon le tissu étudié (cellules épithéliales buccales ou plasma) mais aussi selon les catégories diagnostiques (SAF complet, SAF partiel ou TNDLA). Ces résultats, à confirmer sur une plus large série, pourraient laisser entrevoir la possibilité d’une signature épigénétique chez les patients, déterminante pour proposer un diagnostic le plus précoce possible.

Les nano et micro réseaux sont fortement étudiés par la communauté scientifique et le secteur industriel pour leur capacité à faciliter l'insertion et le stockage des énergies renouvelables dans les bâtiments. Les micro réseaux en courant continu (DC) présentent l'avantage de réduire les étapes de conversion du courant par rapport aux micro réseaux en courant alternatif (AC). Ceux-ci représentent donc une des solutions possibles pour réaliser des économies d'énergie au niveau de la conception des bâtiments, en particulier pour les sites isolés tels que l'île de La Réunion. Les études étant majoritairement basées sur des simulations numériques, des retours d'expérience sur des sites expérimentaux peuvent contribuer à l'évolution des normes électriques actuelles. Dans le cadre de ces travaux, un nanoréseau DC expérimental a été déployé au sein d'une entreprise du secteur tertiaire à La Réunion. Le nanoréseau est constitué d'une centrale photovoltaïque, une batterie lithium-fer-phosphate et les équipements terminaux sont alimentés et pilotés par la technologie Power Over Ethernet (PoE). Les avantages et les limites de la distribution en 48 VDC ont été caractérisés d'un point de vue matériel (gains énergétiques, distances de communication, pertes en ligne) et logiciel (interfaces, protocoles de communication). L'efficacité énergétique du nanoréseau a été évaluée selon un modèle multi-paramètres avec validation expérimentale. Concernant la gestion de l'énergie, un Energy Management System (EMS) basé sur un modèle d'optimisation énergétique a été développé avec comme cas applicatif les systèmes de climatisation.

La dengue est l’arbovirose la plus répandue à l’échelle globale avec la moitié de la population mondiale vivant en zone à risque, majoritairement au sein de la ceinture tropicale et subtropicale. Le virus de la dengue (DENV), agent étiologique de cette maladie, est un Orthoflavivirus comptant quatre sérotypes différents (DENV-1 à DENV-4). Deux espèces de moustiques à savoir Aedes aegypti et Aedes albopictus sont les principaux vecteurs impliqués dans la transmission du DENV dans les populations humaines au niveau mondial. Depuis 2017, l’île de La Réunion, département français d’outre-mer situé dans le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), fait face à une épidémie de dengue sans précédent caractérisée par une augmentation significative du nombre de cas humains et de formes sévères de la maladie. Le moustique Ae. albopictus étant reconnu comme l’espèce vectrice du DENV dans les populations humaines réunionnaises, l’objectif principal de cette thèse était d’étudier les interactions entre le DENV et les populations d’Ae. albopictus de La Réunion afin de mieux comprendre le rôle de ce vecteur dans l’épidémiologie de la dengue. Dans la première partie de cette thèse, nous avons retracé l'historique de la dengue dans le SOOI, et plus particulièrement à La Réunion. Nous avons ensuite caractérisé la diversité génétique des souches virales de DENV-1 et DENV-2 ayant circulé à La Réunion et aux Seychelles lors des dernières épidémies. La troisième partie de cette thèse a été consacrée à l’analyse de la compétence vectorielle (aptitude d’une population de moustiques à transmettre un pathogène donné) des populations d’Ae. albopictus de différentes générations (générations F0 et F2) et collectées dans différents sites autour de l’île. Nous avons également examiné l’influence des bactéries endocellulaires Wolbachia sur les phénotypes de compétence vectorielle. Pour finir, nous avons étudié la compétence vectorielle des populations d’Ae. aegypti et d’Ae. albopictus provenant de différentes îles du SOOI et infectées par les virus de la dengue, du Chikungunya et du Zika. Les résultats de ces travaux permettent de mieux comprendre l’épidémiologie de la dengue et les dynamiques de transmission des arbovirus dans les îles du SOOI, particulièrement à La Réunion.

Face aux défis de santé, la quête de solutions thérapeutiques innovantes est une priorité. Cette thèse explore la production et la caractérisation de métabolites anticancéreux et antipaludiques par des microorganismes isolés d’une éponge de l’Océan Indien, Scopalina hapalia. L'objectif est la découverte de nouvelles molécules bioactives par voie biotechnologique en vue d’une valorisation industrielle. Neuf microorganismes ont été sélectionnés pour une étude visant à les hiérarchiser selon leur potentiel de production de métabolites bioactifs. Trois critères principaux ont été utilisés : (1) le potentiel chimique évalué à partir d’une approche métabolomique combinant les analyses CLHP-CAD-DAD, CLUHP-SM2HR et les réseaux moléculaires; (2) le potentiel biologique évalué à partir de tests de cytotoxicité et d’activité antiplasmodiale ; et (3) l'originalité de la souche, critère reposant sur les données de la littérature. Deux microorganismes se sont distingués : Micromonospora sp. SH-82, pour son potentiel chimique et sa nouveauté, et Salinispora arenicola SH-78, pour son potentiel chimique et biologique. Ces deux microorganismes, ainsi que Micromonospora sp. SH-57 ayant démontré une bonne activité biologique lors d’études antérieures, ont ensuite été étudiés pour déterminer l’impact des paramètres de culture sur leur production en métabolites. Différentes conditions de culture faisant varier le temps, le support et la composition du milieu ont été testées. L'étude a montré que l'augmentation du temps de culture et l'utilisation du milieu A1 favorisent de manière générale la production, tandis que le support de culture influence différemment la production pour chaque microorganisme. Un focus sur Micromonospora sp. SH-82 a ensuite été effectué. L’étude de son génome a montré qu’il s’agissait d’une nouvelle espèce. Par ailleurs, l’optimisation des conditions de culture de ce micro-organisme a permis d’obtenir une quantité suffisante d’extrait pour isoler et identifier par RMN, sept métabolites microbiens, dont trois potentiellement nouveaux. Ces résultats ont confirmé la présence de composés annotés dans les réseaux moléculaires, tels que les mégalomicines et les érythronolides. Les métabolites isolés ont été testés pour leurs activités biologiques. Enfin, l'impact des cocultures sur la production de métabolites microbiens a été menée en associant par paires, quatre micro-organismes isolés de Scopalina hapalia : les trois actinobactéries étudiées (Micromonospora sp. SH-57, Micromonospora sp. SH-82, Salinispora arenicola SH-78) et un champignon (Chaetomium globosum SH-123). Les résultats ont révélé que lorsque l'un des microorganismes était cultivé dans des conditions qui lui étaient favorables, sa coculture était bénéfique pour lui mais inhibitrice pour l'autre. De plus, les cocultures avec le champignon étaient plus favorables à ce dernier qu'aux actinobactéries. Les réseaux moléculaires ont suggéré la présence de nouveaux métabolites dans ces cocultures.

Les océans tropicaux sont considérés comme peu productifs en raison des faibles concentrations en nutriments, résultant de la forte stratification des eaux de surface, qui limitent la production primaire. Toutefois, les structures hydrologiques et géologiques telles que les tourbillons, les fronts, les monts sous-marins et les îles peuvent accroître les mouvements verticaux de l'eau, ce qui se traduit par une production biologique plus importante. Le phénomène décrivant l’augmentation de la biomasse de producteur primaire à proximité d’une île océanique a été appelé « Effet de Masse Insulaire ». Cette thèse vise à vérifier l'existence d’un effet de masse insulaire autour de l'île de La Réunion et à le caractériser en étudiant les flux de matière depuis la côte vers le large, ainsi que leurs conséquences sur l'écologie des vertébrés marins. Pour cela, nous avons utilisé les isotopes stables du carbone et de l’azote, l'ADN environnemental (ADNe), des données satellitaires de la concentration en chlorophylle a de surface et de la circulation océanique de surface, ainsi que des données mesurées in situ le long de profils hydrologiques réalisés autour de l’île entre 0,5 et 10 km de la côte et entre la surface et 300 m de profondeur. Cette thèse a permis de confirmer l'hypothèse d’un probable effet de masse insulaire autour de l'île de La Réunion, précédemment identifié à partir de données satellitaires et de modèles numériques. Nos résultats ont caractérisé ce phénomène comme étant de faible intensité et se manifestant principalement dans le secteur Nord-Ouest de l'île par la formation d'une circulation anticyclonique méso-échelle, avec des vitesses de courant de surface de 0,15 m.s -1 et un maximum de chlorophylle a de 0,83 mg.m-³. Les données isotopiques de la matière organique particulaire, d’ADNe et des profils hydrologiques ont révélé divers transferts de matière d’origine naturelle et anthropique depuis le milieu terrestre et les écosystèmes aquatiques de l’île, soulignant une connectivité fonctionnelle entre tous ces écosystèmes. Cette connectivité est renforcée par les mouvements entre les eaux douces et marines d’espèces diadromes, qui contribuent à ces flux de matière et de nutriments. L'étude sur la diversité des vertébrés a révélé une répartition asymétrique entre l'amont et l'aval de l'île, influencée par la circulation océanique locale, la distribution des rivières et la répartition des récifs coralliens autour de l’île. Ces résultats suggèrent que l'effet de masse insulaire ne se limite pas à augmenter la productivité primaire de la côte sous le vent des îles par des processus physiques comme défini dans la littérature, mais qu'il influe également la distribution des vertébrés, notamment celle des prédateurs océaniques. En effet, la proximité des habitats côtiers et hauturiers autour de l'île de La Réunion favoriserait les déplacements des prédateurs marins entre les différents écosystèmes. L'agrégation d'organismes de la faune fourrage autour de l'île, combinée à l'exportation de matière organique et de nutriments depuis celle-ci, pourrait favoriser la coexistence de grands vertébrés marins à proximité de l'île en créant un gradient significatif de matière et d'énergie entre la côte et le large. Bien que des recherches plus approfondies sont nécessaires pour caractériser de manière exhaustive les mécanismes physiques et biologiques à l'origine de ce phénomène. Cette étude pionnière dans la région a contribué à mettre en évidence l'effet de masse insulaire à proximité de l'île de La Réunion et à décrire certaines de ses conséquences fonctionnelles.

Examinatrice

Les Coccinellidae, dont le régime alimentaire polyphage inclut la prédation d'insectes Hémiptères phytophages ont suscité de multiples tentatives d'acclimatation pour réguler divers ravageurs. Les psylles, bien qu'étant des proies alternatives ou essentielles, est un régime alimentaire beaucoup plus rare et donc bien moins étudié, Obrycki & Kring (1998) ont rapporté que seulement 10% des introductions intentionnelles ont conduit à un succès d’invasion. Ce faible taux d'acclimatation, conjugué aux risques écologiques associés à l'introduction d'espèces exotiques souligne la nécessité d'une évaluation rigoureuse avant toute introduction planifiée pour le contrôle biologique. L’objectif de cette thèse est d'examiner le processus d'acclimatation des coccinelles sur des îles tropicales, en se concentrant spécifiquement sur les espèces psylliphages. Le premier axe est consacré à une méta-analyse des données historiques relatives aux espèces de coccinelles dans des environnements insulaires tropicaux. Cette étude a pour but de délimiter les traits spécifiques des espèces et les caractéristiques des îles qui influencent la présence et l’établissement des espèces de coccinelles, indigènes ou introduites, dans le contexte de la lutte biologique. Une analyse des données de présence sur 86 îles tropicales réparties dans 11 archipels, ainsi que des données morphologiques et écologiques de 250 espèces de coccinelles, a révélé que les espèces indigènes des îles sont principalement aphidiphages et coccidiphages, mais de petite taille. Cela implique souvent l’introduction délibérée d’espèces plus grandes et donc plus voraces pour la lutte biologique. Toutefois, les espèces de plus petite taille présentent un taux de succès d’établissement significativement supérieur. Le deuxième axe se focalise sur la composition et la structuration des communautés de coccinelles psylliphages en milieu insulaire tropical, La Réunion. Il cherche à identifier les espèces qui se regroupent autour des psylles et celles qui utilisent ces insectes comme ressource alimentaire primaire. Cet axe permet de déterminer les facteurs paysagers, climatiques et de disponibilité des proies qui influencent ces assemblages. Un échantillonnage de 11 sites, deux plantes hôte, Leucaena leucocephala et Acacia heterophylla, de deux espèces de psylles, respectivement Heteropsylla cubana et Acizzia uncatoides a été mené sur deux saisons estivales. A La Réunion, 14 des 28 espèces de coccinelles présentes exploitent la ressource en psylles mais seulement trois l’utilise comme ressource essentielle ou alternative : une polyphage indigène : Exochomus laeviusculus ; une aphidiphage exotique : Coccinella septempunctata et une psylliphage exotique : Olla v-nigrum. Le troisième axe analyse les interactions de prédation intraguildes au sein des communautés de coccinelles psylliphages, avec une attention portée à Harmonia conformis et aux trois autres espèces utilisant les psylles comme ressource essentielle ou alternative déterminées dans le deuxième axe. Cette étude vise à caractériser la symétrie, la direction et l'intensité des interactions de prédation intraguildes parmi ces taxons. Des adultes de Harmonia conformis ont été confrontés à des œufs des trois espèces psylliphages présentes à La Réunion et des adultes de ces trois espèces ont été confrontés à des œufs de Harmonia conformis. Les 4 espèces sont des prédateurs intraguildes seules les espèces de taille équivalente ont une relation symétrique d’intensité modérée. Harmonia conformis montre une relation de prédation intraguilde asymétrique envers la Exochomus laeviusculus. Les conclusions tirées de ces trois axes de recherche sur l'évaluation du potentiel invasif et les interactions intraguildes au sein des communautés psylliphages fourniront des indicateurs clés pour évaluer la faisabilité de la lutte biologique par coccinelles en milieu insulaire tropical.

Examinatrice

Les arbovirus (virus transmis par les arthropodes), en particulier ceux appartenant au genre des Flavivirus, tels que le virus de la Dengue, le virus Zika, le virus de l'Encéphalite Japonaise, et d'autres, représentent une menace importante pour la santé publique. Ces maladies infectieuses émergentes mettent des millions de personnes en danger d'infection, causant des milliers de décès dans le monde chaque année. Les régions tropicales et subtropicales sont particulièrement vulnérables à ces virus en raison d'une combinaison de plusieurs facteurs, notamment un climat humide propice, une riche biodiversité naturelle, des sites de reproduction abondants, une urbanisation rapide, une mondialisation accrue, ainsi que des ressources limitées pour le contrôle des vecteurs. La Dengue est considérée comme l'une des maladies fébriles tropicales les plus rapides et dangereuses transmises à l'homme par les moustiques. En raison de sa prévalence généralisée et de ses taux élevés de morbidité et de mortalité, elle est identifiée comme la principale cause de fièvre après le paludisme. L'île de La Réunion, un département français situé au sud-ouest de l'océan Indien, a été fortement impactée par l'émergence et la réémergence d'épidémies de Dengue depuis 1977. Depuis lors, il s'agit d'un problème de santé majeur, ayant causé des milliers d'infections et des centaines de décès. Ces épidémies ont été déclenchées par le moustique vecteur principal sur l'île, Aedes albopictus, l'une des espèces de moustiques les plus invasives. Sur la base de facteurs environnementaux et biologiques spécifiques, les populations de moustiques à La Réunion ont développé une susceptibilité à l'infection par les quatre sérotypes du virus de la Dengue (DENV), contribuant à une efficacité élevée de transmission et créant une interaction complexe entre les facteurs environnementaux et biologique. Ainsi, comprendre la compétence biologique d'Aedes albopictus vis-à-vis des sérotypes de DENV circulant localement est crucial pour élaborer des stratégies efficaces de lutte contre la transmission de la Dengue à La Réunion. À ce jour, aucun traitement médicalement confirmé n'a été établi pour le virus de la Dengue. Ainsi, le contrôle des vecteurs, en limitant la densité des moustiques vecteurs, est la méthode la plus utilisée pour rompre la chaîne de transmission. Une stratégie de contrôle biologique mise en avant est l'utilisation de la bactérie Wolbachia. Naturellement présente chez de nombreux insectes, notamment chez Aedes albopictus, elle est l'un des facteurs intrinsèques biologiques qui pourraient affecter la compétence vectorielle vis-à-vis de DENV. Différentes études ont montré que cette dernière peut limiter l'infection par DENV chez les moustiques Aedes en manipulant plusieurs traits physiologiques. Ma thèse vise à caractériser la génétique et la phylogénie du DENV-1 circulant à La Réunion lors de la dernière épidémie et à explorer les facteurs extrinsèques et intrinsèques influençant la compétence d'Aedes albopictus vis-à-vis des sérotypes DENV-1 et DENV-2 qui ont émergé. Une part importante de la recherche est consacrée à l'exploration de la relation symbiotique entre Aedes albopictus et la bactérie Wolbachia, en mettant l'accent sur son influence sur l'équilibre intestinal tant après l'ingestion d'un repas sanguin que du virus de la Dengue. Mots-clés : Aedes albopictus, Virus de la Dengue, Wolbachia, Compétence vectorielle, Île de La Réunion, Épidémies de Dengue, Intestin moyen, Cellules souches intestinales, Apoptose, Homéostasie intestinale.

Les techniques de transfert et de récupération d'énergie par radiofréquence sont récemment devenues des méthodes alternatives pour alimenter les réseaux sans fil de prochaine génération. L'évolution mondiale vers la densification des points d'accès sans fil (AP) a fait allusion à la possibilité de collecter l'énergie RF ambiante inutilisée. Ces sources d'énergie inexploitées se développent de plus en plus en raison de la croissance rapide de l'activité des communications sans fil. La plupart de ces émissions sont omnidirectionnelles et permanentes dans le temps. La disponibilité de cette énergie rayonnante peut devenir intéressante pour certaines applications à faible consommation. La récupération de cette énergie peut représenter une alternative énergétique capable de remplacer, totalement ou en partie, la batterie de certains microsystèmes, notamment dans le domaine des capteurs autoalimentés (WSN : Wireless Sensor Network) : c'est le concept de batterie virtuelle. Cette thèse porte sur l'étude et l'optimisation d'un système de récupération d'énergie électromagnétique appelé « Rectenna » (RECTifying-anTENNA). L'objectif est de concevoir, optimiser, réaliser et caractériser expérimentalement des circuits rectenna innovants, compacts et performants grâce à la réalisation par impression 3D à base de filament conducteur. Cette technique permet une plus grande souplesse de conception avec la réalisation de formes géométriques complexes, permettant la modification de la propagation de l'onde dans un matériau, afin d'accroître les performances du circuit. Ce circuit doit permettre la collecte de l'énergie RF ambiante inutilisée, en particulier dans la bande industrielle, scientifique et médicale, afin d'alimenter à distance des appareils électroniques utiles, appelés plus communément l'Internet des objets à faible énergie (LEIoT).

La plupart des déchets plastiques mal gérés pénètrent dans l'environnement marin. Une fois dans les océans, ces plastiques dérivent jusqu'à atteindre des zones de convergence subtropicales, où ils s'accumulent pour former des « Garbage Patch ». Cinq de ces zones ont été découvertes, dont l’une dans le sud de l'océan Indien. Cette dernière a fait l'objet de peu d'études d'observation en surface, et plusieurs modèles de dispersion indiquent une localisation différente, la plaçant soit à l’ouest ou à l’est du bassin. Supposée être la deuxième « Garbage Patch » la plus polluée après celle du Pacifique Nord, il est crucial de l'identifier correctement pour intervenir efficacement. C'est dans ce contexte que s'inscrit le projet doctoral, visant à déterminer la composition, la concentration et l'origine des débris plastiques accumulés dans le sud-ouest de l'océan Indien. Depuis le début du projet, 19 campagnes océanographiques ont été déployées pour effectuer des suivis visuels des macrodéchets (> 2,5 cm) et collecter des microplastiques (500 μm – 5 mm). Des collectes des déchets marins (macro et méso : 5 mm – 2,5 cm) échoués sur des plages inhabitées ont également été réalisées pour évaluer la proportion qui ne reste pas en surface. De plus, une étude à long terme de cette pollution plastique a été entreprise en recherchant des espèces bio-indicatrices de la pollution dans la région. Toutes les observations ont été comparées ou complétées par des modèles de dispersion de particules dans l'océan Indien. Sur l'ensemble des déchets marins collectés ou observés, 95 % étaient constitués de plastiques. Parmi les plastiques, la sous-catégorie prédominante était celle des plastiques durs déjà fragmentés, retrouvés en surface de l'océan, échoués sur des îles inhabitées et ingérés par les espèces bio-indicatrices. La composition principale de ces polymères était le polyéthylène et le polypropylène, et elle ne différait pas entre la surface de l'océan et les plages. Un gradient de concentration de microplastiques a également été identifié, allant de 103 items.km-2 à 40°E à 105 items.km-2 à 65°E sur les latitudes 30/33°S. Ce gradient a été confirmé par les modèles de dispersion, bien que sous-estimé par ces derniers. Certains macroplastiques échoués sur des îles venaient d'emballages alimentaires d'Asie du Sud-Est. Afin de poursuivre l'étude de la pollution plastique dans la région, trois espèces ont été identifiées répondant aux critères de sélection : les tortues caouannes (Caretta caretta), les pétrels de Barau (Pterodroma baraui) et les puffins tropicaux (Puffinus baillonni). Pour les futures études, il serait intéressant d'accroître les collectes dans la partie centrale et orientale du bassin de l'Océan Indien à différentes saisons, d'étudier également l'impact de ces déchets plastiques sur les écosystèmes associés et d’établir des solutions de gestions adaptées.

Les lipoprotéines de haute densité (HDL) sont essentielles pour une bonne santé cardiovasculaire, grâce notamment à leur transport « inverse » du cholestérol des tissus périphériques vers le foie pour son élimination. De plus, les HDL exercent de nombreuses autres activités bénéfiques à la fois de type anti-inflammatoire, antioxydantes et anti- infectieuses. 

Lors de situations inflammatoires, comme celles rencontrées lors d’infections bactériennes ou virales, les HDL peuvent subir des altérations tant quantitatives de baisse de concentration circulantes que qualitatives, comme la modification de composition et perte d’activités protectrices. L’humanité fait toujours face à la maladie au coronavirus (COVID-19) caractérisée par une inflammation aiguë et à l’origine de plus de 6,9 millions de morts dans le monde à ce jour. Aussi, mon travail de thèse a visé la caractérisation des modifications tant quantitatives que qualitatives des HDL durant la COVID-19, l’identification de biomarqueurs spécifiques de modifications retrouvées dans ces HDL et l’essai thérapeutique d’une supplémentation en HDL mimétiques au cours de cette maladie. 

La quantification des lipoprotéines circulantes dans le plasma de patients atteints de COVID-19 sévère montre une diminution importante du HDL-cholestérol et d’autres lipoprotéines pouvant constituer autant de biomarqueurs prédictifs de sévérité de la maladie. L’analyse de la distribution des lipoprotéines montre un profil pro-athérogène avec notamment la présence de lipoprotéines de basses densités (LDL) petites et denses dans les plasmas des patients atteints de COVID-19 sévère. L’analyse qualitative par spectrométrie de masse de la composition tant des HDL que des LDL, montre une présence accrue en protéines de la phase aiguë de l’inflammation au détriment de la partie apoprotéique de ces lipoprotéines quand elles sont isolées de plasma de patients atteints de COVID-19.

 Testées sur des cellules endothéliales humaines en culture primaire, les HDL présentent une altération significative de leurs propriétés anti-apoptotique et anti‐inflammatoire, lorsqu’elles sont purifiées à partir de plasma de patients atteints de COVID‐19. Enfin, des propriétés anti-inflammatoires d’injections répétées de HDL recombinantes ont pu être mises en évidence chez une patiente admise en réanimation et souffrant d’une forme grave de COVID-19. Pour conclure, mon travail de thèse apporte des éléments nouveaux de connaissance sur les modifications des lipoprotéines lors de maladie infectieuse, en l’occurrence la COVID- 19. Il ouvre aussi des perspectives prometteuses de recherches pour l’utilisation des HDL à la fois comme biomarqueur de sévérité de maladies inflammatoires que comme moyen de lutte thérapeutique.

Pr Patrick COUVREUR

Université de Paris Saclay

Rapporteur

Pr Nadira DELHEM

Université de Lille

Rapporteur

Pr Giovani TOSINI

Université de Modene, Italie

Rapporteur

Pr Frédéric CADET

Université de La Réunion

Directeur

Pr Dhanjay JHURRY

Uniciti Education Hub, île Maurice

Examinateur

Pr Valentina CAUDA

Politecnico di Torino, Italie

Examinateur

Pr. Laurence ARMAND-LEFEVRE

CHU Bichat

Rapporteure

Pr. Luc Hervé SAMISON

Université d'Antananarivo

Rapporteur

Pr. Didier HOCQUET

CHU Besançon

Rapporteur

Dr. Marie-Christine JAFFAR-BANDJEE

CHU de La Réunion

Examinatrice

DR. Patrick MAVINGUI

Université de La Réunion

Examinateur

Dr. Eric CARDINALE

ANSES

Examinateur

Pr. Anne-Marie CORTESERO

Université de Rennes 1

Rapporteure

DR. Benjamin PRUD'HOMME

Aix Marseille Université

Rapporteur

DR. Jean Christophe SANDOZ

Université Paris Saclay

Rapporteur

DR. Emmanuelle JACQUIN-JOLY

INRAE

Examinateur

DR. Philippe LUCAS

INRAE

Examinateur

Dr. Chantal VERKINDT

Université de La Réunion

Examinateur

Pr. Teeshan BAHORUN

Mauritius Research and Innovation Council

Examinateur

Dr. Hélène FALENTIN

INRAE

Rapporteure

Dr. Emmanuelle REBOUL

INRAE

Rapporteure

Pr. Fabienne REMIZE

Université de La Réunion

Examinateur

Dr. Isabelle SOUCHON

INRAE

Rapporteure